Полк С. Булак-Балаховіча сканцэнтраваўся ў раёне чыгуначнай станцыі Стругі Белая. У Стругах С. Булак-Балаховіч выдаў адозву да «братоў сялян». Ён абвяшчаў аб пачатку партызанскай вайны супраць бальшавікоў, за рускі народ, праваслаўную царкву, за мір і працу для людзей. Ён заклікаў сялян да выступу супраць бальшавіцкай улады і да ўступлення ў яго атрад. Падпісаўся: «Атаман сялянскіх партызанскіх атрадаў. Бацька Балаховіч».
Не маючы дастатковых сіл, каб самастойна змагацца з часткамі Чырвонай Арміі, Балаховіч ноччу з 5 на 6 лістапада 1918 г. перайшоў са сваім палком дэмаркацыйную лінію паблізу чыгуначнай станцыі Карамышава (20 км на ўсход ад Пскова). Аддзелы палка С. Булак-Балаховіча павялічылі колькасць Паўночнай арміі ад адной трэці да паловы яе складу.
Ротмістр С. Булак-Балаховіч быў прызначаны камандзірам асобнага коннага атрада. Змагаўся ён (пасля адыходу немцаў і белых з Пскова ў Эстонію 26 лістапада 1918 г.) у раёне Пячоры, на поўдзень ад Пскоўскага возера.
25 снежня 1918 г. часткі Паўночнай арміі падпарадкаваліся ўладзе незалежнай Эстоніі. Армія была пераўтворана ў Паўночна-Заходні корпус, які быў падзелены на дзве групы ў аператыўных адносінах. Адна група дзейнічала ў раёне Нарвы, другая — на пскоўскім напрамку.
У пскоўскай групе і змагаўся атрад С. Булак-Балаховіча. За удзел у вызваленні Тарту ад бальшавікоў С. Балаховіч атрымаў у студзені 1919 г. званне падпалкоўніка.
Ад студзеня 1919 г. конны партызанскі атрад падпалкоўніка С. Булак-Балаховіча дзейнічаў у складзе паўднёвай групы ў раёне Чудскага возера, на захад ад Пскова. Часта атрад прарываўся праз лінію фронту і наносіў удары ў тыле чырвоных. У лютым 1919 г. камандуючы паўднёвай групы генерал-маёр А. П. Радзянка перайменаваў атрад у конны полк імя Булак-Балаховіча, зразумела, пад камандаваннем самога С. Булак-Балаховіча.
Генэрал Булак-Балаховіч. 1919 г.
15 мая 1919 г. полк і іншыя часці, падпарадкаваныя ў гэтай аперацыі С. Н. Булак-Балаховічу, занялі горад Гдоў, за што С. Балаховіч атрымаў званне палкоўніка. Далей полк браў удзел у пскоўскай аперацыі. У выніку яе 25 мая 1919 г. Пскоў быў заняты эстонскай арміяй і часцямі белых. С. Булак-Балаховіча прызначылі на пасаду камандуючага Пскоўскага раёна. За ўдзел у баях за Пскоў галоўнакамандуючы корпусам генерал А. Радзянка прысвоіў С. Булак-Балаховічу званне генерал-маёра, а з часцей, падпарадкаваных яму, утварыў асобную зводную дывізію.
С. Булак-Балаховіч устанавіў адміністрацыю ў Пскове і Пскоўскім раёне. Па яго ініцыятыве былі ўтвораныя народныя суды, якія каралі злачынцаў і бальшавіцкіх актывістаў.
Як ваенных камендант Пскова і Пскоўскага павета С. Булак-Балаховіч разгарнуў антыбальшавіцкую прапаганду, друкуючы і распаўсюджваючы сярод насельніцтва і чырвонаармейцаў (на фронце і за лініяй фронту) рознага роду адозвы і улёткі, у якіх заклікаў «змагацца не за царскую ўладу і не за памешчыцкую, але за новую, вольную, дэмакратычную, народную, сялянска-рабочую Расію». Выступаў з эсэраўскімі лозунгамі: «За зямлю і хлеб для ўсяго народа, за правы для працоўных, за новы агульнанародны ўстаноўчы сход». У гэты час, у ліпені 1919 г., на бок С. Булак-Балаховіча перайшоў пяхотны полк Чырвонай Арміі.
Аднак у кіраўніцтве белай арміі наспяваў канфлікт паміж белымі генераламі М. Юдзенічам і А. Радзянкам, манархістамі, якія складалі большасць у палітычным і вайсковым кіраўніцтве Паўночна-Заходняй арміі, і рэвалюцыйна-дэмакратычнай групай у гэтай арміі на чале з С. Булак-Балаховічам, які быў на левым, эсэраўскім, крыле гэтай групы. Яшчэ ў жніўні 1919 г. генерал М. М. Юдзеніч, галоўнакамандуючы Паўночна-Заходняй арміі, прызначыў С. Н. Булак-Балаховіча камандуючым 2-м корпусам (з дзвюх дывізій) гэтай арміі. Аднак адносіны паміж Юдзенічам і Булак-Балаховічам усё больш абвастраліся.
22 жніўня 1919 г. галоўнакамандуючы М. М. Юдзеніч аддаў загад палкоўніку Б. Перамыкіну заняць Пскоў, арыштаваць С. Булак-Балаховіча і аддаць яго пад ваенны суд «за беззаконныя дзеянні». 23 жніўня Булак-Балаховіч быў зняты з пасады камандуючага корпусам. У той жа дзень Б. Перамыкін на чале чатырох палкоў 2 батарэй і іншых часцей паводле загаду М. Юдзеніча прыбыў у Пскоў і арыштаваў афіцэраў штаба корпуса. Пры арышце былі забітыя начальнік штаба палкоўнік Стаякін і гарадскі галава М. Іваноў. Толькі С. Булак-Балаховічу з дваццаццю коннікамі з яго асабістай сотні ўдалося ўцячы ў Гдоў, дзе ён падпарадкаваўся М. Юдзенічу. Булак-Балаховіча падтрымлівала эстонскае камандаванне як баявога генерала, неабходнага для далейшай барацьбы з бальшавікамі.