Сам царь Иоанн IV решил упорядочить церковную жизнь и для этого в 1551 г. созвал Стоглавый собор. Предметом обсуждения на нем, среди многих других, стал и вопрос о церковных книгах. Их порча через переписывание неподготовленными писцами, допускавшими ошибки и искажения, была очевидна для всех. Собор горько жаловался на неисправность богослужебных книг и вменил в обязанность протопопам и благочинным исправлять их по хорошим спискам, а книг непересмотренных не пускать в употребление. Тогда же возникло убеждение, что надо завести вместо писцов типографию и печатать книги. Однако существенных исправлений книг не произошло. Единственное, чего удалось достигнуть, было предупреждение новых ошибок, – патриарх Гермоген установил для этого при типографии даже особое звание книжных справщиков.
В Смутное время печатный дом сгорел, и издание книг на время прекратилось, но, как только обстоятельства позволили опять, за издание взялись с завидным рвением. При патриархе Филарете (1619 – 1633), Иоасафе I (1634 – 1641) и Иосифе (1642 – 1652) труды, предпринятые по этой части, доказали необходимость сверки не по славянским спискам, а по греческим оригиналам, с которых когда-то и делались первоначальные переводы.
В ноябре 1616 года царским указом поручено было архимандриту Сергиевской лавры Дионисию, священнику села Климентьевского Ивану Наседке и канонархисту лавры старцу Арсению Глухому заняться исправлением Требника. Книгу они исправили, но себе на беду. В Москве огласили их еретиками, и на соборе 1618 года постановили «отлучить от церкви Божией». Дионисия держали под стражей, а в праздничные дни в кандалах водили по Москве в назидание народу, кричавшему: «Вот еретик!» – и бросавшему в страдальца чем попало. Восемь лет он томился в заточении, пока патриарх Филарет не получил в 1626 году письменный отзыв восточных первосвятителей в защиту исправлений, произведенных Дионисием.
Дело, начатое Максимом Греком и Дионисием, продолжилось при патриархе Иосифе и царе Алексее Михайловиче, когда по государеву указу от 1649 г. келарь Арсений Суханов отправился на Восток за поиском древних достоверных списков. Он исколесил в поисках таковых не одну сотню верст и вывез в Россию около семисот рукописей, 498 из которых были собраны им в Афонских монастырях, а остальные обретены в «иных старожитных местах».
В начале царствования Алексея Михайловича ряд выдающихся церковных деятелей создали «Кружок ревнителей благочестия». В него вошли священники Иван Неронов, Иван Наседка, Логгин, Лазарь, Даниил, Гавриил, духовник юного царя Стефан Вонифатьев, знаменитый Аввакум и будущий патриарх Никон, тогда архимандрит Новоспасского монастыря. В кружок входил и сам царь. Представителей этого кружка часто еще называли боголюбцами. Они действовали по двум направлениям. Во-первых, занимались устной проповедью благочестия, закрытием кабаков, устройством богаделен, приютов для сирот. Во-вторых, – исправлением обряда и богослужебных книг.
В то время в храмах Великороссии для экономии времени практиковалось многогласие, т. е. одновременная служба разным святым и разным праздникам, ибо службы были очень длинными, и выстаивать их целиком московитам было недосуг. В предшествующие времена многогласие никого не волновало. Иначе взглянули на него в эпоху бунтов и самозванцев. Ревнителям православия стало ясно, что моногласные службы выводят прихожан из-под влияния Слова Божия, и они стали бороться за единогласные службы. Однако патриарх Иосиф, человек малообразованный и слабый в делах управления Церковью, запретил единогласные службы, мотивируя это тем, что прихожане будут игнорировать длинные службы. Он разрешил лишь единогласные службы по монастырям и в отдельных приходах. Свое решение патриарх объяснял решением архиерейского собора 1649 года, где епископат выступил против введения единогласия и начала полного литургического обновления.
Однако у введения единогласия в Русской церкви было немало влиятельных сторонников – это Никон, ставший к тому времени Новгородским архиепископом, духовник царя Стефан Вонифатьев, и наконец, сам царь – Алексей Михайлович. Под давлением царя и по совету Константинопольского патриарха Парфения Иосиф решил временно отложить вопрос о единогласии. В конце концов, членам «Кружка ревнителей благочестия» удалось на соборе 1651 г. добиться решения о введении в церквях Московской Патриархии единогласного пения, которое совершалось в основном по малороссийскому распеву. Наряду с ним в церквах совершалось пение древнегреческим многоголосовым знаменным напевом.