9 ліпеня 1915 г. (са старшынствам ад 9 чэрвеня) атрымаў першае афіцэрскае званне прапаршчыка (з адной зорачкай на афіцэрскім пагоне) ад вярхоўнага галоўнакамандуючага вялікага князя Мікалая Мікалаевіча. Удзельнічаў (3 верасня 1915 г.) у дзеяннях за лініяй фронту супраць немцаў у тылах праціўніка ў складзе армейскага партызанскага атрада (каля 500 чалавек) пад камандаваннем Леаніда Пуніна. С. Булак-Балаховіч быў спачатку камандзірам эскадрона, а пасля гібелі Л. Пуніна 1 верасня 1916 г. — камандзірам усяго атрада.
Станіслаў Булак-Балаховіч у канцы 1916 г.
Партызанскі атрад С. Булак-Балаховіча з-за лініі фронту рабіў кавалерыйскія налёты на камунікацыі, штабы і тылы германскіх войскаў, калі фронт знаходзіўся на тэрыторыі цяперашняй Латвіі. Атрад выконваў разведвальна-дыверсійныя заданні.
Неўзабаве Станіслаў Булак-Балаховіч атрымаў чарговыя афіцэрскія званні. У 1917 г. ён быў ужо штаб-ротмістрам (чатыры зорачкі на афіцэрскім пагоне).
Вясной 1918 г. пасля працяглага знаходжання ў шпіталі ў Петраградзе (пасля ранення у пачатку сакавіка ў баі з немцамі) С. Булак-Балаховіч запісаўся ў Чырвоную Армію. У красавіку 1918 г. са свайго былога атрада ён у горадзе Луга (Петраградская губерня) сфармаваў 1-ы Лужскі конны партызанскі полк (у складзе 4-й Петраградскай дывізіі). У маі полк быў перайменаваны ў 3-і Петраградскі. Даўняя партызанская дзейнасць С. Балаховіча звярнула на яго ўвагу старшыні Рэўваенсавета Л. Троцкага, які выклікаў Булак-Балаховіча ў Маскву і прапанаваў яму пасаду інспектара кавалерыі Чырвонай Арміі. Аднак С. Булак-Балаховіч адмовіўся ад гэтай пасады, бо быў настроены супраць антысялянскай палітыкі савецкага ўрада.
С. Булак-Балаховіч асабіста падбіраў камандзіраў і байцоў. Ён яшчэ з часоў Першай сусветнай вайны карыстаўся вялікім аўтарытэтам у сваіх падначаленых. С. Булак-Балаховіч супрацьстаяў спробам мясцовых бальшавіцкіх уладаў накіраваць у яго полк камуністаў.
У кавалерыйскім палку пад яго камандаваннем служылі палякі (быў нават польскі эскадрон), беларусы, украінцы, латышы, літоўцы і значная група расіян, непрыхільных да савецкай улады. Полк налічваў 1121 чалавека.
Паступова канфлікты з прадстаўнікамі савецкай улады нарасталі. Булак-Балаховіч намагаўся ўратаваць сваіх камандзіраў (былых афіцэраў) ад арыштаў і рэпрэсій з боку ўлады. Тым не менш працягваў служыць у Чырвонай Арміі, паколькі побач — у Эстоніі і Латвіі — да канца 1918 г. знаходзіліся нямецкія войскі, а нямецкую армію ён па-ранейшаму разглядаў як галоўнага ворага.
Хуткая ўжо параза Германіі ў Першай сусветнай вайне і намаганні балтыйскіх краін атрымаць незалежнасць змянілі сітуацыю ў гэтым рэгіёне. На тэрыторыі Латвіі і Эстоніі была ўтворана «белая» расійская армія, сфармаваная пры дапамозе нямецкага камандавання. У канцы лістапада 1918 г. яна ўжо налічвала 4500 жаўнераў і ставіла задачу ўтрымаць Пскоў, калі яго пакінуць немцы. Яшчэ ў кастрычніку 1918 г. Станіслаў Булак-Балаховіч выслаў у Пскоў свайго прадстаўніка. Паручнік Відзякін паінфармаваў камандаванне гэтай Паўночнай арміі аб намеры С. Булак-Балаховіча перайсці са сваім палком на бок белых. У Пскове знаходзіўся для пастаянных кантактаў і паручнік Барыс Перамыкін.
16 кастрычніка 1918 г. у Елізараўскім манастыры ротмістр Станіслаў Булак-Балаховіч сабраў на нараду афіцэраў свайго палка, якім давяраў. Прыбыў і камандзір Чудскай флатыліі капітан 2 рангу Д. Д. Нелідаў. Афіцэры згадзіліся, што ў адпаведны момант пяройдуць на бок Паўночнай арміі. На наступны дзень Юзаф Балаховіч і Барыс Перамыкін падпісалі пагадненне з прадстаўнікамі штабу Паўночнай арміі аб умовах пераходу.
Першым перайшоў на бок белай арміі 26 кастрычніка 1918 г. 1-ы эскадрон палка на чале з Барысам Перамыкіным, які ахоўваў дэмаркацыйную лінію паміж Савецкай Расіяй і Германіяй на ўсход ад Пскова. За некалькі гадзін да пераходу Перамыкін паслаў віншавальную тэлеграму з нагоды першай гадавіны бальшавіцкай рэвалюцыі палітычнаму камісару раёна Гдоў - Тармошына таварышу Янісу Фабрыцыусу.
Пасля пераходу эскадрона Б. Перамыкіна на бок белых Я. Фабрыцыус выклікаў на чыгуначную станцыю Тармошына Ю. Булак-Балаховіча як намесніка камандзіра палка, а потым і С. Булак-Булаховіча. Абодва запэўнілі камісара ў сваёй лаяльнасці. Але падрыхтоўка да пераходу палка працягвалася. 28 кастрычніка 1918 г. камандзір Чудскай флатыліі Д. Д. Нелідаў таксама перайшоў на бок белых. Тры параходы з пяці, два катэры і сем малых катэраў з экіпажамі даплылі па Чудскім возеры да Пскова.