Основной материал для ее изучения получен из раскопок поселений (более десяти) и разведок (более полусотни) местонахождений кизил-кобинской керамики (см. карту 3). Поселения кизил-кобинской культуры возникали постепенно: некоторые из них — наиболее ранние — представляли собой естественные убежища, они существовали в эпоху поздней бронзы, о чем свидетельствует широкое распространение орудий из кости и камня (Уч-Баш, Балаклавское, Ашлама, Балта-Чокрак). Часть поселений возникла на рубеже двух эпох и содержит материалы раннего и позднего этапов (Кизил-Коба, Симферопольское). Остальные появились только в эпоху раннего железного века, и в них полностью отсутствуют черты, свойственные эпохе поздней бронзы, в частности кремневые и каменные орудия труда.
Для определения относительной хронологии поселений основными источниками послужили орнамент на сосудах, а в некоторых случаях — и формы сосудов, имеющие аналогии в соседних культурах эпохи поздней бронзы и раннего железа Северного Причерноморья. Она подтверждена была и единичными датирующими находками из поселений кизил-кобинской культуры, которые определяют время основания кизил-кобинских поселений IX–VIII вв. до н. э. Рубеж между первым и вторым этапами датируется серединой VII в. до н. э. Поздний этап относится к VI–V вв. до н. э. (Крис Х.И., 1981, с. 10 сл.).
Культурный слой большинства поселений сильно нарушен запашкой, что было причиной крайне плохой сохранности сооружений: лишь в редких случаях можно было обнаружить остатки жилищ. Так, три жилища с углубленным в землю полом были открыты на поселении Уч-Баш. Форма их неправильно-прямоугольная, размеры 5×9 м. Основу стен составляли столбы и колья, переплетенные прутьями, снаружи и внутри стены обмазаны глиной с соломой и заглажены. По центральной продольной оси на полу жилища находились ямки от столбов, поддерживавших двускатную кровлю. Пол обмазан глиной. В центре жилища — два очага. В центре такого же жилища на поселении Ашлама у очага найдены диски из рыхлого глиняного теста и жаровня для выпечки лепешек диаметром около 1 м, а в ямке от столба, поддерживавшего кровлю, — миниатюрный сосудик. Вблизи жилища в яме совершено было частичное захоронение коня, над которым установлен большой цилиндрический камень. Это остатки жертвоприношения, практиковавшегося при закладке жилища, известные не только в археологических, но и в этнографических источниках. В отличие от больших наземных домов Уч-Баша и Ашламы на площадке у пещеры Кизил-Коба открыты две полуземлянки малых размеров (не более 9 кв. м) с очагами. Кровля держалась на прочной конструкции в виде плетеного шалаша из толстых жердей.
На поселениях более позднего времени, слон которых сильно перепахан, обнаружены следы наземных жилищ в виде остатков глиняной обмазки стен на прутяной основе (Симферопольское поселение).
Таким образом, большие, слегка углубленные наземные дома характерны для всего периода существования кизил-кобинской культуры, небольшие землянки — только для раннего периода.
Наиболее распространенными сооружениями на поселениях кизил-кобинской культуры являются хозяйственные ямы, расположенные внутри и за пределами жилищ. Размеры их различны. Наибольших размеров они достигают на поселениях позднего периода (максимальный диаметр 1,8 м, глубина около 3 м). Они снабжены крышками из известняка, напоминают зерновые ямы Нимфея и Неаполя скифского не только размерами, но и бочковидной формой. Такие ямы особенно характерны для поздних поселений, в то время как ямы грушевидной формы известны лишь на ранних поселениях, они и по размерам уступают бочковидным.