Баторый прыехаў у тагачасную сталіцу Польшчы Кракаў. 29 красавіка 1576 г. ён быў каранаваны ў каралеўскім замку Вавель, а 1 мая ажаніўся з Ганнай. Але акрамя гэтай асалоды — каранацыі, трэба было яшчэ замацаваць сваё панаванне. Яшчэ шмат месяцаў у Польшчы ішла збройная барацьба з апазіцыяй, прыхільнікамі імператара Максіміліяна II. Супраціўленне аказаў і горад Гданьск. Толькі ў 1577 г. пасля паразы атрадаў, нанятых багатымі гараджанамі Гданьска, улада караля была прызнана апазіцыяй.
Пасля гэтага Стафан Баторый мусіў звярнуць увагу на адносіны з Маскоўскай дзяржавай. Іван IV Жахлівы, выкарыстаўшы палітычнае становішча ў Рэчы Паспалітай, занятай выбарамі караля, пачаў новы наступ у Лівоніі, авалодаў тэрыторыяй ад ваколіц Рыгі да Дынабурга (Даўгаўпілса) — усёй усходняй часткай цяперашняй Латвіі і паўднёвай часткай Эстоніі. Новая пагроза навісла над Вялікім Княствам Літоўскім. Сабраўшы войска і атрымаўшы грошы на вядзенне вайны, Стафан Баторый вырашыў спачатку вызваліць Полацк ад маскоўскай акупацыі. Кароль старанна падрыхтаваў паход на Полацк і Пскоў, каб адрэзаць войскі ў Лівоніі ад Масковіі. Апошняя нарада перад паходам адбылася ў Свіры. У ліпені 1579 г. вялікае войска Стафана Баторыя рушыла на Полацк. Яно складалася з літоўскага-беларускага войска і польскага, бо ў Рэчы Паспалітай кожная з дзвюх дзяржаў мела свае вайсковыя фармаванні. У войску былі таксама венгерскія атрады і наёмнікі-немцы. Разам армія Баторыя налічвала 40 тысяч чалавек. Яна накіравалася цераз Дзвіну да Полацка. Адначасова літоўскія-беларускія перадавыя атрады гетмана вялікага літоўскага Мікалая Радзівіла Рудога і яго сына гетмана польнага літоўскага Крыштафа Радзівіла занялі замкі Казяны, Сітна і Краснае, выбіўшы адтуль і знішчыўшы маскоўскія гарнізоны.
4 жніўня 1579 г. пачалася аблога Полацка. Спроба Івана Жахлівага прыслаць пяць тысяч коннікаў на дапамогу маскоўскаму гарнізону ў Полацку на чале з Барысам Шэіным і Фёдарам Шарамецевым скончылася няўдачай. Гэтае войска вымушана было схавацца ў крэпасці Сокал за 20 кіламетраў ад Полацка. Асаджаны ў Полацку, у крэпасці, абнесенай дубовымі сценамі, маскоўскі гарнізон на чале з ваяводамі Васіліем Целяцеўскім і Пятром Валынскім трымаўся больш за тры тыдні. Цяжка было і войску Баторыя, бо ўсе ваколіцы Полацка былі цалкам спустошаны яшчэ раней царскімі войскамі. Урэшце 30 жніўня 1579 г. драўляныя сцены крэпасці паддаліся агню, і гарнізон горада капітуляваў. 4 верасня штурмам была ўзята крэпасць Сокал, а праз месяц і Суша. Вызваленне Полацка адвяло бяду ад літоўскай-беларускай зямлі. Баторыя ў ВКЛ называлі Сцяпан Батура.
Наступную кампанію 1580 г. Стафан Баторый праводзіў ужо на маскоўскай тэрыторыі, там, дзе яго не чакалі. Іван Жахлівы раскідаў свае вайсковыя сілы ўздоўж мяжы з Лівоніяй і ВКЛ. Войскі Баторыя займалі крэпасці і гарады Усвят, Веліж; восенню 1580 г. былі ўзяты моцныя крэпасці Вялікія Лукі і Невель, заняты Завалочча і Езярышча, а ў канцы года — Холм і Старая Руса. Войскі Рэчы Паспалітай былі недалёка ад Ноўгарада, маскоўскія войскі ў Лівоніі былі адрэзаны ад асноўных камунікацый.
Стафан Баторый пад Псковам (малюнак Яна Матэйкі)
У вайсковай кампаніі 1581 г. Баторый пайшоў на Пскоў. Але ў гэты час феадальны парламент Рэчы Паспалітай адмовіў каралю ў павелічэнні грашовых сродкаў на вядзенне вайны. Гэта скарыстаў Іван IV і кінуў свае войскі на ВКЛ. І хаця яны былі адбітыя на сваю тэрыторыю, аднак ваколіцы Дуброўны, Оршы, Копысі, Шклова, Магілёва і Мсціслава, і так пацярпелыя раней, былі зноў спустошаны маскоўцамі. У верасні 1581 г. войскі Баторыя, падыходзячы з поўдня і з усходу, асадзілі Пскоў. Літоўскія-беларускія атрады Крыштафа Радзівіла, Філона Кміты, зрабіўшы глыбокі рэйд на Волгу, часова занялі Старыцу і Ржэў, не дайшоўшы 50 кіламетраў да Цвяры. Гэты рэйд вельмі напужаў Івана IV. Адтуль праз Таропец і Старую Русу яны пайшлі на Пскоў і далучыліся да Стафана Баторыя. Штурмы Пскова пры яго аблозе не далі вынікаў, але і гарнізон гэтай крэпасці ўжо не мог трымацца далей. 15 студзеня 1582 г. Масковія і Рэч Паспалітая падпісалі 10-гадовае замірэнне. Вялікае княства Маскоўскае адмаўлялася ад Прыбалтыкі (Лівоніі) і ад Полацкай зямлі і Веліжа, а Рэч Паспалітая вяртала ёй заваяваныя крэпасці на маскоўскай тэрыторыі. 24-гадовая Лівонская вайна скончылася. Паколькі Баторый не быў задаволены яе вынікам, ён пачаў рыхтавацца да новай вайны, але не паспеў яе пачаць.
Перамогі войска, якім камандаваў Стафан Баторый, уратавалі Вялікае Княства Літоўскае ад спусташэння і зруйнавання, ад жахлівай царскай акупацыі, ад жахаў унутранай палітыкі Івана Жахлівага — апрычніны са знішчэннем не толькі баяраў, але і іншых груп насельніцтва, уключаючы і сялян. Для шляхты перамога над Масковіяй азначала не толькі захаванне свайго жыцця і маёмасці, але і мясцовага самакіравання, заканадаўчага прадстаўніцтва, Статута Вялікага Княства Літоўскага 1566 г., асабістых правоў з правам асабістай недатыкальнасці. Гэтага, безумоўна, не было ў маскоўскай дзяржаве. На гэты раз незалежнасць была выратавана перш за ўсё дзякуючы патрыятызму і мужнасці літоўскага-беларускага войска.