Режим среднеазиатских рек разнообразен. Однако большая часть из них, в том числе и самые крупные — Амударья и Сырдарья, имеют паводки в жаркое время года, что с давних времен благоприятствовало развитию в их долинах поливного земледелия. Реки несут с гор обильный ил, песок, мелкие камни. Тысячелетиями они откладывают на равнине аллювий, из которого и сложены песчаные толщи пустынных равнин. Большая часть песков Каракумов — это наносы древней Амударьи, которая до верхнего плейстоцена несла воды в Каспий. Южные и Восточные Каракумы сложены наносами Теджена, Мургаба и Зеравшана. В нижних частях почти все среднеазиатские реки образуют обширные дельтовые области, где непрерывные гидрографические изменения приводят к отмиранию прежних дельтовых протоков и образованию новых. Там, куда устремляются основные протоки, отложение наносов происходит наиболее быстро и интенсивно; на окраинах, в понижениях, которые заросли камышами, воды, напротив, застаиваются и осветляются. Неравномерность отложений — главная причина исторических гидрографических изменений в дельтах рек. В отдельных рукавах вода течет с различной скоростью. Там, где откладывается больше всего наносов, уменьшающиеся уклоны не обеспечивают устойчивости потока, и наступает момент, когда основная масса воды, прорвав боковые валы, образует сначала разливы, а затем и новые русла, устремляясь по наибольшему уклону в новом направлении. На протяжении длительных периодов происходят перемещения районов интенсивного обводнения из одной части дельты в другую. Это можно назвать перемещением основного направления реки (Шульц В.А., 1945; Андрианов Б.В., 1951, с. 326).
В дельтовых областях и долинах рек преобладает травянисто-тугайная растительность. Здесь встречаются лугово-болотные, луговые, лугово-солончаковые, солончаковые и песчаные растительные ассоциации. На влажных участках с близкими грунтовыми водами растут обильные камыши, куга, кыркбугим, юлгун, тал, ажрек и др. Почти все они представляют собой хороший корм для домашних животных. Заросли камышей в низовьях Амударьи и отчасти на Сырдарье поднимались еще недавно на высоту 5–8 м над уровнем разливов. Судя по этнографическим данным, камыши всегда служили не только хорошим кормом для крупного рогатого скота, но и строительным материалом для шалашей, загородок для ловли рыбы и т. п.
Дельтовые районы среднеазиатских рек на равнине окружены пустынями. В растительном покрове пустынных территорий преобладают псаммофитные кустарники, полукустарнички и травы (кустарники — черкеза, кандыма, травы — многие виды полыни, эфемеры, солянки и др.). Пустынно-древесная растительность представлена белым и черным саксаулом. В северной зоне солянково-полынных пустынь и полупустынь со злаками на бурых почвах размещены весенне-летние пастбища, где обычно выпасают и верблюдов. Южнее расположены весенние пастбища, где песчаные гряды покрываются зеленым ковром эфемерной растительности. Это травы — илак, арпаган, а также селин, еркек, кермек и др. Пустыни с грядовыми и бугристыми песками занимают самые крупные площади в Среднеазиатско-Казахстанском регионе. Пустыни пригодны для выпаса овец и верблюдов почти круглый год, хотя относительно малопродуктивны; здесь на зимних пастбищах сохраняются ковыль, жусан, кияк, солянка, биюргун, кокпек. В Центральном и Западном Казахстане, в Прикаспийской низменности сезонная смена пастбищ связана с распределением растительности (Крашенинников И.М., 1927, с. 43, след.).
Окаймляющая с юга пустынные равнины зона предгорий имеет плодородные сероземные почвы на пролювиальных и аллювиальных глинистых лёссовидных наносах. Здесь хорошие весенние пастбища с эфемерами и многолетними травами (мятлик луковичный, лютиковые, осока и др.) сочетаются с культурными оазисами, где природа преобразована тысячелетней хозяйственной деятельностью земледельцев.
На равнинах Средней Азии и Казахстана засушливые климатические условия и аридные ландшафты установились еще с конца третичного периода. Но они не были постоянными. На протяжении плейстоцена и голоцена климат неоднократно менялся в сторону большего или меньшего увлажнения, менялись структура и размещение речной сети. Такие крупные реки, как Амударья, Сырдарья, Зеравшан, Мургаб и Теджен, перемещали свои русла и дельты на десятки и даже сотни километров, обводняя различные районы пустынных равнин (Андрианов Б.В., Кесь А.С., 1967, с. 26).
В позднем неолите и эпоху бронзы западные районы Средней Азии и Казахстана получали значительно больше осадков, чем теперь, особенно в зимнее время, что способствовало обводненности каменистых плато Устюрта, Мангышлака, песчаных равнин, где в долинах рек бродячих охотников в то врзмя сменили скотоводы и скотоводы-земледельцы. Аридиэация климата Средней Азии и Казахстана и формирование жестких ксеротермических условий, близких к современным, начались на рубеже III–II тысячелетий до н. э. Это, с одной стороны, способствовало концентрации скотоводческо-земледельческого населения в наиболее увлажненных (дельтовых) областях, с другой — привело к оскудению водных ресурсов зоны предгорий и кризису хозяйства ранних земледельцев южной Туркмении (Виноградов А.В., 1981, с. 38, 39). Уменьшению водоносности рек и ручьев способствовала и вырубка лесов на скалистых склонах Копетдага оседлыми земледельцами.