Оказавшись среди сокурсников, которые равнодушно, а то и с атеистической агрессией относились к христианству, Митрофан стал усердно посещать православный храм и как бы заново открывать для себя ту веру, в которой он был воспитан с детства. Волею судеб промысла Божьего в этом храме он познакомился со своей будущей супругой Ольгой Владимировной Исполатовской, дочерью тверского священника, которая после окончания гимназии собиралась работать учительницей и приехала в Варшаву навестить своих родственников. В январе 1893 года они обвенчались. Постепенно Митрофан стал переосмысливать свой жизненный выбор, понимая, что одного внешнего служения для облегчения жизни народа недостаточно. Прочувствовав ошибочность своего выбора, он решил стать священнослужителем. В марте 1893 года Митрофана рукополагают в диакона, через год в пресвитера.
В Варшаве Митрофан стал усердно посещать православный храм и как бы заново открывать для себя ту веру, в которой он был воспитан с детства.
Свой путь священнического, а потом и исповеднического подвига отец Митрофан начал с воинских гарнизонов. В 1897 году батюшка становится настоятелем Покровского храма 51-го драгунского Черниговского полка, шефство над которым осуществляла великая княгиня Елизавета Федоровна Романова. С этого времени начался относительно продолжительный период жизни отца Митрофана в Орле.
Здесь он всего себя отдал на служение Богу и пастве. Его проповеди многих людей привели к вере, которую, казалось бы, они уже навсегда потеряли. Паства очень полюбила своего священника, который не только сумел построить новый замечательный храм, но и организовал при нем обширную духовную библиотеку, а также школу для детей бедняков и малоимущих. Тогда отцу Митрофану, еще молодому священнику, было явление Божией Матери. Она благословила его строить храм во имя Покрова, и он без всяких средств, с великой помощью Божией построил.
Не хватало кирпича, и Матерь Божия пришла во сне к местной кирпичной заводчице и сказала:
– Что же ты каждый день ездишь мимо дорогого для Меня строительства, а не видишь, что там кирпича не хватает!
Женщина спросила:
– Кто Вы?
– Я Хозяйка дома, который строят, – был ответ.
На следующий день хозяйка кирпичного завода приехала в строящуюся церковь и сказала:
– Как же это я каждый день тут езжу и не вижу вашу нужду?
До конца строительства она снабжала строительство бесплатным кирпичом.
В 1903 году в Сарове во время торжественного прославления преподобного Серафима Саровского отец Митрофан был представлен княгине Елизавете Федоровне и произвел на нее самое благоприятное впечатление своей искренней верой, смирением, простотой и отсутствием какого-либо лукавства.
«Был в сражениях: Ляоянском… Шанхайском… в набегах на Инкоу… Мукденских… у деревни Санвайцзы… Во всех означенных сражениях под огнем неприятеля совершал богослужения, напутствовал раненых и погребал убитых».
В 1904 году начинается русско-японская война. Полк, к которому был прикреплен отец Митрофан, выступил в поход на Дальний Восток. Вместе с ним отравился туда и его полковой священник. Церковное богослужение отца Митрофана теперь проходило под канонаду артиллерийских обстрелов и грохот разрывающихся снарядов. В служебном формуляре батюшки кратко записано: «Был в сражениях: Ляоянском… Шанхайском… в набегах на Инкоу… Мукденских… у деревни Санвайцзы… Во всех означенных сражениях под огнем неприятеля совершал богослужения, напутствовал раненых и погребал убитых».
Во время своей армейской службы в действующей армии отец Митрофан вел подробный дневник, который потом вышел отдельной книгой под названием: «Дневник полкового священника». Среди тяжелейших боев и походных трудностей батюшка осознал всю подлость и лживость революционной пропаганды. То, что писали о войне столичные газеты, зараженные либеральным духом и пропагандисткими лозунгами, разительно отличалось от того, что происходило на фронте на самом деле. Создавалось впечатление, что всю эту ложь пишут журналисты не русской, а неприятельской прессы. Тогда ему стали понятны все эти революционные идеи, которые являли собой не более чем великий обман, с помощью которого сатана тянет его Родину в гибельную пропасть.