Самостоятельности княжеств способствовало и слабое развитие коммуникаций в стране. Панически опасаясь заговоров и мятежей, сёгунат не разрешал их принципиального улучшения (ширина главного тракта Токайдо, соединявшего Эдо, Осака и Киото, составляла около пяти метров), на строительство новых дорог и мостов накладывались серьезные ограничения, в стране существовала сеть застав
никаких военных и почти никаких материальных ресурсов и находились в этом отношении в полной зависимости от благорасположения бакуфу. Собственных средств двора не хватало даже на то, чтобы восстановить дворец после пожара или провести церемонию интронизации.
С другой стороны, несмотря на то что император не имел никакого влияния на принятие решений, он продолжал обладать достаточно высоким ритуальным и церемониальным статусом. Император («сын Неба») считался земным воплощением Полярной звезды («тэнно») и отправлял ритуалы, ставящие своей целью обеспечение благоденствия страны (на этом основании европейцы часто именовали его «духовным императором», уподобляя римскому папе). Новый сёгун приобретал официальный статус только после того, как получал указ императора о назначении на должность. Окружение сёгуна получало придворные ранги и придворные должности тоже только с санкции (хотя бы и формальной) императорского двора, за что приходилось ему приплачивать. В отличие от древности, эти ранги и должности не обеспечивались соответствующим материальным содержанием, но без них высшие военные чувствовали себя людьми «неполноценными». Сёгуны временами подкрепляли свой авторитет с помощью «династических» браков. Так, в 1620 г. внучка сёгуна Хидэтада была отдана замуж за императора Гомидзуноо (1611 — 1629), а их семилетняя дочь Мэйсё даже заняла в 1629 г. императорский трон — впервые после VIII в. на троне оказалась женщина. Предпоследний сёгун Иэмоти (1858—1866) был женат на принцессе Кадзуномия. Дочери киотосских аристократов были желанными невестами и в княжеских домах.
Члены императорского рода осуществляли ритуальную «охрану» сёгунских предков: в буддийском храме Бодайдзи в Эдо, где отправлялись поминальные службы по членам сёгун-ского рода, настоятелем служил принц крови, местом рождения которого был Киото. В затеянной в 1658 г. во влиятельнейшем княжестве Мито многотомной «Истории великой Японии» (ее инициатор Токугава Мицукуни, 1628—1701, был дядей сёгуна Цунаёси), которая пользовалась большим авторитетом, сёгуны и самураи оценивались в зависимости от степени их лояльности императору.
Иными словами, императорский двор обеспечивал легитимность режиму сёгуната. Токугава возводили свое происхождение к роду Гэндзи (Минамото), который, в свою очередь, считал своим предком императора Сэйва (858—876). Токугава не имели на то никаких реальных генеалогических подтверждений, но эта фальсификация, тем не менее, тоже служила основанием для подтверждения законности их власти.
Император, который считался в дальневосточной политической философии «хозяином времени» (в том числе погоды, а значит, и урожая), сохранил эту функцию и при Токугава — именно от его имени провозглашались девизы правления, в соответствии с которыми жила вся страна. В документе, известном как «Завещание Токугава Иэясу», его автор фактически признавал, что сёгунская династия, в отличие от императорской, конечна. Считалось, что китайская по своему происхождению концепция «мандата Неба» (смена династии, растратившей свою сакральную энергетику — кит. дэ, яп. току) применима к сёгунам, а не к императорам. История подтверждала это умозаключение: если императорская династия не знала перерыва с самых древних времен, то у сёгуната Токугава было два предшественника — сёгунаты Минамото (1185— 1333) и Асикага (1333—1573). «Золотой век» Японии сёгуны относили к правлению мифического первоимператора Дзим-му, а не к своим предшественникам. Закрепленный за императором статус покровителя наук и искусств (основным из которых считалась поэзия) служил важнейшим средством поддержания его статуса и авторитета, поскольку в японской (дальневосточной) традиции поэзия считается мощным и общепризнанным средством гармонизации космоса и уничтожения хаоса. Поскольку сёгуны Токугава сделали основой своей идеологии неоконфуцианство, они не могли игнорировать его важнейший постулат: примат светско-духовной власти над военной. Ибо только ритуалы и церемонии (а их главным источником является император) обеспечивают порядок в Поднебесной, отделяют человека культурного от варвара.