Москва
В Москве о подвижничестве Стефана были наслышаны. О его деятельности ходили легенды. Митрополит Киприян встретил его на Москве-реке. Принял в своих палатах. Велел не только рассказать, но и описать. На третий день собрал священный собор и ставил в пример его стоическую деятельность и подвиги его во имя веры Христовой. Князь Московский Василий Дмитриевич пригласил Стефана к себе. Устроил пышный прием. Представил боярам, купцам, князьям, заграничным гостям, послам и сказал, что миссия Стефана была не только проповедническая, но и приобщения северного края к земле Московской и что где бы он ни был, он ставил храмы во имя Господа Бога и князя Московского. Присоединял земли с людьми, лесами, реками, лугами к земле Московской. На что присутствующие ответили согласием. Князь попросил Стефана закрепить свои деяния и дал денег на постройку храмов, как деревянных, так и каменных, на оснащение их, содержание служителей, пока сами не обзаведутся землей и не будут иметь дары и приношения.
На Рождество 1391 года Стефан навестил Сергия Радонежского. Гостил неделю, засиживались за полночь. Сергий радовался деяниям своего ученика, его устремлениям и помыслам. На крещение отправился в Устюг. Матушка не дождалась Стефана. Побывал на могилке, за которой ухаживал племянник Иван.
Противостояние
Донесли горестную весть, что летом 1388 года спускались вниз по Вычегде несколько отрядов вогулов и подожгли церкви и часовни по Выми, Сысле и Вычегде. Староновгородцы один из отрядов вогулов разгромили, другие ушли в верховья Вычегды, на Печору. В Усть-Выми новый храм, построенный Зосимом, вогулы сожгли. Зыряне снова поклонялись своим идолам и богам. Подплывая к Усть-Выми, Стефан видел, как на берегу сотни людей водили хороводы у старой полузасохшей березы, которой они раньше поклонялись и приносили к ней дары. Стефан тогда не трогал ее, чтобы не раздражать людей, а миром и проповедью отучить людей от поклонения дереву.
Сообщили, что Зосим ушел на Сысолу, к староновгородцам. Пришлось начинать все сначала. На этот раз Стефан имел при себе грамоту царя Василия Дмитриевича, вооруженный отряд из Устюга, служителей культа из Москвы и Великого Устюга – полный церковный собор. На другой день собрал народ и объяснил, что не гоже поклоняться дереву, которое создание божие. А Бог над нами и в нас один. Пригласил Вычегодского князя Пама, который явился со свитой волхвов и гадателей. Стефан принимал его в большой полотняной палатке. Упредил, что отныне он подданный Московского князя и должен исполнять его волю, иначе будет арестован и отправлен в Москву. Воины оттеснили волхвов от Памы и окружили его. Пама дал полное согласие подчиниться воле Москвы, собирать подати с населения, установленные царем, и привозить их в Усть-Вымь, молодежь приводить к христианской вере. Волхвы упали на колени, рвали на себе одежды и волосы, молили не трогать их, а также не преследовать старых людей, они привыкли жить по дедовским законам и поверьям. Стефан дал согласие, но велел кумирны разобрать, а на их месте построить церкви и часовни.
Заставил старую дряхлую березу сжечь. Но на это волхвы не согласились, говорили, что деды и прадеды поклонялись ей, и она приносила им удачу. Рука наша на нее не поднимется, и они не хотят наводить несчастья на род зырян. Стефан страже дал указанье ночью березу убрать. После полуночи накинули на вершину веревку и стали рубить ствол. Береза закременела, от топора сыпались искры. Пришлось вокруг березы разложить костер. В селении увидели огонь, стал народ собираться. Стража копьями оттеснила толпу. С одной стороны ствол прогорел до дупла. Горелый ствол стал поддаваться топору. Натянули веревки, дернули, и береза с грохотом рухнула в Вычегу и поплыла вниз по течению. Три дня выжигали пень, пока не сравнялся с землей, потом на этом месте построили храм Архангела Михаила.