Тем не менее, Никите пришлось покинуть обитель: уступая просьбам родственников, он вернулся домой и женился. Вскоре его пригласили священником в соседнее село Макарьев. Отец Никита был высокого роста – 204 см, крепкого телосложения. Он выглядел богатырем, был приятен лицом и имел весьма выразительные глаза. Его величавая наружность, прекрасное служение и ум привлекли к нему любовь московских купцов, приезжавших в Макарьев на ярмарку. Они уговорили его переехать в Москву. В Москве отец Никита прослужил около восьми лет. Когда прижитые в браке дети умерли, он убедил жену принять постриг, а сам удалился в Анзерский скит Соловецкого монастыря, который находился на острове в Белом море.
Постригшись там с именем Никона, он предался суровым подвигам благочестия. Но из-за ссоры с настоятелем скита старцем Елеазаром Никон был вынужден покинуть Анзерский скит. При переправе с острова на материк Никон с местным поселенцем попали в страшную бурю и едва не погибли. Буря унесла их лодку к далекому Кийскому острову в Онежской губе. На этом острове Никон впоследствии во исполнение своего обета построит Крестовый монастырь. После путевых мытарств Никон добрался до Кожеозерского монастыря, где его приняли в число братии. В 1643 году Никона там изберут игуменом. Будучи тремя годами позже в Москве по монастырским делам, Никон впервые встретился с царем Алексеем Михайловичем. Величественная наружность игумена, его умные речи и широкое образование произвели на молодого, искренне прилежавшего Церкви государя неизгладимое впечатление. С того времени началось их сближение, перешедшее вскоре в тесную дружбу.
Желая иметь своего «собинного» друга возле себя, царь повелел перевести его архимандритом московского Новоспасского монастыря, где была родовая усыпальница Романовых. Алексей Михайлович часто приезжал в обитель молиться за упокой своих предков. В свою очередь, Никон должен был каждую пятницу являться к государю для доклада о нуждах бедных, обиженных и угнетенных. Совместная благотворительность сблизила их еще сильнее. В это же время Никон активно занимался исправлением обряда и богослужебных книг.
В 1649 году Никону было определено стать митрополитом Новгородским. От царя он получил особые полномочия – наблюдать за всем управлением и освобождать, по своему усмотрению, узников из темниц. На втором году его архиерейства в городе вспыхнул бунт: народ по незнанию принял хлеб, вывозимый в Швецию (в счет выкупа за православных беглецов, искавших у России защиты), за признак боярской измены. Владыка бесстрашно вышел к мятежникам, вразумляя бунтовавших сперва кротко, а затем со всей силой митрополичьей власти и архипастырского дерзновения. Чернь избила его до полусмерти. Очнувшись, Никон собрал последние силы, отслужил литургию в Софийском соборе и крестным ходом пошел на бунтующих. Пораженные его твердостью, они смирились, просили прощения и ходатайства перед царем.
В начале 1652 г. по просьбе царя Никон был послан на Соловки за мощами св. Филиппа. Алексею Михайловичу пришла мысль перенести в московский Успенский собор мощи трех бывших московских святителей, пострадавших от мирских властей за правду, за веру и отечество, – митрополита Филиппа из Соловецкого монастыря, патриарха Иова из Старицы и патриарха Гермогена из Чудова монастыря. Самой дальней и трудной была миссия Никона. Но трудна она была не дальностью расстояния и не желанием соловецких насельников отдавать мощи своего бывшего игумена, но тем, что, прославляя Филиппа, второй царь новой династии, как бы укорял царя Иоанна Грозного в излишней жестокости и несправедливости и тем самым как бы противопоставлял Дом Романовых династии Рюриковичей.
В то время, когда Никон ездил на Соловки, в Москве произошло важное событие: скончался патриарх Иосиф. Аввакум с Нероновым и еще рядом священников предложили в патриархи кандидатуру Стефана Вонифатьева.
В каждом политическом или религиозном конфликте, как правило, не бывает только двух сторон, двух цветов (белого и красного) противоборства, но есть и их оттенки. Так и во времена мятежа протопопов (боголюбцев) против епископата в середине XVII века в русской религиозной жизни были и различные течения.