Іван Багданавіч Сапега пачаў службу пры гаспадарскім (велікакняжацкім двары) яшчэ ў час панавання Аляксандра Казіміравіча. Як гэта звычайна было ў феадальны час, характар службы меў спадчынны характар. І. Б. Сапега, як яго дзед, бацька і дзядзька, значнаю частку часу аддаваў службе ў канцылярыі вялікага князя, быў добра дасведчаны ў падрыхтоўцы дзяржаўных дакументаў, іх выдачы, назапашванні архіва (Метрыкі Вялікага Княства Літоўскага), ведаў правілы дакументацыі (зразумела, уся перапіска ўнутры дзяржавы, часткова і ў дыпламатыі, вялася на беларускай мове). Гэтая служба не перашкаджала і дзяржаўнай кіраўнічай дзейнасці.
Першай самастойнай пасадай маладога Івана Багданавіча Сапегі была адміністрацыйная пасада намесніка (кіраўніка мясцовай велікакняжацкай адміністрацыі) юрборкскага ў Жамойціі, якую ён заняў у 1502 г. У 1505 г. ён быў прызначаны на пасаду намесніка бранскага (у Падляшскім ваяводстве). У 1508–1515 гг. да таго ж ён быў гараднічым троцкім і меў абавязак даглядаць замак у Троках.
Пасля ўзыходжання на велікакняжацкі трон Жыгімонта Казіміравіча (Жыгімонта Старога) у 1507–1516 гг. Іван Багданавіч Сапега займаў пасаду пісара гаспадарскага (велікакняжацкага), якую ў 1471–1488 гг. займаў яго бацька Багдан Сямёнавіч, а ў 1488–1501 гг. — яго дзядзька Іван Сямёнавіч. Дзядзька і далей захоўваў свае найвышэйшыя пісарскія функцыі: у 1506 г. быў прызначаны найвышэйшым сакратаром Вялікага Княства Літоўскага.
Як бацька і дзядзька, Іван Багданавіч Сапега выконваў і дыпламатычныя функцыі, удзельнічаў у пасольствах. Гаспадарская канцылярыя шмат у чым выконвала функцыі ведамства па замежных сувязях. Менавіта адсюль накіроўваліся пасольствы з адпаведнымі інструкцыямі, праектамі дагавораў дыпламатычнымі прапановамі замежным дварам. Пастаянных пасольстваў у замежных сталіцах тады яшчэ не было. За мяжу накіроўваліся пасольствы з канкрэтнымі місіямі і пасля заканчэння місіі вярталіся назад.
Іван Багданавіч ездзіў паслом за мяжу некалькі разоў. Так, ён быў паслом ў Маскоўскім вялікім княстве ў 1508, 1531–1532 і ў 1536 гг., у Турцыі ў 1534 г., у Польшчы.
У верасні 1508 г. Іван Багданавіч Сапега — пісар (сакратар) пасольства ў Маскве, дзе вёў пратакол перагавораў з маскоўскімі баярамі аб міры. У выніку перагавораў 19 верасня 1508 г. быў заключаны «вечны мір», якім скончылася вайна 1507–1508 гг. паміж абодвума вялікімі княствамі. Дзяржаўныя межы засталіся такімі ж, якімі былі да вайны. Падчас гэтых перагавораў Іван Сямёнавіч Сапега, які ўдзельнічаў у пасольстве, і сам Іван Багданавіч Сапега дамагліся вызвалення з маскоўскага палону свайго брата і бацькі — Багдана Сямёнавіча Сапегі, які быў кіраўніком ранейшага пасольства ў Маскве ў 1507 г. і быў там затрыманы, калі пачалася вайна. За вызваленне Багдана Сапегі пасольства Вялікага Княства Літоўскага дало згоду на свабодны выезд у Маскву з ВКЛ сваякоў князя Міхаіла Львовіча Глінскага, які падчас вайны перайшоў на бок маскоўскага вялікага князя Васіля III.
Паколькі Іван Багданавіч Сапега ўваходзіў у вузкае кола вышэйшай бюракратыі і карыстаўся даверам вялікага князя Жыгімонта Казіміравіча (Жыгімонта Старога), то выконваў далікатныя даручэнні гаспадара (вялікага князя), у тым ліку разглядаў судовыя справы гаспадарча-ўласніцкага характару пра спадчыннасць маёнткаў якія вяліся паміж магнатамі, заможнай і сярэдняй шляхтай. Іван Сапега складаў дакументы, апісанні маёнткаў, разам з іншымі суддзямі ўстанаўліваў межы паміж маёнткамі. У той час, калі тэрыторыя ВКЛ была ў большасці пакрыта лясамі і пушчамі, насельніцтва было адносна рэдкім, а сталай дакументацыі на зямлю на месцах амаль не было, такая дзейнасць была складанай і адказнай.
Іван Багданавіч Сапега, якому падчас чарговай вайны Маскоўскай дзяржавы з Літоўскай-Беларускай дзяржавай 1512–1522 гг. было за 30 гадоў, удзельнічаў у гэтай вайне са сваімі атрадамі, якія выстаўлялі ў войска ўсе тагачасныя паны і баяры (шляхта), што мелі зямельныя ўладанні (з пэўнай нормай коннікаў ад колькасці зямлі).
Ранейшыя гісторыкі часам блыталі, у якіх падзеях удзельнічаў Іван Багданавіч Сапега, а ў якіх яго дзядзька — Іван Сямёнавіч Сапега. Аўтарка біяграфічных артыкулаў пра Івана Сямёнавіча Сапегу і Івана Багданавіча Сапегу (пляменніка) у польскім біяграфічным слоўніку (Т. 34. 1993) Марыя Міхалевічава адзначае, што ў Аршанскай бітве 8 верасня 1514 г. удзельнічаў Іван Сямёнавіч Сапега са сваімі атрадамі, a ў біяграфіі Івана Багданавіча Сапегі абмінае факт яго ўдзелу ў гэтай бітве. Гэтая памылка паўтараецца ў іншых выданнях.
Аднак трэба адзначыць, што Івану Сямёнавічу Сапегу ў 1514 г. было па меншай меры 65 гадоў. Нават і ў наш час у такім узросце ў войску ўжо не служаць. А ў пачатку XVI ст. ваяваць на кані, удзельнічаць у атаках, камандаваць войскам было вельмі цяжка, а часам, улічваючы гады і хваробы гэтага ўзросту, і немагчыма. Ды і памёр Іван Сямёнавіч Сапега ў 1517 г. Таму слушна будзе казаць пра ўдзел у вайне Івана Багданавіча Сапегі, які быў гадоў на 30 маладзейшы за свайго дзядзьку.