Працягваючы гэтую ж лінію ў палітыцы, Іван Багданавіч Сапега быў адным з удзельнікаў абвяшчэння вялікім князем літоўскім, рускім і жамойцкім ужо 9-гадовага Жыгімонта Аўгуста на сойме Вялікага Княства Літоўскага 18 кастрычніка 1529 г. пры жыцці бацькі, г. зн. другім вялікім князем. Гэта дало магчымасць Жыгімонту Старому і яго жонцы Боне Сфорцы дамагчыся на польскім сойме абрання сына польскім каралём (таксама другім). Зразумела, рэальная ўлада ў абедзвюх дзяржавах засталася ў руках бацькі. Але была забяспечана пераемнасць улады ў межах адной дынастыі і нават сям'і.
Іван Багданавіч Сапега працягваў і дыпламатычную дзейнасць. Так, у лютым 1531 г. ён разам з біскупам жамойцкім Мікалаем Вежгайлам паехаў паслом у Польшчу. Ад імя паноў рады Вялікага Княства Літоўскага, найвышэйшага дзяржаўнага органа, які кіраваў краінай і асабліва набыў вагу, калі гадамі Жыгімонт Стары не прыязджаў у Вільню, абодва паслы — I. Б. Сапега і М. Вежгайла — адмовілі Польшчы ў вайсковай дапамозе ў вайне, якую тая рыхтавала супраць малдаўскага гаспадара Рарэша. Іван Сапега некалькі месяцаў знаходзіўся ў Кракаве, тагачаснай сталіцы Польшчы, і вырашаў з каралём справы сваёй краіны, падпісваў розныя дакументы з тытуламі «ваявода падляшскі, маршалак, стараста драгічынскі».
У Вільню Іван Сапега вярнуўся ў канцы лістапада, а ўжо ў снежні 1531 г. выехаў на чале пасольства ў Маскву для перагавораў з вялікім князем Васілём III. Паколькі ў ВКЛ была пашырана эпідэмія, то пасольства было затрымана ў Оршы (маскоўскія ўлады не дазволілі пераехаць мяжу) на каранцін. Толькі ў сакавіку 1532 г. яно прыбыло ў Маскву, дзе было прынята 17 сакавіка Васілём III. Мэтай пасольства было заключэнне перамір'я на пяць гадоў, што дало б магчымасць пасля заключыць трывалы мірны дагавор. Вайна паміж Маскоўскім вялікім княствам і Літоўскай-Беларускай дзяржавай 1512–1522 гг. закончылася перамір'ем 1522 г. Потым новае перамір'е было заключана ў 1526 г. яшчэ на 6 гадоў.
Пасольства Вялікага Княства Літоўскага цяпер прапанавала заключыць «вечны мір» пры ўмове, што Васіль III адмовіцца ад Чарнігава з навакольнай тэрыторыяй. Аднак Васіль III заявіў што ніякіх саступак рабіць не будзе, і згадзіўся заключыць перамір'е толькі на адзін год. Ён рыхтаваўся да новай вайны з Вялікім Княствам Літоўскім, намагаючыся заваяваць новыя землі для сваёй дзяржавы.
Перамір'е ў Маскве было падпісана 10 красавіка 1532 г. да свята Божага нараджэння наступнага 1533 г. Праўда, у 1533 г. вайна не ўзнавілася, бо Васіль III памёр на пачатку снежня 1533 г., і ў Маскве пачалася барацьба за трон паміж удавой Васіля III Аленай Глінскай і братамі яе мужа. Вайну давялося адкласці да 1535 г.
У красавіку 1534 г. Іван Сапега быў паслом ад Жыгімонта Старога да прускага герцага Альбрэхта ў справе адносін паміж Вільняй і Масквой. У 1536 г. Іван Сапега разам са старастам брацлаўскім Іллёй Астрожскім і кіеўскім ваяводам Андрэем Неміровічам зноў ездзіў у Маскву для заключэння міру, але беспаспяхова.
Ва ўнутранай палітыцы дзяржавы Іван Сапега браў таксама чынны ўдзел. У 1536 г. ён быў уключаны ў камісію па правядзенні аграрнай рэформы ў гаспадарскіх уладаннях, якія належалі да Драгічынскага павета. Яму было прадпісана правесці валочную памеру, г. зн. размеркаванне зямлі на валокі (валока — 21,37 га) з устанаўленнем аднастайных павіннасцяў насельніцтва на валоках. Іван Сапега праводзіў рэформу ў Путковіцах, Малмотках, Качэрках, Вінярах, Чэрных, дзе зямля была размеркавана на валокі, а сяляне гэтых сёлаў былі «асаджаны на чынш, абы выплату гаспадарскую давалі».
Улетку 1541 г. раптам Іван Багданавіч Сапега быў пазбаўлены пасадаў ваяводы падляшскага, старасты драгічынскага і маршалка гаспадарскага, арыштаваны і пасаджаны ў вязенне замка вышэйшага ў Вільні. Былі секвестраваныя (часова адабраныя) маёнткі. Справа I. Б. Сапегі няясная, бо яе дакументы ў Метрыцы Вялікага Княства Літоўскага адсутнічаюць. Як сцвярджаў каралеўскі сакратар біскуп Станіслаў Гозіюш, I. Сапегу арыштавалі быццам за тое, што ён даў прысягу каралеве Боне, «што знішчыць усіх кіраўнікоў Вялікага Княства Літоўскага». Але такое абвінавачванне, як і такога кшталту прысяга не мелі рэальнага грунту.
У снежні 1541 г. з просьбай аб вызваленні Івана Сапегі звярнуліся да паноў-рады ў Вільні дарадцы караля ў Кракаве. У Вільню спецыяльна прыехаў польскі магнат Станіслаў Тэнчынскі, сваяк I. Сапегі, прасіць аб яго вызваленні. Кароль Жыгімонт Стары даў згоду на вызваленне I. Сапегі, калі знойдзецца паручыцель. За Сапегу хадайнічаў і вялікі князь, 21-гадовы Жыгімонт Аўгуст. Хутчэй за ўсё, палітычныя праціўнікі арганізавалі абвінавачванне і арышт.