Однако постепенно отношение к христианским миссионерам стало меняться. Главной причиной этого стало то, что христиане считали власть духовную выше власти светской. В 1639 г. были изданы сёгунские указы, окончательно запретившие пребывание в Японии миссионеров (в основном это были иезуиты) и европейских купцов. Европейцев сочли силой, которая оказывала на Японию дестабилизирующее влияние. Лучшим доказательством этому послужило крестьянское восстание 1637—1638 гг. в Симабара (провинция Хид-зэн, совр. преф. Нагасаки). Именно там, на острове Кюсю, влияние христиан было наиболее ощутимым. Восстание началось из-за повышения налогов, в нем участвовало 37 тысяч человек, среди его руководителей были японские христиане. В подавлении восстания приняло около 120 тысяч воинов, голландцы помогали в его усмирении (обстреливали береговые укрепления повстанцев со своего корабля).
После указов о закрытии страны общение с внешним миром было ограничено для Японии немногими китайскими (12 кораблей в год, с 1790 года — 10), корейскими и голландскими судами Ост-Индской компании. Китайские и голландские суда бросали якорь в Нагасаки, торговля с корейцами осуществлялась через княжество Цусима, то есть для контактов с иностранцами были выбраны места, максимально отдаленные от центра страны.
Лимит для голландских кораблей был жестким и составлял всего два корабля в год (с 1790 года — один). Фактория голландской Ост-Индской компании, ввозившей в Японию предметы роскоши, лекарства, книги и другие «диковинки» (ножницы, подзорные трубы, географические карты и т. п.), располагалась на крошечном насыпном островке Дэдзима (Дэсима) возле Нагасаки. Именно обитатели этой фактории (среди них были не только голландцы, но и представители других европейских стран) стали на долгое время для японцев единственным «окном в Европу». Более мягкое отношение к голландцам было обусловлено их лояльностью режиму (оказали помощь в подавлении Симабарского восстания), а также тем, что они были не католиками, а протестантами, и не занимались прозелитской деятельностью. Прибывая в Японию, они были обязаны представить детальный доклад о том, что произошло в Европе за истекший «отчетный период».
Опасаясь западной экспансии, японские чиновники внимательнейшим образом следили за европейскими событиями. В особенности они интересовались португальцами, за которыми закрепилась самая дурная слава. Пользуясь своим монопольным положением, голландцы нередко обманывали японцев — не сообщали об одних европейских событиях, другие — толковали в свою пользу. Тем не менее общее представление о положении в Европе японцы (высшие бюрократы) все-таки имели.
Расхожим мнением является соображение о том, что закрытие страны лишило Японию контактов с более «развитой» западной цивилизацией и обрекло ее на «отсталость». Факт, что одновременно с этим Япония «обрекла» себя на спокойную, мирную и вполне благополучную жизнь, которая длилась в течение более двух веков, объективирован в гораздо меньшей степени, что является отражением ценностных установок современного японского общества, ориентированного на «прогресс».
После подавления Симабарского восстания Япония действительно вступила в полосу стабильности и мира. Европейцы, разочарованные отсутствием в Японии тех ресурсов и товаров (пряности, золото, драгоценные камни), которые в избытке имелись в других странах Восточной Азии (прежде всего, в Индии, а затем и в Китае), в течение длительного времени не беспокоили Японию непрошеными вторжениями. Вместе с запретом «на въезд» был введен и запрет на выезд японцев за пределы архипелага. Строительство крупных судов также не дозволялось. Водоизмещение судна, не оснащенного поворотным парусом, не должно было превышать 150 тонн, кораблю дозволялось иметь только одну мачту. В связи с этим японские рыбаки достаточно часто терпели кораблекрушения при таких погодных условиях, с какими могли справиться корабли европейские. Японских рыбаков, которые волей океанской стихии оказывались на российской территории, безошибочно идентифицировали прежде всего по их одномачтовым судам1. Временами российские власти возвращали японских моряков на родину, но бывали и случаи, когда японские чиновники отказывались принять их обратно — настолько был велик страх перед заграницей и ее пагубным влиянием.
Токугава Иэясу и его потомкам удалось выстроить такую политическую систему, которая доказывала свою прочность в течение более чем двух веков. К XVIII в. страна оказалась разбита на две с половиной сотни княжеств. Их размеры были ничтожны — в среднем всего около тысячи квадратных километров. Князья были ранжированы на три основные категории: прямые вассалы дома Токугава — фудай даймё («внутренние князья»; в их число попали союзники Иэясу по борьбе против коалиции западных княжеств; в конце XVIII в. их насчитывалось около 145), тодзама даймё («внешние князья», бывшие противники Иэясу, их число составляло 98) и «родственные княжества» («симпан», их насчитывалось 23), т. е. те княжества, которые возглавлялись родственными Токугава домами. Иэясу предоставил трем своим сыновьям княжества в Овари, Кии, Мито. В случае отсутствия наследника по прямой линии новый сёгун мог избираться из представителей этих домов (впоследствии к этому списку были добавлены еще три дома). В этом случае использовался широко распространенный среди всех слоев населения механизм усыновления. Эта система реально «работала», и из 15 сёгунов 5 были представителями боковых ветвей дома Токугава. Такие же правила действовали и в среде князей, им разрешалось усыновление даже на смертном одре, ибо в случае отсутствия мужского наследника княжество подлежало ликвидации.