С 1867 по 1877 год Бутаков служил в Балтийском море, в должности начальника броненосной эскадры. Именно в это время он разрабатывал вопросы морской тактики, основываясь на опыте замечательных русских флотоводцев, применяя их заветы к условиям современного броненосного флота. В итоге его деятельности на Балтийском море создалась так называемая «бутаковская школа», которая признавалась наилучшей в нашем флоте и перенималась в зарубежном.
Своими знаниями, любовью к делу, опытностью, неутомимой энергией и гуманным отношением к людям Бутаков снискал в среде моряков огромную популярность. Он достиг высокой, боевой выучки броненосной эскадры и подготовил флоту много хороших, инициативных командиров. Это имело особенно важное значение в переживаемый флотом переходный период.
«Каждый морской офицер, — писал Бутаков в приказе, — должен быть лучшим матросом и лучшим боцманом своего судна, чтобы иметь нравственное право требовать от подчиненных своим примером того, что им приходится исполнять». И дальше:
«Полное знание качеств и условий своего корабля, присутствие духа и спокойствие в трудных обстоятельствах, верность глаза, твердость нервов — все эти военные качества не менее командиров нужны каждому офицеру, избранному занимать такую высокую должность. Младшие офицеры также должны помнить, что им во всякое время может выпасть на долю замена старших в самые трудные минуты».
Бутаков неустанно заботился, чтобы флот в любой момент был готов встретить врага в полной боевой готовности, и призывал к бдительности и инициативе весь личный и командный состав флота.
Неподкупный и честный, Бутаков энергично боролся со всеми отрицательными явлениями, царившими тогда на флоте и в морском ведомстве: грубостью и жестоким обращением с матросами, взяточничеством, карьеризмом, протекционизмом и самодурством, чем и нажил себе немало врагов среди аристократической верхушки флота. Прогрессивный деятель и энергичный человек, Бутаков не пришелся ко двору в кастовом царском флоте. Он, полный еще сил и энергии, как «нежелательный и беспокойный элемент», получил «почетную отставку» в виде назначения членом государственного совета. Бутакова удалили из флота. Это несомненно сказалось на здоровье моряка. Бутаков умер скоропостижно при переправе на шлюпке через Неву, в возрасте шестидесяти двух лет, в 1882 году.
Влияние Бутакова на Макарова сказалось глубоко и сильно во всех областях его деятельности. Макаров был наиболее талантливым и восприимчивым учеником «бутаковской школы», а учеником Бутакова Макаров стал сразу же после первого визита к адмиралу со своей работой о «Русалке». Бутаков вполне оценил целесообразность и высокую практичность всех предложенных Макаровым мероприятий и открыто и энергично стал на их защиту. Недаром Макаров впоследствии писал о Бутакове, что адмирал считал совершенствование судов во всех отношениях своим прямым делом и поддерживал всякую здоровую мысль.
«На днях был у адмирала Бутакова с моей статьей, — спешит сообщить Макаров Поливановой. — Он обещался во вторник доложить о глухих крышках на люки в Ученом Комитете, а о пластырях сообщить в Кронштадт главному командиру. Пока дела идут как нельзя лучше».
Не проходит и десяти дней, как Поливанова получает новое, полное восторга письмо. «Во вторник, действительно, решилась моя судьба!.. Можете себе представить, что председатель кораблестроительного отделения Технического Комитета в восторге от моей работы».
Не откладывая рассмотрение проекта Макарова в долгий ящик, адмирал Бутаков созывает заседание Технического Комитета. Приглашаются виднейшие адмиралы и специалисты-кораблестроители. Для разъяснений потребовали и Макарова. Сознание, что от исхода совещания, быть может, зависит будущее его изобретения, придало мичману смелость и уверенность. «Мне задали несколько вопросов. Я стал рассказывать, объясняя значение чертежей; скажу вам откровенно, что во всю мою жизнь я не говорил так связно и методично, как тут».