Таких вопросов существует множество, и, как и во времена Мечникова, в большинстве случаев приходится ограничиваться гипотезами, концепциями, личным врачебным опытом или просто здравым смыслом. Все это можно сказать и об агрономической науке. Учёные сходятся во мнении в одном, к настоящему времени накоплено достаточно информации, чтобы не сомневаться, что подавляющее большинство кишечной микрофлоры не относится к паразитарной, а эта флора очень даже нам нужна, как, собственно, и весь наш кишечник…
Новые исследования показали, что всем известные лакто и бифидобактерии составляют всего 1-5% флоры кишечника, а главную роль играют бактероиды вокруг ворсинок кишечника. (Их исследовать очень трудно). А между ними и клетками кишечника существует постоянный обмен информацией через выделения, которая меняется в динамике. Главный вывод учёных: активность кишечных ферментов находится в зависимости (по типу обратной связи) от активности кишечной микрофлоры.
Бактерии кишечника столь же активно взаимодействуют с иммунокомпетентыми клетками макроорганизма, поддерживая в рабочем состоянии систему врождённого иммунитета. Иммуномодулирующая функция микрофлоры — одна из самых интенсивно изучаемых в настоящее время проблем. Доказано, что бактерии обладают способностью стимулировать и определять дифференцировку Т лимфоцитов. Вопрос о полезности или вредности бактерий, населяющих организм человека, который так волновал многих учёных прошлого, во многом — дань старому антропоцентрическому мышлению.
Человек как таковой не существует без его микробиоты. На деле мы — часть комплексной системы из макроорганизма и его микромира, и слова «полезность» или «вредность», носящие эмоциональную окраску, не очень уместны. С «точки зрения» бактерий, мы, просто, полезный термостат, поставляющий им питательные вещества. Каждому из компонентов сложнейшей микробиоты человеческого кишечника, приходится решать массу задач, начиная от борьбы с соседями и заканчивая дележом питательных веществ с макроорганизмом, во имя главной цели — размножения. Абсолютная безвредность некоторых видов бактерий — такой же миф, как и их любовь к организму хозяина. Бактерии руководствуются лишь биологической целесообразностью и степенью патогенности, а в определенных условиях и при определенном состоянии иммунной системы организма хозяина могут приводить к тяжёлым заболеваниям. Однако, к нашему счастью, биологическая целесообразность для микрофлоры такова, что ей энергетически выгодно поддерживать «шагающий термостат с продуктами» в рабочем состоянии, а не убивать его в надежде отыскать нового хозяина. Даже предмет нашей особой гордости — интеллект — косвенно зависит от особенности нашей микробиоты.
Процесс пищеварения любого организма подстроен под основные источники энергии, или, другими словами, ту пищу, которую организм чаще всего потребляет. Хорошо известно, что у травоядных существенно более длинный и сложноорганизованный желудочно–кишечный тракт, чем у хищников. Микробиота травоядных также отличается от микробиоты хищников по видовому составу и по ферментативной способности, например по способности гидролизовать целлюлозу из листьев и травы. Анализ пищевого поведения приматов чётко показывает, что эволюция, приведшая к появлению Homo sapiens, сопровождалась изменением пищевого поведения наших предков. В силу тех или иных обстоятельств они переходили от потребления листьев сначала преимущественно к фруктам, а потом к практически любым продуктам, и особенно к мясу.
Должен разочаровать любителей вегетарианской пищи, но человек никогда бы не начал говорить или писать книги, если бы не стал самым страшным хищником на нашей планете. Если бы листьев хватало, мы просто не слезли бы с дерева. Соответственно, и сам кишечник, и его микробные обитатели в процессе эволюции адаптировались к разнообразной пище, богатой животными и растительными белками. Интеллект наших недавних предков и нас самих лишь инструмент для лучшего обеспечения такими продуктами. Наше пищевое поведение отчасти регулируется миробиотой, способной, как недавно выяснилось, синтезировать различные нейрорегуляторные вещества.