Поместный собор в специальной резолюции выразил негодование по случаю такого насилия над архиереем. Почти месяц большевики держали святителя под стражей, но потом все-таки вынуждены были его отпустить.
В 1918 году владыка Нестор отправился из Петрограда в Киев, где передал генералу Келлеру икону Божией Матери «Державная» и просфору от Патриарха Тихона. Святитель благословил генерала на беспощадную борьбу с большевиками и призвал, не жалея сил и самой жизни, бороться с ними.
Вернувшись к себе в епархию, владыка также стал призывать народ на борьбу с большевизмом. На проповедях он часто говорил о необходимости крестового похода против красных террористов. Адмирала Колчака святитель благословил на эту борьбу копией чудотворного образа Святителя Николая с кремлевских ворот. Помимо этого, владыка был идейным вдохновителем плана спасения царской семьи. Организацию этой работы возглавляли несколько генералов. Остались неизвестны подробности планируемой операции, осуществить которую так и не удалось.
Эмиграция
Владыка Нестор разделил судьбу тысяч эмигрантов, которые вынуждены были спасаться от большевицких карателей в Маньчжурии. В Харбине он встречал тела алапаевских мучеников, вывозимых из России в Пекин. Находясь в эмиграции, святитель сумел основать там Дом Милосердия, при котором были приюты для сирот, калек, глухонемых, душевнобольных, школы для обучения ремеслам, бесплатная столовая для бедноты, амбулатория и зубоврачебный кабинет. В 1936 году по его инициативе в Харбине открылась часовня – памятник Императору Николаю Второму.
Одних этих дел другому человеку хватило бы до конца жизни, но энтузиазм владыки, казалось, был неиссякаем.
В 1938 году святитель посетил Индию по приглашению Якобинской церкви, насчитывающей около шестисот тысяч человек и возводившей свою историю к одному из учеников Христа – апостолу Фоме. Владыка Нестор начал вести переговоры о присоединении этих христиан к Русской Православной Церкви за границей. Этот проект был согласован, однако не был реализован из-за начавшейся Второй мировой войны. Будучи на Цейлоне, владыка также взял под свое покровительство общину «независимых католиков», отделившихся от Ватикана из-за конфликта с иезуитами и намеревавшихся присоединиться к Православию.
В 1945 году в Харбин входят войска Красной армии. Владыка Нестор в числе других епископов вновь воссоединяется с Матерью-Церковью и входит в состав клира РПЦ. 11 июня 1946 года митрополичий округ был преобразован в Восточно-Азиатский экзархат, а архиепископ Нестор был назначен Патриаршим Экзархом с возведением в сан митрополита Харбинского и Маньчжурского. В 1948 году владыка должен был принять участие в Поместном соборе РПЦ. Но перед самым отъездом он был арестован китайскими властями и депортирован в СССР уже как заключенный.
В СССР митрополит Нестор на суде был обвинен в антисоветской деятельности (она заключалась в написании книги «Расстрел Московского Кремля») и совершении панихид по убиенным в Алапаевске родственникам семьи императора Николая и осужден на десять лет исправительно-трудовых лагерей. Свое заключение владыка отбывал в Мордовии с 1948 по 1956, освобожден досрочно.
Последние годы жизни в СССР
По освобождении Патриарх Алексий Первый планировал назначить митрополита Нестора управлять Одесской кафедрой, но этому активно воспротивился председатель Совета по делам РПЦ Георгий Карпов. По этой причине владыка был назначен митрополитом Новосибирским и Барнаульским.
Митрополит Нестор неутомимо боролся против закрытия храмов, много ездил по епархии, посещая даже самые отдаленные приходы. Святитель принимал в штат епархии священнослужителей – бывших узников лагерей, а также монашествующих, тайно постриженных в «катакомбной церкви». Такая активная миссионерская позиция архиерея не могла нравиться советской власти. Потому под давлением КГБ в 1958 году владыку отправляют на покой, при этом даже не указывая причины увольнения. Однако, через время его снова восстанавливают в служении и он, как и раньше, продолжает проявлять стойкость в отстаивании прав верующих у себя в епархии.