Не удивительно, что ещё Рачинский — этот христианин-педагог — с великой скорбью взирал на наши духовные школы и не хотел признавать за ними характера духовных. Вот что он говорит, между прочим: «Система воспитания нашего духовенства, несмотря на неоднократные, во многом неосторожные ломки, до сих пор не пришла в состояние удовлетворительное... Многие пороки и, прежде всего, пьянство и лживость свили себе в наших духовно-учебных заведениях прочное гнездо. Великий грех в этом отношении лежит на наших духовных академиях, снабжающих все прочие духовно-учебные заведения преподавателями и начальствующими лицами. Весь внутренний склад и самое наименование этих академий есть ложь. Можно назвать их академиями богословскими, но отнюдь не духовными. Огромное большинство своих воспитанников они навсегда отвращают от духовного звания, подрывают в них веру, вселяют в них стремление к необузданной нравственной свободе, которое, прежде всего, осуществляется в пьянстве... Можно себе представить, как мало поддержки своим духовным стремлениям получают воспитанники духовно-учебных заведений от наставников, питающих презрение к рясе, подающих им пример распутства и прикрывающего его обмана» (стр.243. С.Шк.). Если так говорит о духовной школе человек сравнительно стоявший вдали от неё, то, что же может сказать тот, кто проходил духовную школу с низшей до высшей, или служил в ней, не отрешаясь от взгляда, что это духовная пастырская школа. Нам самим известен случай, когда преподаватель одной духовной семинарии, кажется (страшно сказать) догматического богословия, отказался перед смертью исповедаться и причаститься Св.Христовых Таин, не смотря на уговоры Ректора семинарии. А случаев, когда в бытность учеником приходилось видеть преподавателей пьяными даже в классе, можно указать бы очень много. Ясно отсюда, что могут дать для Церкви такие пастырские школы, отвращающиеся от церковного и духовного характера. Неудивительно, по этому, то саморазложение, которое проявлялось теперь в духовных школах в виде забастовок и требований превратить духовные академии в простые богословские факультеты, совершенно оторвать их от Церкви и пастырства. Да и действительно гораздо лучше скорее покончить с существованием этих уродливых школ и создать новые пастырские школы — средние и высшие. Но, конечно, уж дело этого создания новых пастырских школ взамен теперешних должно быть делом, прежде всего, самой церковной власти, её иерархов, церковного собора, ибо разве могут те, которые теперь испаряют и выкуривают из пастырской школы всё пастырское и духовное, создать что-либо новое, лучшее в этом смысле. О пастырстве и духовных нуждах Церкви должны, прежде всего, заботиться Архипастыри и нам подлежит этот вопрос для своего решения. И в данном случае реформа духовной школы не должна сводиться только к некоторого рода изменениям в программах, в передвижении и перестановке предметов, тем более удовлетворении тех требований, которые высказываются в петициях воспитанников семинарии, особенно касающиеся разного рода дисциплинарных вольностей, вроде отсутствия надзора за ними и свободного чтения всех книг, или участия в собраниях Правления и контроля над действиями Правления. Необходимо нужно создать новый тип пастырской школы, высшей и низшей, и притом такой школы, которая могла бы обеспечивать возможность подготовки к пастырству и выпуск людей с искренним религиозным одушевлением или настроением. Сохранить же теперешний тип духовной школы высшей и низшей невозможно: нужно всё равно внести такие существенные изменения, которые будут равны совершенному пересозданию этой школы, созданию именно новой школы, а ограничиться немногими изменениями и ждать от этого добрых результатов, для церкви нет оснований и по многим причинам, указываемым наличными недостатками самой духовной школы.
Теперь уже появилось в разного рода журнальных статьях и заметках, солидных академических журналах и менее учебных богословских периодических изданиях, даже во многих «Епархиальных Ведомостях» (ибо вопрос о духовных школах близок и интересен и сельскому духовенству, голос которого об этом вопросе весьма важен) масса материала для выяснения причины разложения наших духовных школ и тех недочётов её в учебном воспитательном строе, которые необходимо немедленно устранить для возрождения этой школы. Появились и разные проекты реформы духовных школ. Правда, большинство из этих статей и заметок носит слишком летучий характер, часто ограничивается указанием недочётов одной какой-либо стороны жизни школы; высказывает пожелания, касающиеся то изменений программ, то прав учащих и учащихся, то дисциплины и проч. И немногие из них охватывают вопрос целиком и, выясняя по существу дела причины упадка наших школ, пытаются создать нечто действительно цельное в смысле воссоздания пастырской школы. Нужно сказать, что в указании недочётов нашей духовной школы и причин её разложения авторы разных статей и заметок и даже петиции самих воспитанников в общем сходятся, особенно в том случае, когда дело касается более внешней стороны организации нашей школы, а не той внутренней атмосферы и того собственно направления и настроения, которыми должны быть проникнуты наши школы духовные. Правда, и в последнем случае эти заметки сходятся в признании необходимости изгнать по преимуществу религиозный элемент из семинарского воспитания и заменить его беспринципным светским.