Для дезинформации населения активно распространялась легенда о том, что под Винницей сооружается не что иное, как «Айхенхайн», то есть дом отдыха для немецких солдат и офицеров. Бетонные бункера гитлеровцы между собой называли холодильниками. К слову, эта маскировочная шутка была близкая к истине. В своих воспоминаниях об условиях пребывания в ставке летом в 1942 г. личная секретарша фюрера Траудль Юнге написала: «Всегда одно и то же: всюду, в каждой квартире кровати влажные, чрезвычайно сыро и холодно, существует потенциальная угроза заболеть ревматизмом. Днем, как правило, нестерпимая жара, температура достигает +45–50 градусов, а ночью ужасный холод. Погода часто резко меняется…»
Для повышения безопасности «волчьего логова» в Виннице и в окружающих населенных пунктах одна за другой начали действовать разведывательные и контрразведывательные службы Германии — «штаб „Валли-1“» и «Зондерштаб Россия». В Вороновице, в доме Можайского разместилось разведуправление генштаба во главе с известным разведчиком Геленом. Повсюду была развернута активная работа по созданию разветвленной агентурной сети, в том числе и из местных жителей. Командиром 109-го полицейского батальона в Виннице был назначен бывший советский генерал Павленко. Известный факт вербовки в качестве агента одного из секретарей Винницкого райкома партии Ткаченко, который впоследствии «вывел» гестаповцев на ряд подпольных групп. Конечно, они были уничтожены. Обеих изменников постигло после войны справедливое наказание — они были осуждены к расстрелу.
Пока длилось строительство ставки, в Виннице и окружающих ее районах проводилась «зачистка» территории и тщательная фильтрация населения. Один за другим осуществлялись еврейские погромы. Начиная с сентября 1941 года, в г. Виннице было схвачено и расстреляно в Пятничанском лесу около 10 тысяч человек. Очередной погром 16 апреля 1942 года закончился кровавой бойней, в которой сложили головы 15 тысяч подолян. Аналогичные расстрелы осуществлялись в Хмельникском, Литинском и других районах области. Так, шеф охранной группы «Ост», криминальный советник Шмидт в январе 1942 года доложил в центр, что в соседнем с объектом селе Стрижавка проживает 227 евреев. По его мнению, они составляют большую опасность для строительства, поэтому подлежат уничтожению. 10 января этого же года все они были расстреляны.
Трагическая судьба постигла тогда почти две тысячи психически больных, которых не успели эвакуировать из психоневрологической больницы № 4. Согласно человеконенавистнической программы Гитлера «Эвтаназия» (умерщвление в случае неизлечимого заболевания) несчастных медленно отравляли, морили голодом, и в конечном итоге убивали.
Для обеспечения охранных мероприятий вокруг Винницы были созданы несколько концентрационных лагерей, где также занимались «фильтрацией» населения.
Фашистам показались подозрительными и опасными для нормального функционирования ставки целые села. Вскоре они были полностью отселены. Такая судьба постигла села Майдан-Бобрик и Брусленов, расположенные в 20 километрах от Винницы. В рапорте на имя Раттенхубера Даннер детально описывает, кто, каким способом выселял ни в чем не повинных людей из их домов. Задания выполняли СС-батарея Гофмана из Бердичева, две роты солдат из авиации, одна рота из полиции, 40 человек из штаба Геншеля и 6 человек из СД Винницы. В отмеченные села названные группы отправились в 23 часа из Калиновки. В первом часу ночи была произведена эвакуация, в три — закончена. Людям разрешили взять только самые необходимые вещи, которые они могли донести. Их загнали в закрытые грузовики и вывезли в сторону Бердичева. Между тем 15 выделенных солдат рыскали по хлевам и забирали скот. С теми, кто попробовал оказывать сопротивление, не церемонились. Их считали причастными к партизанам и расстреливали на месте. «Жестокость против населения необходима при немецкой оккупации» — подчеркивалось в упомянутом выше рапорте. На утро села были опустошены. Теперь они подлежали заселению переселенцами, в частности «фольксдойчами» из других областей.
Хотя оккупанты жестоко издевались над мирным населением, это не помешало им успешно использовать его для оправдания собственной захватнической политики. С этой целью летом 1943 года фашисты провели в Виннице раскопки мест массовых захоронений жертв сталинских репрессий. Реакция населения на увиденное была мгновенной. Люди, которые опознали в откопанных могилах своих родственников, добровольно приходили в немецкие карательные учреждения и выдавали «гуманистам» советских активистов, членов партии, работников правоохранительных органов, большинство которых было оставлено на оккупированной территории для подпольной работы.