Хотя в последние месяцы жизни Генриха III Генрих Наваррский был его союзником, окружение покойного монарха достаточно настороженно отнеслось к преемнику. Некоторые заняли выжидательную позицию, как, например, покинувший двор герцог д’Эпернон, другие попытались договориться с новым королем. По итогам этих переговоров Генрих IV подписал в Сен-Клу 4 августа 1589 г. Декларацию, в которой обещал уважать католическую веру и ничего не менять в религиозном устройстве Франции. Через шесть месяцев предполагалось созвать Генеральные штаты.
Не обладая достаточными силами для немедленного наступления на столицу, Генрих IV повел армию в Нормандию, чтобы обеспечить коммуникации с Англией, откуда гугеноты получали финансовую и военную помощь. Туда же во главе армии Лиги направился и герцог Майенский. В сентябре 1589 г. Генрих IV в нескольких боях разбил его под Ар- ком. Окрыленный победой, он попытался было захватить и Париж, но был выбит из пригородов столицы герцогом Майенским и отступил в долину Луары.
Получив подкрепление из Испании, лигеры весной 1590 г. снова предприняли наступление в Нормандии. Впрочем, уже 14 марта Генрих IV разгромил испанскую кавалерию при Иври, после чего опять двинулся на Париж и в мае осадил столицу. Вскоре в городе начался голод, вспыхнули болезни, однако фанатично настроенное население, чье религиозное рвение усердно подогревалось монахами-проповедниками, стойко переносило лишения. Тех, кто осмеливался подать голос в пользу примирения, казнили. На помощь осажденным пришли испанские войска. После смерти в мае 1590 г. кардинала Бурбона, католического претендента на корону, король Испании Филипп II решил возвести на французский престол свою дочь от брака с Елизаветой Валуа (дочерью Генриха II) и, дабы поддержать ее права, направил во Францию армию. В сентябре 1590 г. испанцы прорвали блокаду Парижа и вынудили Генриха IV снять осаду.
Из-за прямого вмешательства испанцев, все попытки Генриха IV в 1591 г. добиться решающего перевеса над Лигой не увенчались успехом. Тем не менее, в лагере ее сторонников наметились серьезные противоречия. Ведущая роль в органах городского управления Парижа принадлежала наиболее непримиримо настроенным лигерам, опиравшимся на охваченный фанатизмом плебс. Они с недоверием относились к зажиточным буржуа и, в частности, к судейской аристократии, подозревая их в готовности к компромиссу с королем-гугенотом. В ноябре 1591 г. по такому подозрению фанатики без суда повесили президента и двух советников парламента. Этот акт террора испугал городскую элиту, которую все больше тяготило возросшее политическое влияние «низов». В ее рядах усилились настроения в пользу скорейшего прекращения гражданской усобицы и восстановления сильной центральной власти, способной держать плебс в повиновении. Однако принять короля-иноверца не могли даже умеренные лигеры.
Зная о подобных настроениях в лагере Лиги, католические сторонники Генриха IV все настойчивее требовали от него перехода в католицизм. Весной 1592 г., когда их недовольство достигло угрожающих размеров, король обещал им получить наставление в католической вере. Этим шагом он не только удержал их на своей стороне, но и приобрел новых соратников, таких, как герцог д’Эпернон. Кампания 1592 г. оказалась для короля весьма успешной. Его полководцы Ледигьер, д’Эпернон и герцог Генрих Буйонский одержали победы над союзниками Испании и Лиги — герцогами Савойским и Лотарингским. Армия самого Генриха IV вышла на подступы к Парижу.
В январе 1593 г. в Париже собрались Генеральные штаты, на которых были представлены в основном сторонники Лиги. Депутаты намеревались избрать нового короля, но не имели единого мнения относительно его кандидатуры. Герцог Майенский предложил в качестве будущего монарха себя или своего сына. Духовенство высказалось в пользу испанского короля Филиппа II. Парижский парламент, напротив, заявил, что корону Франции должен получить потомок Людовика Святого, француз и католик. Сами же испанцы всеми силами старались добиться избрания на престол дочери Филиппа II. Чтобы повлиять на исход выборов, испанский посол щедро осыпал депутатов золотом, а испанская армия вошла в Париж. Однако столь явное давление вызвало у Генеральных штатов негативную реакцию. Они благосклонно восприняли мирные предложения, сделанные им Генрихом IV, и вступили с ним в переговоры, завершившиеся заключением перемирия.
Придя после долгих колебаний к убеждению, что «Париж стоит мессы», Генрих IV объявил 16 мая о своем предстоящем переходе в католичество. Торжественная церемония перемены им веры состоялась 25 июля в Сен-Дени. Когда весть об этом разошлась по стране, многие города отпали от Лиги и признали власть короля. 27 февраля 1594 г. Генрих IV короновался в Шартре, а 22 марта, приветствуемый толпами народа, вступил в Париж.