Внутри основных категорий князей существовали и более мелкие градации, князья обладали и своими собственными вассалами, что создавало достаточно запутанную систему вассальных отношений. При этом переход из одной категории в другую был, как правило, невозможен. Хотя из этого правила и существовали исключения, но общим курсом Токугава по отношению к княжествам была не их интеграция, а фиксация того типа отношений, который существовал при Иэясу. Это не означает, что правительство бакуфу не занималось конфискацией и перераспределением земель при первых сёгунах (было ликвидировано 87 знатных военных домов, владения трех были уменьшены в размерах), но идеи полной централизации управления не существовало.
К XVIII в. система обрела окончательную стабильность, случаи перераспределения земли и переводов даймё с места на место стали скорее не правилом, а исключением. Идеалом сёгуната Токугава являлась конфедерация княжеств, а не государство абсолютистского (высокоцентрализованного) типа. Это было не только политическое, но и мировоззренческое убеждение: Иэясу завещал своим потомкам оставлять без изменения нравы и обычаи провинций, входивших в Японию, заявив: то, что хорошо для одних, не подходит другим.
Политический строй Токугава держался на сложной системе «сдержек и противовесов». Иерархия князей была выстроена таким образом, что определяющим параметром в ней являлось не столько благосостояние, сколько статус. В то время богатство того или иного княжества определялось по потенциальному урожаю риса (кокудака), который может быть получен с имевшейся земли. Это не означало, что все посевные площади были в реальности отданы под рис — величина кокудака указывала на то, сколько можно получить риса в средний год при условии, что все поля отданы под рис. Потенциальный урожай исчислялся в количестве коку (1 коку = 180 литров). Для скромного пропитания человеку хватало около полутора-двух коку в год. Минимальный же уровень дохода для княжества составлял 10 тысяч коку. Наибольшей урожайностью обладали земли сёгунской запашки (4 213 171 коку), однако в списке 16 крупнейших княжеских землевладений (от 300 тысяч до 1 миллиона коку) 11 принадлежало «внешним князьям». Тем не менее их представители не имели права занимать места в чиновничьем аппарате сёгуната (насчитывал 17 тысяч человек), многие должности в котором превратились в наследственные. Во всех церемониальных мероприятиях сёгунского двора «внешние князья» были отодвинуты на второй план. Нищий императорский двор (141 151 коку на 137 семей высших аристократов) продолжал «жаловать» чиновничьи ранги и должности, введенные еще в VIII в. Но теперь они давались только по представлению сёгуната, и представители «внешних княжеств» были фактически исключены из этого наградного процесса, что больно задевало их самолюбие.
На поведение князей были наложены серьезные ограничения. Им запрещалось строить новые оборонительные сооружения (замки); заключать браки они могли только с согласия бакуфу (для предотвращения создания скрепленных кровным родством коалиций); по всей стране было запрещено иметь огнестрельное оружие; крупнейшие города (Эдо, Киото, Осака, Нагоя), порты и рудники были выведены из-под контроля князей и находились под непосредственным контролем бакуфу. Сёгунат всячески препятствовал контактам князей с императорским домом.
Одной из форм контроля над князьями была «система заложничества» (санкин котай, введена в 1635 г.), которая предписывала даймё и их семьям обязательное нахождение в столице. Только по прошествии года князю разрешалось вернуться в родные места — тоже на год. Семья же продолжала оставаться в Эдо. Затем князь и его дружина снова возвращались в Эдо. Живя «на два дома», даймё истощали свои материальные ресурсы. Расходы на путешествия, в которых участвовали многочисленные дружины, и содержание резиденций в Эдо отнимали 35—40 процентов княжеских доходов, а источников для их пополнения у них было не слишком много. Крошечные размеры княжеств не давали реальной возможности для создания сколько-то значительного прибавочного продукта. Держа князей в Эдо под присмотром своих бдительных агентов, сёгуны предотвращали возможность сговора. Будущие наследники княжеского дома рождались и воспитывались в Эдо, свое первое путешествие в «родное» княжество они обычно совершали только после инаугурации. Поскольку князья с дружинами значительную (если не большую) часть времени проводили в Эдо, это вызвало рост самого Эдо и депопуляцию столиц княжеств — «призамковых городов».