Должность сёгуна первоначально предполагала, что он будет оберегать императора от нападений «варваров». На самом деле немногочисленные протоацны (не имеющие своей государственности племена полукочевых земледельцев, рыболовов, охотников и собирателей) не представляли никакой реальной угрозы режиму. Настоящих внешнеполитических врагов у Японии не существовало. Однако после окончания междоусобных войн Иэясу предстояло восстановить и сохранить спокойствие и мир в самой Японии, чего страстно желали ее измученные войнами обитатели. В 1615 г. его войска взяли штурмом осакский замок ТоётомиХидэёри (1593—1615), последнего возможного конкурента в борьбе за власть. После самоубийства Хидэёри дом Токугава окончательно утвердился в своем положении повелителя страны.
Всего через два года после своего назначения сёгуном Иэясу отрекся от должности в пользу своего сына Хидэтада (1579—1632), который повелением императора был также назначен сёгуном. С помощью этого акта Иэясу желал продемонстрировать, что основал сёгунскую династию. Однако сам Иэясу до самой смерти оставался реальным главой сёгуната. Отрекаясь, он использовал политическую технику, давно апробированную в императорском доме, когда отрекшийся император зачастую получал большие полномочия по сравнению с тем временем, когда он находился на троне. Назначив преемника, он по праву старшинства оставался главой дома, но избавлялся при этом от многих ритуальных и церемониальных ограничений, которые накладывал на него императорский титул. Отречения сёгунов были достаточно распространенной практикой и в дальнейшем.
Свою ставку Иэясу основал в Восточной Японии — в рыбацкой деревушке Эдо (современный Токио), которая была расположена в 450 километрах от Киото, где находился дворец императора. Согласно традиционным географическим представлениям, страна членилась на «западную» ЯгГонию (ее центром была императорская резиденция в Киото) и «восточную» Японию. Ее центром стал сёгунский замок в Эдо.
Теперь это поселение стало стремительно преображаться в гигантский город — главный административный центр страны. Однако, памятуя о своем военном прошлом, правительство Токугава по-прежнему скромно именовало себя «полевой ставкой» (бакуфу). Она находилась на побережье ТихОго океана в долине Канто, самом большом рисопроизводящем районе страны. Это обстоятельство оказалось для Токугава более важным, чем близость к императору и Киото — традиционному политическому центру Японии. Получив контроль над Канто, Токугава приобрели ресурсную основу для содержания разветвленного бюрократического аппарата и самой большой армии в стране, конкуренцию которой не могла составить ни одна другая княжеская дружина.
Особенностью японской ситуации этого времени стала почти полная изоляции страны от остального мира. Сёгунат Токугава ощущал внешний мир прежде всего как угрозу. Море воспринималось не как потенциальный источник открытий и обретений, а как среда, которая является проводником дурных флюидов, влияний, опасности, нашествий. В соответствии с этими убеждениями и выстраивалась «внешняя политика» сёгуната, направленная на то, чтобы никакой внешней политики не было бы вовсе. Среди институтов сёгуната внешнеполитическое ведомство попросту отсутствовало. Таким образом, внешнеполитические соображения оказывали огромное влияние на всю деятельность сёгуната. Политика почти полной закрытости была ее стержнем. В первую очередь учитывалась та опасность, которую несли европейские проповедники христианства.
Первые католические миссионеры и европейские купцы (в основном португальцы) стали прибывать в Японию начиная с середины XVI в., и поначалу отношение к ним было весьма благожелательным. Временами они пользовались покровительством властей, их успехи в прозелитской деятельности были весьма велики, некоторые князья с Кюсю даже крестились, предписывая и своим подданным принимать христианство. В Европу (в Ватикан) в 1582 г. было даже направлено посольство, в которое вошли четверо крещеных подростков — учеников семинарии в Арима (Кюсю).