В Арекипе тем временем Бейли пытался оценить риски для обсерватории, возникшие с первыми выстрелами гражданской войны в Перу. Страна все еще восстанавливалась, выплачивала внешний долг и улаживала внутренние неурядицы после нескольких лет участия в войне против Чили на стороне Боливии. Еще в июле 1893 года Бейли полушутя предлагал в случае необходимости «вынуть линзы и сделать из трубы телескопа пушку». Через два месяца, всерьез проведя учет доступных ему средств обороны («два или три револьвера»), он заключил, что самым благоразумным решением в случае вооруженного нападения будет сдаться и «ждать возмещения убытков от правительства». Из предосторожности он запасся продовольствием и навесил на окна и двери толстые деревянные ставни. Они еще не были доделаны, когда в Арекипе начались беспорядки и стрельба, и правительство ввело в город войска. После смерти президента Ремихио Моралеса Бермудеса в Лиме в апреле 1894 года развернувшиеся сражения помешали занять эту должность его заместителю. Бейли отгородил обсерваторию от дороги саманной стеной, а затем добавил еще одну стену с севера, обращенную в сторону деревни, теперь занятой мятежниками. Под контролем повстанцев оказалась и территория вокруг старого пункта наблюдений на Маунт-Гарвард.
На весенних выборах бывший президент Андрес Авелино Касерес снова пришел к власти и вступил в полномочия летом, но политическая ситуация оставалась нестабильной. Обсерватория продолжала работу в меру своих сил. В начале сентября сотрудник Джордж Уотербери пошел, как было заведено – раз в десять дней, проверить результаты метеоизмерений на горе Мисти. Когда он поднялся на вершину, на высоту 5800 м, то обнаружил, что метеостанцию разгромили, а несколько приборов украли.
«Дорогой дядя Дэн, – писала Антония Мори Дэниелу Дрейперу, метеорологу Центрального парка, 2 сентября 1894 года из Норт-Сиднея, городка в Новой Шотландии, – я отлично провела последние три недели и хорошо отдохнула. Впрочем, мне все еще лень строить планы на зиму. Через две недели мне надо быть в Кеймбридже, чтобы закончить кое-какие мелочи. Потом заботу о публикации труда возьмет на себя миссис Флеминг, так что я буду свободна. Подумываю о том, чтобы поехать вместе с Карлоттой [своей сестрой] на учебу в Корнеллский университет, но, возможно, буду учиться одна в Бостоне, где есть замечательные библиотеки».
Она не уложилась в оговоренный срок завершения своей работы в обсерватории (1 декабря 1893 года), но сейчас чувствовала, что скоро ее закончит. К несчастью, справиться с оставшимися «мелочами» оказалось сложно, особенно после возобновления преподавательской деятельности в осеннем семестре. Ее отец, преподобный Миттон Мори (отсутствие у него постоянного почтового адреса, несомненно, усугубляло напряжение дочери), высказал свое беспокойство Пикерингу 12 ноября. «Прошу вас постараться оказать всяческое содействие мисс Мори в завершении ее работы, – писал он. – Для нее чрезвычайно важно уйти. Она стала такой нервной, что часто просыпается еще затемно и не может снова уснуть». На фоне усиления нервозности в период с сентября по ноябрь мисс Мори решила съездить зимой в Европу. «Она отплывает вместе с братом 5 декабря, – напирал преподобный Мори. – Поэтому, как вы видите, необходимо все завершить. Что касается орионовых линий, пожалуйста, возьмите этот труд на себя, чтобы освободить ее. Хотя бы в этом облегчите бремя ее ответственности. Не знаю, могут ли что-то еще сделать другие, но если могут, пожалуйста, поспособствуйте этому».
Под орионовыми линиями, о которых пастор, должно быть, знал со слов дочери, подразумевались особенно выделяющиеся спектральные линии ряда звезд в созвездии Ориона, мифического охотника. Орионовы линии отличались от 20 известных водородных линий, не походили на линии кальция, и их невозможно было спутать с сотнями линий, характерных для спектра Солнца. В общем, оставалось неясным, какое вещество или состояние отражали орионовы линии, но они играли важную роль в первых пяти категориях звездных спектров по классификации мисс Мори.