Шесть лет провёл Аввакум «в Даурской земле», доходил до Нерчинска, Шилки и Амура, терпя не только все лишения тяжёлого похода, но и жестокие преследования со стороны Пашкова, которого он продолжал обличать в разных «неправдах». Но не сломился духом Аввакум, а только сетовал: «Любил, протопоп, со славными знатца, люби же терпеть, горемыка, до конца». Вместе с ним бедствовала и его семья. «А протопопица кричит: «что ты, батко, меня задавил?». Я пришел, – на меня бедная, пеняет, говоря: «долго ли муки сея, протопоп, будет?». И я говорю: «Марковна, до самые смерти!» Она же вздохня, отвещала: «добро, Петрович, ино еще побредем».
Когда Никон потерял влияние при дворе, Аввакум по царскому указу был возвращён в Москву, а вместе с ним и Пашков, замененный другим воеводой. «Десять лет он [Пашков] меня мучил или я ево, – не знаю; Бог разберет в день века. Перемена ему пришла, и мне грамота: велено ехать на Русь»
Обратный путь был тоже страшен и длился он три года. Всё время пути Аввакум «по всем городам и по селам, в церквах и на торгах кричал, проповедуя слово Божие, и уча и обличая безбожную лесть», то есть никонианские новшества. Наконец, в 1663 году Аввакум прибыл в Москву, где Никон уже был низложен Поместным собором.
В феврале 1660 года, по желанию царя, составился Поместный собор из высшего русского духовенства и некоторых греков. Между духовными лицами было много врагов Никона, все помнили его властный крутой нрав. Собор обвинил Никона в гордости, в самовольном оставлении патриаршего престола и присудил его даже к лишению священного сана; только Епифаний Славинецкий и один архимандрит заявили о незаконности суда без допроса подсудимого. Епифаний также указал, что согласно IX правилу IV Вселенского собора Поместный собор не вправе снимать с кафедры своего патриарха, так как он не подлежит суду своих епископов. Впрочем, царь и не думал приводить в исполнение решение собора, а Никон назвал этот собор «жидовским сонмищем».
В это время прибыл в Москву Гаазский митрополит Паисий Лигарид, человек умный и весьма образованный, но способный кривить душой. К нему, как к лицу знающему, обращались часто за советами, и ему пришлось в деле Никона принять большое участие. Лишенный в своей время Иерусалимской кафедры за склонность к латинству, Паисий долго скитался по Греции и Италии; его еще раньше приглашал в Москву сам Никон, нуждавшийся при церковном исправлении в образованных людях. Теперь ловкий и угодливый грек смекнул, что ему гораздо выгоднее стать на сторону врагов патриарха. Когда ему предложили ряд вопросов о поведении патриарха и об отношении его к царю, Паисий отвечал полным осуждением действий Никона, винил его за гордость, за жестокое обращение с духовенством, за частое употребление отлучения от церкви и т.д.
Никону были доставлены эти вопросы и ответы. Он принялся горячо опровергать их, излил на бумаге весь свой гнев, смело и резко высказывал свои убеждения и взгляды на отношения церкви и государства, на власть. В 1662 году в качестве последнего аргумента Никон пишет «Разорение» – обширное сочинение, насчитывающее более 900 страниц текста, в опровержение мнений своих противников и в защиту своей позиции. Здесь в запальчивости патриарх дошел даже до того, что заговорил языком пап. «Не от царей, – писал он, – приемлется начало священства, но от священства на царство помазуются; священство выше царства. Не давал нам царь прав, а похитил наши права: церковью обладает, св. вещами богатится; завладел он церковным судом и пошлинами. Господь двум светилам светить повелел – солнцу и луне, и чрез них нам показал власть архиерейскую и царскую: архиерейская власть сияет днем, власть эта над душами, царская в вещах мира сего».
А тем временем в Москву вернулся Аввакум. Первые месяцы по возвращению были временем большого личного торжества Аввакума. Ничто не мешало москвичам, между которыми было много явных и тайных сторонников старообрядчества, восторженно чествовать страдальца, по их просьбам возвращённого. Сам царь показывал расположение к нему, велел его «поставить на монастырском подворье в Кремле» и, «в походы мимо моего двора ходя», рассказывает Аввакум, «кланялся часто со мною, низенько таки, а сам говорит: «благослови де меня и помолися о мне»; и шапку в иную пору мурманку снимаючи, с головы уронил, будучи верхом. Из кареты бывало высунется ко мне», и все «бояре после царя челом, да челом: протопоп! благослови и молися о нас».