В 1902 году Короленко выступает с протестом против отмены выборов Горького в члены Академии наук. Как почетный академик по разряду изящной словесности Короленко принимал участие в избрании Горького, однако выборы были отменены по указанию Николая II. В газете появилось сообщение об их отмене, причем объявлялось это от имени Академии наук. Получалось, что сами академики, в числе которых был и Короленко, отменяли решение без какого–либо обсуждения на заседании Академии. Такая ложь не могла не оскорбить писателя. «Мне кажется, — писал он А. Н. Веселовскому, — что, участвуя в выборах, я имел право быть приглашенным также к обсуждению вопроса об их отмене, если эта отмена должна быть произведена от имени Академии. Тогда я имел бы возможность осуществить свое неотъемлемое право на заявление особого по этому предмету мнения». В апреле 1902 года Короленко приезжает в Петербург специально для того, чтобы добиться гласного обсуждения вопроса об отмене выборов Горького, и, испробовав все средства, которыми он располагал, 25 июля 1902 года подает заявление о выходе из Академии наук. В этом заявлении Короленко писал: «Ввиду всего изложенного, то есть: что сделанным от имени Академии объявлением затронут вопрос, очень существенный для русской литературы и жизни, что ему придан вид коллективного акта, что моя совесть, как писателя, не может примириться с молчаливым признанием принадлежности мне взгляда, противоположного моему действительному убеждению, что, наконец, я не нахожу выхода из этого положения в пределах деятельности Академии, — я вижу себя вынужденным сложить с себя нравственную ответственность за «объявление», оглашенное от имени Академии, в единственной доступной мне форме, то есть вместе с званием Почетного Академика».
Выступление Короленко с протестом против исключения Горького из состава почетных академиков, его открытая борьба с бесцеремонным произволом властей, отменивших избрание всенародно признанного писателя, наконец, его заявление и демонстративный уход из Академии наук—все это свидетельствует о том, как глубоко понимал Короленко общественную роль А. М. Горького, значение его как художника.
С 1899 по 1904 год появляются рассказы Короленко: «Марусина заимка», «Смиренные», «Мороз», «Огоньки», «Государевы ямщики», «Не страшное», «Мгновение», «Феодалы» и другие. В эти годы Короленко снова возвращается к сибирской теме и создает целый ряд значительных художественных характеристик. По сравнению с первым циклом сибирских рассказов, где внимание писателя было сосредоточено преимущественно на какой–либо одной стороне характера героя, в этих своих произведениях Короленко делает дальнейший шаг на пути реалистического изображения действительности. Во втором цикле сибирских рассказов расширяется драматический конфликт, образ получает более всестороннее и глубокое освещение. Прославление активного отношения к жизни, призыв к борьбе с социальным гнетом, феодальными репрессиями и полицейским произволом составляют основное содержание и других произведений этого периода деятельности Короленко.
В рассказе «Смиренные» Короленко взволнованно пишет о жизни деревни, разоблачает обывательское благодушие, общественный индифферентизм, мещанское смирение. С еще большей остротой эта тема развита в рассказе «Не страшное». Герой рассказа Будников, в прошлом человек «с идеями», радикал, превращается в стяжателя. Он отошел от общественных задач, душа его «выдохлась и опустела»; по мысли автора, страшное — в «не страшном», в терпимом отношении к обывательским формам быта, делающим самое существование человека бессмысленным и мерзким. «Да, есть,'— пишет Короленко, — в этом обыденном, в этой смиренной и спокойной на вид жизни благодатных уголков свой ужас… специфический, так сказать, не сразу заметный, серый… Где тут, собственно, злодеи, где жертвы, где правая сторона, где неправая?.. И так хочется, чтобы проник в этот туман хоть луч правды живой». «Не страшное» по силе разоблачения буржуазной интеллигенции, яркости типов, по мастерству сюжета может быть отнесен к числу лучших рассказов Короленко. Напечатанный в 1903 году, рассказ говорил о приближении бури, без которой невозможно дальнейшее развитие общества.