Благодаря его молитвенности и личному духовному обаянию в храме стало появляться все больше прихожан. Практика Иисусовой молитвы, частые исповедь и причастие стали основным ядром духовной практики прихожан Николо-Толмачевского храма.
В то время, когда в храме шла глубокая духовная жизнь, напротив церкви в бывшем здании церковноприходской школы, превращенной в атеистический клуб им. Карла Маркса, шла активная антирелигиозная пропаганда. В большие церковные праздники возле храма собиралось шествие с богохульными транспарантами, в адрес молящихся неслась матерщина, а во время крестных ходов летели камни.
Первый арест отца Ильи последовал в 1923 году, когда священника продержали в тюрьме три месяца. Впервые в жизни он столкнулся со шпаной, с уголовниками, но увидел также и исповедников веры Христовой. Особенно сильно его потрясла встреча с епископом Лукой (Войно-Ясенецким). Батюшка увидел мир, о существовании которого он раньше даже не догадывался, живя своей обособленной жизнью.
По выходе из тюрьмы, несмотря на голод и крайнюю нищету (в семье у него тогда было уже шестеро детей), отец Илья продолжал служить каждый день. Матушка за неимением обуви часто ходила на службу в обмотках из тряпок на ногах. Она ежедневно утром и вечером была в храме. Получив музыкальное образование и обладая хорошими способностями, матушка и читала, и пела, и регентовала. Часто, перекрестившись, она произносила с благоговением: «Слава Богу за все!». Все беды, все испытания она принимала, как из рук Божьих.
В 1929 году храм закрыли и разобрали, а через год арестовали и священника.
В одном из институтов, где работали духовные чада отца Ильи, проводили собрание, посвященное борьбе с вредителями. После собрания было предложено принять резолюцию с требованием смертной казни для политических врагов. Верующие люди отказались голосовать. За это их не только уволили, но и арестовали. Следствие установило у какого священника они опекаются, и создало дело об организованной антиреволюционной банде во главе со священнослужителем.
За отцом Ильей пришли поздно ночью. Он стал собираться с молитвой. Матушка спросила батюшку:
– Что ты сейчас чувствуешь?
– Глубочайший мир, – ответил он.
В тюрьме отец Илья был помещен в небольшую общую камеру, где было столько людей, что на полу между нар лечь было негде, и он спал на заплеванном, грязном полу под нарами. В 1930 году отца Илью приговорили к трем годам заключения в ИТЛ. Страшные условия, холод, голод, издевательства не сломили дух священника. «Я здесь не унываю, и ты не унывай», – писал он своей матушке. Были ситуации, когда от страшной боли во всем теле он не мог даже пошевелиться. Горькие слезы лились из его глаз. Но батюшка вспоминал о страданиях Христа и говорил себе: «Нет, Господи, хотя бы я умирал в моих страданиях, я никогда не перестану молиться и верить Тебе».
Одному Богу известно, что происходило в его душе в эти годы. В январе 1932 года отца Илью оклеветали и посадили в изолятор на двадцать дней. Помещение было не отапливаемое, окна выбиты, вокруг бегали крысы. И вдруг в этом адском месте, на грани полного отчаяния, безнадежности и неминуемой смерти, его посещает Бог, и отец Илья обретает мир души. «Обретут покой только те, кто научился кротости и смирению», – записал он в своем дневнике.
Отец Илья чувствовал, что выйти из лагеря живым ему не суждено. Он писал своей матушке:
«Из твоих писем видно, что ты часто занимаешься совершенно бесполезным занятием: считаешь дни, сколько прошло со дня нашей разлуки и сколько еще осталось до дня моего возвращения домой. Я этого не жду. Я уверен, что в вечности мы будем с тобой вместе, а на земле нет. Здесь я прохожу вторую духовную академию, без которой меня не пустили бы в Царство Небесное. Каждый день я жду смерти и готовлюсь к ней».
С одной стороны священника окружала шпана, насилие, бесчеловечное отношение, голод, побои; с другой он видел вокруг себя немало людей, которые через страдания очистили и освятили свою душу. Богословское образование ума в лагере переплавлялось в духовное образование сердца. Именно здесь, в лагере, отец Илья всей душой полюбил Христа. «Нет Его краше, нет Его милее», – говорил он своим собратьям.
Сам лагерь батюшка стал воспринимать как монастырь, в котором его душа очищается от всякой скверны. Незадолго до своей гибели батюшка сказал такие знаменательные слова: «Я тут стяжал мир души. Я многого лишился в жизни, я уже не страшусь никаких потерь, я готов каждый день на смерть, я люблю Господа и за Него я готов хоть живой на костер».