Училище отметило прибытие Макарова поощрительным мероприятием: за недостатком учителей старшему воспитаннику Степану Макарову было поручено заниматься с младшими учениками. Вряд ли был Макаров особенно доволен таким поощрением. Еще менее устраивало его назначение зимой 1864–1865 гг. фельдфебелем училища. Фельдфебелю была предоставлена власть наказывать по своему усмотрению провинившихся. Вначале Макаров был довольно мягок и старался действовать уговором, но когда убедился, что этот метод не приводит к цели и что старшие воспитанники демонстративно не желают видеть в нем начальника и упорно стараются поддерживать дурную славу училища, он начал по всей строгости применять предоставленное ему право. И фельдфебеля стали слушаться.
После долгого перерыва Макаров приступил к систематическим занятиям и работал серьезно и упорно. Школьное преподавание его, конечно, не удовлетворяло, и он всячески стремился расширить свои познания чтением книг не только по специальности, но и общеобразовательных.
Свои мысли, переживания и планы Макаров неизменно поверял лучшему другу юности — дневнику. «Я ужасно привязался к моему дневнику, — пишет он, — все хочется мне что-нибудь писать, даже когда уже совершенно слипаются глаза. Да! Великое дело дневник! В особенности когда нет друга, кому бы можно было высказать, кто бы мог посоветовать что-нибудь».
Духовное одиночество и неудовлетворенность чувствуются в этих словах. Для успеха в жизни, думал о себе Макаров, ему не достает прежде всего свободного, непринужденного поведения. И он настойчиво стал работать над собой, стараясь быть во внешних сношениях с людьми таким, как все. Вместе с тем он следил за своими манерами, старался взвешивать и обдумывать слова и развивать в себе вкус ко всему изящному и красивому.
Прав С. Григорьев, изображая в своей повести «Победа моря» дошкольного Макарова обыкновенным мальчиком со всеми особенностями его возраста, одержимым лишь романтическим влечением к морю, отчасти под влиянием примера отца-моряка. Что же касается Макарова — ученика Николаевского училища и Макарова-юноши, то следует отметить, что он безусловно отличался от своих сверстников чертами, вовсе не свойственными его возрасту. Необычайно вдумчивый, самолюбивый и впечатлительный, солидный в поведении, постоянно занятый анализом собственных поступков и мыслей, сторонящийся пошляков, он проявлял такие задатки, которые невольно обращали на него внимание людей.
Для старших воспитанников училища организовался при Николаевском женском институте танцкласс. Обучение производилось по субботам, совместно. «Не думаю, чтобы это послужило нам и им на пользу», — скептически замечает по этому поводу Макаров.
В свободные часы он предавался мечтам. Его воображение рисовало картины будущего. Вот, например, суровая зима, на дворе со злобным свистом завывает ветер. А он сидит вечером с молодой любимой женой в жарко натопленной комнате, вспоминает и рассказывает ей, каково ему было в плавании в пургу, когда он простаивал во время вахты по четыре часа на мостике, «не сводя глаз с парусов, которые грозят или сломать рангоут, или сами разорваться. Волны, ударяясь о борт, разбиваются и окатывают вас с ног до головы. Ну, как тут не пожалеть такого страдальца, подумает другой. А вот и нет — удовольствие в свежую погоду может испытать только моряк, когда, сдавши вахту другому, спускается вниз, снимает с себя мокрое платье, надевает сухое и обогревшись ложится на койку, где с полным спокойствием скоро засыпает».
Близилось время сдачи окончательных экзаменов. Воспитанники училища усиленной зубрежкой старались наверстать упущенное. Занимались с утра до вечера. Но Макарову нечего было бояться, он знал все настолько основательно, что учителя, уверенные в его знаниях, ставили ему хорошие отметки, не спрашивая. Но сам он не находит свои знания полными. «Я не ленюсь, — записывает он в дневнике, — а постоянно занимаюсь, но зло в том, что я сразу берусь за все, а гоняясь за двумя зайцами, ни одного не поймаешь. Эх, ежели бы я имел с моего раннего возраста хорошего наставника, который бы мог установить твердо мой характер и заставить меня прямо и неуклонно следовать по одному направлению, не блуждая то в ту, то в другую сторону».
Незаметно подошли и экзамены. Учили плохо, но теперь предъявляли к ученикам высокие требования. Макаров отлично сдал все экзамены и окончил училище первым. Адмирал Казакевич поздравил его и сообщил, что сделал представление в Петербурге о производстве его за отличные успехи, способности и поведение не в кондукторы флотских штурманов, которых выпускает Николаевское училище, а в корабельные гардемарины, что дает ему возможность стать мичманом, а затем поступить в морскую академию. Предварительно же необходимо летом идти в учебное плавание.