В 1904 году мама Коли была при смерти. Медики сказали, что она неизлечимо больна и медицина здесь уже бессильна. Смерть должна была наступить со дня на день. Как раз в это время в Вятку приехал отец Иоанн Сергиев, которого люди с любовью называли «всероссийским батюшкой». Толпа народа, которая встречала своего пастыря, была огромной, люди приезжали не только с Вятки, но и со всех соседних городов и деревень. С большим трудом Николаю удалось приблизиться к отцу Иоанну и сообщить ему о болезни матери, прося его молитв. Тот спросил, как зовут его маму, перекрестился и сказал: «Дай Бог ей здоровья!»
Тем не менее, состояние мамы Николая становилось хуже с каждой минутой. Но вот кто-то сообщает семье Анисимовых, что в их дом навестить умирающую едет сам отец Иоанн Кронштадтский. Владыка Нестор вспоминал потом:
«Отец Иоанн положил маме на голову свой наперстный крест и стал молиться о болящей. Его просьба была выражена с великой верой и дерзновением. Было видно, что сам кронштадтский пастырь не сомневался в том, что Бог слышит его просьбу и выполнит ее».
После того, как отец Иоанн ушел, мама Николая преобразилась. На следующий день она встала с кровати и стала очень быстро поправляться. Это чудо настолько поразило Николая, что он решил связать свою жизнь со служением Богу.
Апостол Камчатки
После окончания Казанского училища в 1905 году и миссионерских курсов при Казанской духовной академии по калмыцко-монгольскому отделению, Николай становится послушником Спасского монастыря. Через два года его постригают в монашество с именем Нестор и практически сразу рукополагают в иеродиакона, а потом и в иеромонаха.
С 1907 года отец Нестор становится активным камчатским миссионером. Он составляет молитвы на родном для местных народов языке, учит их грамоте, прививает навыки гигиены. Но со временем отец Нестор понимает, что всего этого очень мало. У него возникает замысел поставить миссионерскую работу на более высокий и эффективный уровень. Для этого он выдвигает на рассмотрение Священного Синода проект создания Камчатского православного братства.
Это новаторское предложение было негативно встречено обер-прокурором Синода С. М. Лукьяновым. Казалось бы, нужно было отступить от задуманного, но отец Нестор не любил сдаваться. Он сумел добиться покровительства Императорской семьи и депутатов Государственной думы. Так возникает Камчатское православное братство под официальным покровительством цесаревича Алексея Николаевича.
На средства этого братства, собранных в разных крупных городах России, были построены десятки учреждений на Камчатке. Это были не только храмы, но и приюты, больницы, лепрозорий и амбулатории. Иеромонах Нестор открыл первую на Камчатке школу для местных жителей и высшее начальное училище. Его трудами были переведены на корякский и тунгусский языки Евангелие, чинопоследование Литургии, молитвы и некоторые книги Ветхого Завета. Его вполне заслужено стали называть «Апостолом Камчатки».
Первая мировая война
Первая мировая война внесла свои коррективы в жизнь иеромонаха Нестора. С самого начала военных действий он становится священником лейб-гвардии Драгунского полка. Но и здесь он не удовлетворяется исполнением только своих прямых обязанностей. Отец Нестор по своей инициативе организовал санитарный отряд «Первая помощь под огнем врага». Он лично руководил этим отрядом, выносил из-под огня раненых, перевязывал и оказывал им первую медицинскую помощь.
Однажды батюшка поднял в атаку, под шквальным огнем противника, воинов и сам участвовал в наступлении, держа перед собой напрестольный крест.
Незадолго до революции отец Нестор снова возвращается к миссионерской деятельности на Камчатке, но уже в качестве епископа Камчатского и Петропавловского.
Революция и Гражданская война
С началом революционных событий, как правящий архиерей, епископ Нестор принимал участие в работе Поместного собора Православной Церкви. Во время боев между большевиками и юнкерами владыка оказывал раненым защитникам империи медицинскую помощь прямо на улице. Видя бесчинства, творимые революционерами, он написал брошюру «Расстрел Московского Кремля», в которой содержалось описание ущерба, нанесенного вооруженными красногвардейцами бесценному наследию русского зодчества. Такая активность владыки привела к тому, что его без всяких обвинений арестовали и поместили в Таганскую тюрьму.