«Декрет о двух третях» означал, что депутаты Конвента, к тому времени уже полностью растерявшие остатки былой популярности в обществе, будут по-прежнему находиться у власти. Возмущенные этим парижане 4—5 октября (12—13 вандемьера) подняли восстание. Конвент заклеймил его как «роялистское» и бросил против горожан армию. При подавлении бунта вновь отличился генерал Бонапарт, чья артиллерия рассеяла повстанцев залпами картечи.
25 октября Конвент завершил свою работу.
Правление Директории началось в благоприятной для Франции внешнеполитической обстановке. Еще в апреле 1795 г. был подписан мир с Пруссией, в мае — с Голландией, в июле — с Испанией. Франция присоединила к себе Бельгию и оккупировала правый берег Рейна. Следующие годы принесли новые военные успехи. В 1796 г. Бонапарт разгромил в Северной Италии австрийские и сардинские войска. Сардиния вышла из войны, уступив Франции Савойю и Ниццу. После еще одной победоносной кампании Бонапарта в 1797 г. австрийцы подписали 17 октября мир в Кампо-Формио, признав французские права на Бельгию, Ионические острова и левый берег Рейна. Кроме того, Франция существенно укрепила свои позиции на континенте, где были созданы зависимые от нее марионеточные государства, т. н. дочерние республики — Батавская (Голландия), Гельветическая (Швейцария), Цизальпийская (Ломбардия), Лигурийская (Генуя), Римская, Партенопейская (Неаполь) и др. Единственным противником Франции теперь оставалась лишь Англия.
Огромные контрибуции с оккупированных земель дали Директории необходимые средства для проведения финансовой реформы. В феврале 1796 г. прекратился выпуск ассигнат и началось постепенное возвращение к использованию звонкой монеты. В сентябре-декабре 1797 г. правительство осуществило частичное банкротство, значительно сократив государственный долг, а оставшуюся его часть переоформило на более выгодных для себя условиях.
Главной слабостью режима была узость его социальной базы. Властям приходилось постоянно считаться с «левой» угрозой — якобинцами, и с «правой» — сторонникам реставрации монархии. Директория была вынуждена проводить «политику качелей»: борясь с «правыми», искать поддержки у «левых» и наоборот.
После вандемьерского мятежа правительство освободило из тюрем многих бывших «террористов». Однако вскоре они составили заговор, возглавлявшийся журналистом Г. Бабефом. Позднее это движение получило название «заговора равных». Сторонники Бабефа — бабувисты — планировали захватить власть и, установив режим революционной диктатуры, построить коммунистическое общество с жесткой регламентацией государством всех без исключения сторон жизни. В мае 1796 г. заговор был раскрыт, двое его руководителей, в том числе Бабеф, осуждены на смертную казнь, остальные — на тюремное заключение.
Репрессии против «левых» способствовали тому, что весной 1797 г. на очередных выборах трети депутатов Законодательного корпуса победу одержали сторонники монархии. В течение лета роялистское большинство отменило законы против эмигрантов и неприсягнувших священников. Оно готовилось сместить и Директорию, но та успела нанести удар первой. 4 сентября (18 фрюктидора) при поддержке республиканских генералов, включая Бонапарта, Директория произвела государственный переворот. Результаты выборов были аннулированы, депутаты-роялисты арестованы и высланы из страны, десятки монархических газет закрыты, репрессивные законы против неприсягнувшего духовенства и эмигрантов восстановлены.
Однако крен «влево» привел на апрельских выборах 1798 г. к победе якобинцев. Директории, чтобы сохранить необходимое ей соотношение голосов в Законодательном корпусе, пришлось организовать проверку полномочий вновь избранных депутатов и отсеять «левых» таким образом.
Внутренняя нестабильность усугубилась в 1798 г. осложнениями во внешней политике. Стремясь подорвать экономическую мощь своего последнего противника — Англии, Директория направила армию под командованием Бонапарта в Египет, чтобы оттуда угрожать английским владениям в Индии. Однако после успешного начала экспедиции и оккупации французами Египта британский адмирал Нельсон уничтожил французский флот в сражении при Абукире, намертво блокировав Бонапарта в Египте. Одновременно в Европе образовалась Вторая антифранцузская коалиция, куда, кроме Англии, вошли Австрия, Россия, Швеция, Турция и Неаполь. В 1799 г. русско-австрийские войска под командованием А. В. Суворова разбили французов в Италии. «Дочерние» республики на Апеннинском полуострове пали. Англо-русский корпус высадился в Голландии.