После окончания войны в 1906 году отец Митрофан возвратился вместе с полком обратно в г. Орел. В 1908 году Великая княгиня Елизавета Федоровна активно трудилась над проектом создания Марфо-Мариинской обители. Предложения по написанию устава обители были поданы от нескольких лиц. Подал свой проект и отец Митрофан. Его проект более всего пришелся по душе Великой княгине, и он лег в основу устройства новой обители. Для его осуществления Елизавета Федоровна пригласила протоиерея Митрофана на место духовника и настоятеля храма. Но батюшка уже привык к служению в Орле, где у него сложились прекрасные отношения с паствой, которой он отдавал все свои силы и время. Ни он не хотел с ней расставаться, ни она с ним.
Отец Митрофан решил отказать княгине в ее предложении. Но как только он об этом подумал, как тотчас почувствовал, что у него отнимается правая рука. Через короткий промежуток времени он не мог уже ни поднять руку, ни согнуть ее, ни даже пошевелить пальцами. Ему пришла мысль, что, возможно, это Господь его наказывает таким образом за то, что он противится воле Божией. Батюшка стал молиться и просить Бога о прощении, пообещав, что если исцелится, то переедет в Москву в обитель княгини Елизаветы. После данного им обещания через два часа болезнь прошла, как будто ее и не было.
Отец Митрофан решил отказать княгине в ее предложении. Но как только он об этом подумал, как тотчас почувствовал, что у него отнимается правая рука.
Вернувшись домой совершенно здоровым, батюшка обьявил прихожанам, что он их покидает. Люди, услышав такую новость, стали рыдать и просить отца Митрофана остаться. Сердце священника дрогнуло от этих просьб, и он снова вернулся к предыдущему решению продолжить свое служение в г. Орле. После этого отец Митрофан почувствовал, что его правая рука начала без всяких видимых причин распухать. Врачи, осмотрев руку, не нашли в ней никаких признаков болезни. В это время из Москвы в Орел привезли чудотворную икону Божией Матери «Иверская». Отец Митрофан, став перед иконой Царицы Небесной, попросил прощение за то, что не выполнил данного Богом обещания. После этого руке стало легче. Теперь отец Митрофан точно знал, что воля Божия в том, чтобы он направил свои стопы в Марфо-Мариинскую обитель.
Перед тем как приступить к своим новым обязанностям, он взял благословение у преподобного Алексия Зосимовского, который в то время славился как прозорливый и духоносный старец. Тот еще раз утвердил его в правильности принятого решения.
Так же, как и в Орле, отец Митрофан всеми силами принялся за новое дело. Ему удалось устроить в обители школу, библиотеку, приют, амбулаторию и столовую для бедных. Лекции и занятия, которые проводил священник, собирали множество народа. Вскоре любовь к отцу Митрофану новой паствы стала такой же горячей, как и та, которая была на прежнем месте его служения. Отец Митрофан стал духовником не только сестер Марфо-Мариинской обители, но и ее настоятельницы Великой княгини Елизаветы. В одном из своих писем она писала царю Николаю Второму о своем духовнике: «Он исповедует меня, окормляет меня в церкви, оказывает мне огромную помощь и подает пример своей чистой, простой жизнью, такой скромной и высокой по ее безграничной любви к Богу и Православной Церкви. Поговорив с ним лишь несколько минут, видишь, что он скромный, чистый и человек Божий, Божий слуга в нашей церкви».
Наступил 1917 год: государственный переворот, отречение царя, арест царской семьи, Октябрьский переворот. Отцу Митрофану были даны откровения от Бога о тех страшных событиях, которые надвигаются на нашу страну. Перед началом Февральской революции батюшка видел сон, который сильно взволновал его. Придя в церковь, он попросил позвать к нему матушку Елизавету Федоровну. Из их диалога:
– Матушка, …я видел во сне четыре картины, сменяющиеся одна за другой. На первой я видел горящую церковь, которая рушилась. На второй картине я видел в траурной рамке Вашу сестру, Императрицу Александру, а затем из краев этой рамки стали вырастать ростки, и белые лилии покрыли изображение Императрицы. Затем на третьей картине я видел Архангела Михаила с огненным мечом в руках. Эта картина сменилась, и я увидел молящегося на камне преподобного Серафима.
Великая княгиня без всякой паники и с благородным достоинством спокойно рассказала священнику значение этого сна: