Получив в подкрепление немецких наемников, адмирал Колиньи продолжал сопротивляться в течение всего лета. Вместе с ним отряды протестантов возглавляли два Генриха — король Наваррский и Конде, сын убитого принца, принявший после смерти отца его титул. 3 октября 1569 г. гугеноты были вновь разбиты герцогом Анжуйским при Монконтуре.
Колиньи отступил на юг, собрал новые силы и летом 1570 г. перешел в наступление, вторгшись в долину Луары. Угрожая Парижу, он вынудил правительство пойти на заключение мира. По Сен-Жерменскому договору, подписанному 8 августа 1570 г., протестанты получили такие же права на отправление своего культа, какими владели до войны, а также четыре крепости, где в течение двух лет могли держать свои войска.
Варфоломеевская ночь и ее последствия
Колиньи, вернувшийся после заключения мира ко двору Карла IX, был тепло принят королем. Пользуясь расположением монарха, старый адмирал попытался убедить его выступить против Испании и оказать помощь нидерландским кальвинистам. Он утверждал, что такая война сплотит французское дворянство, заставив забыть о религиозной розни. Этим планам решительно воспротивилась Екатерина Медичи, считавшая, что борьбы с Испанией Франция не вынесет. Королева-мать попыталась добиться примирения враждующих конфессий при помощи иного средства — брака своей дочери Маргариты с одним из вождей гугенотов Генрихом Бурбоном, королем Наварры.
Свадьба состоялась 18 августа 1572 г. Для участия в праздничной церемонии в Париж съехался весь цвет протестантского дворянства. Торжества затянулись на несколько дней. В пятницу 22 августа адмирал Колиньи, выходя из Лувра, был ранен в руку выстрелом из аркебузы. Нападавший скрылся, но очевидцы опознали в нем Морвеля, дворянина из окружения Гизов. Дом, откуда был произведен выстрел, также принадлежал одному из людей Гизов. Вожди гугенотов, собравшиеся у постели адмирала, угрожали отомстить, о чем и заявили королю, когда тот пришел навестить раненого.
В пятницу и субботу Екатерина Медичи и герцог Анжуйский совещались в Тюильри со своими приближенными, определяя, как действовать в этой критической ситуации. Было решено нанести превентивный удар и уничтожить гугенотских лидеров, пока те не покинули Париж. О том, кому именно принадлежала инициатива данного шага, ни современники, ни авторы исторических работ, к единому мнению так и не пришли. Как бы то ни было, вечером 23 августа королева-мать получила согласие Карла IX на убийство протестантских вождей, убедив короля, что они затевают заговор. Власти города получили соответствующие распоряжения. Ворота Парижа были закрыты, городская милиция приведена в готовность.
В ночь на 24 августа, праздник святого Варфоломея, по сигналу набата началось избиение гугенотов. Сторонники Генриха Гиза (сына покойного Франциска Гиза) и королевские гвардейцы ворвались к Колиньи и убили его. Затем отряды Гиза и герцога Анжуйского, а также городская милиция принялись истреблять гугенотов по всему городу. Жертвами резни стали не только приехавшие в Париж дворяне, но и постоянно жившие здесь протестанты из числа горожан. Генрих Наваррский и принц Конде сохранили жизнь, лишь приняв католичество. В общей сложности погибло до 2 тыс. человек.
По-видимому, масштабы бойни оказались неожиданны для короля. Уже наутро он отдал было приказ прекратить беспорядки, но затем, не имея возможности помешать движению, охватившему практически все католическое население столицы, взял на себя ответственность за происшедшее и заявил, что по его приказу разгромлен протестантский заговор. Вместе с тем, условия Сен-Жерменского мира были подтверждены, за исключением пункта о праве гугенотов иметь свои крепости.
В последующие недели волна погромов прокатилась по многим городам Франции, унеся жизни нескольких десятков тысяч протестантов. Гугеноты ответили восстанием. Началась четвертая Религиозная война. Причем, если раньше французские кальвинисты вели борьбу под лозунгом «освобождения» короля от влияния непримиримых католиков, то после Варфоломеевской ночи появились многочисленные памфлеты, в которых протестантские публицисты-монархомахи («тираноборцы») доказывали, что правитель, нарушивший свой долг блюсти благо подданных, является тираном и подлежит замене.