С ослаблением внешней опасности обострились противоречия внутри революционного лагеря. Если в сентябре-октябре 1793 г. и Робеспьер, и ультралевые — руководители Коммуны Шометт и Эбер — вместе участвовали в разгроме «бешеных», которые вновь попытались оказать давление на власть, потребовав дальнейшего ужесточения государственного контроля над экономикой, то уже в ноябре робеспьеристы и эбертисты заняли диаметрально противоположные позиции по вопросу об отношении к католической религии.
Принятие Конвентом 5 октября нового, революционного календаря, призванного заменить прежний, григорианский календарь, связанный с христианским культом, ультралевые использовали как повод для начала «дехристианизации» — кампании против католической веры. В Париже это движение возглавила Коммуна. «Дехристианизаторы» закрывали католические храмы, принуждали священников к отречению от сана, глумились над христианскими святынями. В провинции такие же действия инспирировали некоторые из «проконсулов», например Фуше. Взамен католической религии ультралевые пытались насадить «культ Разума», предполагавший почитание Революции и «мучеников свободы» (Марата, Шалье и др.). Однако большинство Конвента крайне негативно отнеслось к их инициативе. В конце ноября — начале декабря против «дехристианизации» решительно выступили Робеспьер и Дантон, положив ей конец. Впрочем, между этими наиболее влиятельными лидерами якобинцев также существовали серьезные разногласия. С конца ноября Дантон, Демулен и их сторонники, получившие прозвище «снисходительных», развернули агитацию против продолжения террора, но встретили жесткий отпор со стороны робеспьеристов.
Прекращение террора ни в коей мере не входило в планы Робеспьера. Еще в декабре 1793 г. он заявил о необходимости сформулировать позитивный идеал, к осуществлению которого должна привести Революция, а в феврале 1794 г. изложил свое видение этого идеала. Результатом Революции, по мнению Робеспьера, должно было стать общество нравственно совершенных людей, готовых безоговорочно жертвовать своими личными интересами ради общественных. Основным средством реализации этой этической утопии Робеспьер считал террор, которым надо очистить общество от не желающих следовать требованиям добродетели. Видя в Революции проявление вечной борьбы добродетели и порока, он трактовал любые политические разногласия в категориях этики. По мнению Робеспьера, тот, кто не разделяет его стремления к «царству добродетели», «нравственно испорченный», порочный человек, а значит, «контрреволюционер», подлежащий уничтожению. Именно таковыми он считал эбертистов и дантонистов.
В начале марта 1794 г. Эбер и некоторые его сторонники заявили в Клубе кордельеров о необходимости восстания для проведения новой чистки Конвента. И хотя этот призыв не имел практического продолжения, Комитет общественного спасения использовал его как повод для разгрома ультралевых. Их лидеров арестовали в ночь с 13 на 14 марта, предали суду Революционного трибунала и спустя несколько дней казнили. Состав Коммуны был радикально обновлен: ее возглавили сторонники Робеспьера.
После этого настала очередь «снисходительных». 30 марта были арестованы Дантон, Демулен и еще ряд депутатов Конвента. В начале апреля над ними состоялся суд. Чтобы добиться обвинительного приговора для людей, имевших среди революционеров огромный авторитет, робеспьеристам пришлось грубо нарушить процессуальные нормы. Приговор был вынесен, обвиняемые казнены.
Важным шагом на пути к «царству добродетели», по мнению Робеспьера, должно было стать введение гражданского культа Верховного существа, которой бы обеспечил сакрализацию республиканских добродетелей. 7 мая Конвент после доклада Робеспьера принял декрет, где сформулировал принципы новой религии и установил соответствующие праздники. Первый из них состоялся уже на следующий день. Однако насаждаемый сверху искусственный культ не нашел отклика в народе.
Другой мерой по реализации робеспьеристского идеала стало ужесточение террора. 10 июня 1794 г. (по революционному календарю — 22 прериаля II года Республики) по докладу Кутона, активно поддержанного Робеспьером, Конвент принял декрет, лишавший обвиняемых права на защиту и предусматривавший для «врагов народа» единственное наказание — смертную казнь. Само понятие «враг народа» было крайне расплывчатым. Таковыми, например, признавались те, кто «пытается вводить народ в заблуждение и препятствовать его просвещению, портить нравы и развращать общественное сознание». Закон 22 прериаля открыл дорогу Великому террору. Только в Париже с 11 июня по 27 июля было казнено 1376 чел.