О теневой стороне деятельности ордена уже в наше время (во времена правления Павла VI и Иоанна Павла II) специальные работы были написаны бывшим иезуитом Альбертом Ривера и бывшим епископом Жераром Буффаром. Именно последний, в течение 6 лет отвечавший за переписку между папой и руководством иезуитов, назвал общество «настоящим духовным контролёром» нового мирового порядка, работающим на создание сетевого транснационального правительства. Об этом же говорят и исследования таких авторов, как Бил Хьюз («Разоблачённый враг» и «Тайна террористов») и Эрик Джон Фелпс («Убийцы Ватикана»). Э.Д.Фелпс, в частности, утверждает, что через папскую иерархию орден иезуиты контролируют «Опус Деи», куда входят влиятельные бизнесмены и политические деятели, ориентирующиеся на Ватикан, и Мальтийский орден, который является одним из наиболее влиятельных католических орденов, тесно связанный с масонскими ложами и имеющий свои ответвления в различных сферах: бизнесе, политике, спецслужбах, образовании, армии (достаточно вспомнить таких рыцарей Мальтийского ордена, как бывшие директор ЦРУ Уильям Кейси, его заместитель Вернон Уолтер и госсекретарь США Александр Хэйг).
Надо сказать, что в начале понтификата Бенедикта ХVI отношения ордена со Св. Престолом были сложные. Понтифик предпочитал опираться на консервативную конгрегацию «Легионеры Христа». Иезуиты же оставались на втором плане. Известно даже, что были составлены «чёрные списки» 250 иезуитских теологов, которым было запрещено преподавать в некоторых университетах. И только падение авторитета «Легионеров Христа» (как следствие уже указанного нами скандала) и усиливающаяся «закрытость» «Опус Деи» способствовали определённому восстановления позиций Общества Иисуса, что проявилось в назначении в 2006 г. директора Радио Ватикана иезуита Фредерико Ломбарди главой пресс-службы Св. Престола. С приходом к власти в ордене в 2008 г. нового генерала Адольфо Николаса также способствовало улучшению отношений с папой, однако, как признавались некоторые иезуиты, всё равно они «не ощущали себя швейцарскими гвардейцами» и не склонны были рассматривать свой традиционный обет верности папе как синоним слепого подчинения.
С избранием Франциска орден не просто взял реванш, он добился полной победы. Впервые в своей истории он встал во главе католической церкви, что позволит ему наиболее эффективным образом встраивать её в создающуюся систему нового глобального порядка. Финансы Ватикана перешли под контроль мальтийцев (15 февраля во главе Банка Ватикана был поставлен рыцарь Мальтийского ордена фон Фрайберг, что можно рассматривать как подготовку почвы для перевода финансовой системы Ватикана под прямой контроль мировых финансовых кланов), а Св. Престол — под прямой контроль иезуитов, которые смогут сконцентрироваться на «миссионерской» деятельности. И главная интрига здесь кроется в нюансах.
Генерал Общества Иисуса подчиняется непосредственно понтифику. Но став папой, Бергольо остался членом ордена (введя в свой герб его символику), так что его поведение будет определяться его фактическими отношениями с генералом Николасом, который является его близким другом и который станет его реальным помощником и советником. В лице Франциска произошло фактическое слияние власти ордена и церкви, так что самостоятельность понтифика весьма относительна, и невольно встаёт вопрос: а какой же папа будет действительно править — «белый» или «чёрный»? Сам Николас отметил, что характерной чертой ордена является «особое единство» с римским папой, с которыми иезуиты связаны «узами любви и служения» и что избрание Бергольо «открывает для Церкви этап, полный надежды».