За сделанные правки святого, как сообщает его житие, заключили в Новоспасский монастырь:
…морили голодом, томили в дыму бани, заставляли класть каждый день по тысячу поклонов. Преподобный, укрепляемый Господом, не только выполнял наложенную эпитимию, но еще от усердия своего клал другую тысячу поклонов ежедневно. По праздникам его водили, а иногда возили верхом на кляче, еще до обедни, к митрополиту на смирение. Здесь в оковах он стоял на открытом дворе в летний зной до вечерни, не освежаемый и чашей студеной воды.
А грубые злобные невежды всячески ругались над ним, бросали в него грязью. Но преподобный был, как младенец, и все принимал со смирением и утешал братию, страдавшую с ним вместе, говоря: «Не скорбите, и не безумствуйте, Господь все видит, мы же страждем за слово истины, и это еще не вечная мука, все минет!» Его обложили пенею в 500 рублей за то, что «Духа Святаго не исповедывал, яко огнь есть». Преподобный же, стоя в железах, толкавшим и оплевавшим его говорил: «Денег не имею, да и давать не за что: лихо чернецу то, если расстричь его велят, а если только достричь, то ему венец и радость. Мне грозят Сибирью и Соловками, но я рад тому, это жизнь мне». Когда другие с состраданием говорили: «Что это за беда с тобой, отче?», он отвечал: «Беды нет никакой, а милость Божия; преподобный Иона, митрополит, смиряет меня по делам моим, чтобы не был я горд. Такие беды и напасти — милость Божия, а вот беда, если придется гореть в геенском огне; да избавит нас Бог от сего!» И по Москве распустили нелепую молву, будто бы Дионисий и его сотрудники хотят огонь совсем вывести. Чего не выдумают и чему не поверит невежество народное! И что же? Ради сей безрассудной клеветы, чернь толпами выходила на улицу, когда на худой лошади везли святого старца из обители или в обитель, чтобы над ним потешаться и бросать в него камнями и грязью; но он, как незлобивый младенец, ни на кого не скорбел.
Очень интересные факты о подлогах в богослужебных книгах сообщает свт.Филарет Московский в беседе о сложении перстов для крестного знамения и для благословения:
…Заключу книжные свидетельства о двуперстном сложении сказанием, которое сочинитель Поморских ответов (в ответе 5, в свидетельстве 6,) заимствовал, как говорит, из Макариевской Четьей Минеи: во дни Греческаго царя Михаила Палеолога, иже бе в лета 6764, Греческий учитель Святый Никифор Панагиот обличаше Латины: почто истиннаго креста не воображают двема персты? Чтобы на сие ответствовать, я воспользуюсь словами Преосвященного Игнатия, Архиепископа Олонецкого, который в одном рукописном сочинении своем, приведя вышеозначенное место из Поморских ответов, говорит: не могу удержаться, чтобы прямо не сказать: как вас несчастных обманывают! Потом он сказывает, что в Ладожском ските сам видел Макариевской Минеи месяц Декабрь, и в сей книге, под 13 днем, нашел следующие слова: и рече Никифор Латине: есть у вас 70 и 2 ереси: и рече, се не якоже мы крестимся прообразяще истиннаго креста 3–ми персты, на главу и на сердце и на правом плече и на левом.
Если имеешь случай, справься о сем в Синодальной Библиотеке, в Макариевской Четьей Минеи, в книге месяца Июня, на листе 672, где слова Панагиота к Азимиту написаны так: Почто не слагаеши 3 персты, и крестишась десною рукою, и не полагаеши на челе твоем, и на десную грудь, и одеваешися оружием Христа моего, но твориши крест с обоими персты, и въображение креста твоего зрит вон; вместо еже быся сним одеяти, а ты ся съвлачишь животворящаго креста? — Или, если тебе удобнее, справься о сем книги Кирилловой на листе 236 где также сказано: почто не согибаеши три персты?
Поморские ответы многократно подобным образом обманывают своих читателей и почитателей. Но не должно скрыть, что в рассматриваемой теперь статье Панагиота обман начался ранее Поморских ответов. В той же самой Макариевской Четьей Минее, которая хранится в Синодальной Библиотеке, и из которой теперь приведены мною слова Панагиота, только в другой позднейшей книге, именно в книге месяца Августа на листе 597 та же речь Панагиота написана уже иначе следующим образом: и чему не яко же мы крестимся проображающе истиннаго креста двема персты.