10 октября Конвент декретом официально провозгласил установление революционного порядка правления — чрезвычайной формы власти, которую Робеспьер позже определит как «деспотизм свободы». Этим актом Конвент оформил свое право осуществлять исполнительную власть через комитеты. Хотя министерства сохранялись, за ними были оставлены лишь технические функции. Реально же главным центром принятия политических решений, то есть собственно правительством, был Комитет общественного спасения. Важная роль также принадлежала Комитету общей безопасности, ведавшему полицией.
На местах представителями центральной власти стали депутаты Конвента, отправленные в различные департаменты и армии. Эти «проконсулы» обладали практически неограниченными полномочиями, подчинялись непосредственно Комитету общественного спасения, а по завершении миссии отчитывались перед Конвентом.
Основным средством удержания власти и достижения своих политических целей для якобинцев стал террор — систематические репрессии, проводимые не только для того, чтобы уничтожить реальных противников, но и для того, чтобы запугать всех недовольных действиями властей, подавить их волю к сопротивлению. Нагнетанию страха служили не только постоянные публичные казни: 16 октября — королевы Марии-Антуанетты, 31-го — 21 жирондиста (Бриссо, Верньо и др.), 6 ноября — бывшего герцога Орлеанского, носившего после свержения монархии имя Филиппа Эгалите («Равенство»), 10-го — Байи, 28-го — Барнава и т. д. — но и крайне растяжимые рамки репрессивных законов, под действие которых мог попасть любой гражданин. Так, по принятому 17 сентября 1793 г. декрету о подозрительных, тюремному заключению на неопределенный срок («до заключения мира») подлежали, например, лица, которым местные власти отказали в свидетельстве о благонадежности, государственные служащие, отрешенные от своих должностей, и т. п. Согласно же уточняющему этот закон постановлению Коммуны Парижа, «подозрительными» следовало считать тех, кто, «ничего не сделав против свободы, равным образом ничего и не сделал в ее пользу».
Помимо мер устрашения, революционные власти активно проводили военно-организационную работу. В Комитете общественного спасения ею занимались Карно, Ленде и Приер (из Кот-д’Ор), которых называли «специалистами», в отличие от остальных членов Комитета — «политиков». В короткий срок были созданы новые мануфактуры для производства оружия, боеприпасов и снаряжения, налажено снабжение войск. Бесперебойное пополнение армий личным составом обеспечил декрет от 23 августа о массовом призыве новобранцев, фактически — закон о всеобщей воинской обязанности.
Энергичные усилия позволили якобинскому правительству в достаточно короткий срок переломить ситуацию. Уже в июле был подавлен «федералистский мятеж» в Нормандии, 25 августа — в Марселе. 9 октября правительственные войска штурмом взяли Лион, 16 октября без боя вступили в Бордо. Тулон пал 19 декабря после ожесточенных боев, в которых особо отличился артиллерийский офицер Наполеон Бонапарт. В декабре на правом берегу Луары были разгромлены основные силы вандейцев.
За военными победами над внутренними противниками следовали жестокие репрессии. После взятия Лиона Конвент постановил разрушить этот город. Под руководством депутатов Ж. М. Колло д’Эрбуа и Ж. Фуше многие здания были взорваны, две тысячи жителей казнены. В Нанте по приказу «проконсула» Ж. Б. Каррье несколько тысяч людей было утоплено в Луаре. В Вандее карательные отряды — «адские колонны» генерала Тюрро — вырезали целые деревни, не щадя ни детей, ни женщин.
На внешних фронтах осенью 1793 г. непосредственная угроза Республике также была устранена. Французские войска под командованием Журдана и Карно отбросили силы коалиции на северо-востоке. Генералы Гош и Пишегрю нанесли ряд поражений пруссакам и австрийцам в Эльзасе. К концу года практически на всех направлениях, кроме пиренейского, армии Республики вытеснили врага с французской территории. В следующую кампанию они перенесли боевые действия уже на территорию неприятеля. Наиболее важной в 1794 г. стала победа армии Журдана над объединенными силами коалиции при Флерюсе 26 июня, после чего вся Бельгия перешла в руки французов.