Зимой 1394 года Стефан с дарами возвращался в Вычегду. С ним попросилось два десятка молодежи, хотели учиться в Усть-Выме на проповедников, как Стефан.
Труды праведные
По дороге назад Стефан видел, что его труды не пропали зря, его люди по Вычегде развернули кипучую деятельность. Многие зыряне оказались охочие до грамоты и стали проповедниками учения Христова по просвещению Северного края. У них получалось лучше, чем у устюжан, потому что зыряне и пермяки доверяли их слову, как своему.
В Усть-Сысоле Стефан остановился на все лето. Приехал зиряновский князек Пама и просил прощения, что не собрал зырян и не пришел на помощь при нападении татар. Настоял, чтобы его приняли в христианскую веру. Пама крестили перед часовенкой на поляне при стечении гостей из других поселений, чтобы видели, что вера едина и поклонение едино. Но Пама после крещения исчез, пошли слухи, что не выдержал испытания верой и ушел на Обь к своим березовым остякам. В Усть-Сысоле решили строить храм на каменном фундаменте. Привезли мастеров из Устюга. Строили два лета, в 1395 году было открытие храма. Народ назвал его Стефановский собор. В 1395 году Стефан ушел на строительство духовного Училища в Усть-Выме. Пригласили преподавателей из Москвы и Устюга. Осенью 1395 года в Усть-Выме была открыта кафедра, куда на месяц были приглашены наставники храмов по Вычегде, где Стефан читал лекции по закону божьему. Раздобыл в Москве бумаги и наладил переписывание духовных книг с пергамента, кожи и бересты на бумагу. Книг не хватало, ценились они очень дорого; за утерю можно было поплатиться жизнью. Жизнь в селениях по Вычегде постепенно налаживалась. Стало единое подчинение, единое налогообложение, единые Московские законы, единая оборона и связь между селениями в случае нападения врагов. Раньше татары охотно шли в набеги по Вычегде, не чувствуя сопротивления народа. Сейчас была налажена оборона, города и селения были защищены стенами, рвами, частоколами. Созданы дружины самообороны. Узнав о четкой организации обороны зырян по Вычегде, татары все реже и реже совались сюда.
На пасху 1396 года митрополит Киприян пригласил Стефана в Москву. Огромным обозом с рыбой и пушниной Стефан по Двине, а затем Сухоне дошел до Вологды и по тракту до Москвы.
В Москве Стефана встречали с почестями, как князя, как владыку Перми Великой. Приглашали на Боярскую думу. Князь московский Василий Дмитриевич души в нем не чаял, вечерами приглашал к себе, велел рассказать об этом суровом крае. Думали сообща, как его благоустроить и заселить русичами, как сохранить дарования народов этих, умение их промышлять зверя, выживать в этих суровых условиях. После празднования Пасхи, на третий день Стефан скоропостижно скончался и был похоронен в Спасском соборе Кремля. Ходило много слухов, что позавидовали славе и убрали его. Другие говорили, что поизносился изрядно, постоянно был в трудах праведных и жизнь свою прожил во славу народа русского и прославления Господа Бога среди народов северных. Москвичи поговорили и забыли, а на Вычегде, Двине, Печоре и Каме вопль великий был не на день, а на месяцы и годы. В церквях Перми Великой каждый год 26 апреля поминание о нем кладут, молитвы сложены о его чистой и непорочной душе.