Однако уже вскоре все убедились, что Аввакум не личный враг Никона, а принципиальный противник церковной реформы. Через боярина Родиона Стрешнева царь посоветовал ему, если не присоединиться к реформированной церкви, то, по крайней мере, не критиковать её. Аввакум последовал совету: «И я потешил его: царь то есть от Бога учинен и добренек до мене». Однако нейтралитет Аввакума продлился недолго. Он ещё сильнее прежнего стал критиковать никоновскую реформу. В частности, он указывал, что Никон за образец перевода Служебных книг взял греческие книги, изданные в Венеции, и что, они не истинные, и полны искажений.
Горячая, искренняя и сильная проповедь Аввакума действовала на многих: ему удалось привлечь к своему учению нескольких боярынь, в том числе княгиню Урусову и боярыню Морозову, которые сильно помогали старообрядцам. Помимо Аввакума Никита Добрынин, получивший кличку Пустосвят, и Лазарь Муромский своими сочинениями тоже послужили «старой вере». Немало было и других поборников ее. Повсюду являлись разные странники, отшельники, блаженные, которые возвещали народу, что наступает кончина света, что скоро придет антихрист, грозили вечной гибелью всем, кто примет трехперстное сложение, трегубое аллилуйя, будет произносить и писать Иисус вместо Исус и проч.
Аввакум подал челобитную царю, в которой просил низложить Никона и восстановить иосифовские обряды: «паки заворчал, написал царю многонько таки, чтобы он старое благочестие взыскал и мати нашу общую, святую церковь от ереси оборонил и на престол бы патриаршеский пастыря православного учинил вместо волка и отступника Никона, злодея и еретика».
Это сильно рассердило царя, тем более, что челобитную Аввакум подавал через юродивого Феодора, который с нею «приступил к цареве корете со дерзновением». Алексей Михайлович жаловал Аввакума как человека много страдавшего, но вовсе не как ересиарха, и когда он из челобитной увидел, что протопоп восстаёт не только против Никона, но против всей вообще существующей церкви, он на него «кручиновать стал». «Не любо стало, – прибавляет Аввакум, – как опять стал я говорить; любо им, как молчу, да мне так не сошлось». Велел царь сказать протопопу: «власти де на тебя жалуются, церкви де ты запустошил: поедь де в ссылку опять».
В 1664 году Аввакум был сослан в Мезень, где он пробыл полтора года, продолжая свою проповедь и поддерживая своих приверженцев, разбросанных по всей России, посланиями, в которых именовал себя «рабом и посланником Исуса Христа», «протоангелом российской церкви».
Для того чтобы окончательно решить дело Никона, Алексей Михайлович решился пригласить в Москву Восточных патриархов. Пока ожидался их приезд, Никон жил в своем Воскресенском монастыре, что на реке Истре, и занимался его благоустройством. По его замыслу под Москвой должен был быть воссоздан комплекс святых мест Палестины, поэтому он позже получил название Воскресенского Новоиерусалимского монастыря. Некоторые здания повторяют очертания сооружений Иерусалима, как, например, Воскресенский собор (1656-1685), созданный по образу и подобию Храма Гроба Господня. Царь, не смотря на ссору с Никоном, не отказывал ему в помощи при строительстве монастыря. Помимо Воскресенского монастыря, за Никоном сохранились еще Иверский на Валдае и Крестный на Онеге монастыри.
Никон, узнав, что по поводу его удаления с патриаршего престола царь хочет собрать собор патриархов в Москве, поспешил предуведомить Константинопольского патриарха обо всем, как было. В длинном послании Никон откровенно рассказал о причинах своего удаления, жаловался, не стесняясь в выражениях, на самого царя, бранил Паисия Лигарида. Однако его послание не дошло по назначению: оно было перехвачено на дороге и послужило потом новым поводом для обвинения Никона.
Восемь лет столица оставалась без «настоящего» патриарха, обязанности которого самим же Никоном были возложены на Крутицкого митрополита Питирима. Положение становилось невыносимым, и, в конце концов, недоброжелатели первосвятителя добились своего: в конце 1666 года под председательством двух патриархов – Антиохийского и Александрийского, в присутствии десяти митрополитов, восьми архиепископов и пяти епископов, сонма духовенства черного и белого состоялся соборный суд над Никоном.