У лютому його призначають командиром 1-ї Задніпровської стрілецької бригади, що входить до складу 3-ї Задніпровської дивізії Дибенка. Отаман командує приблизно п’ятнадцятьма тисячами солдат. У середині березня він здобуває дві великі перемоги, вибивши французький гарнізон із Херсона і взявши Одесу. За успіхи в боях Григор’єва нагороджують Орденом Червоного Прапора. Проте більшовиків турбує політична непостійність комбрига, його схильність до порушення субординації та антисемітизм. І не даремно: в Червоній армії йому також швидко набридло. 9 травня він оголошує антибільшовицький і антисемітський Універсал, у якому звертається до «народу українського, народу замученого». Він пише в ньому про насильство «чрезвичайки», комісарів з московської «обжорки» і «землі, де Христа розп’ято було». «Український народе! — закликає він. — Бери владу в свої руки! Нехай не буде диктатури ні окремої особи, ні партії! Хай живе диктатура правлячого люду! Хай живуть мозолясті руки селянина та робітника!».
Універсал викликає у центральній Україні велике замішання. Червоні гарнізони багатьох більших і менших міст приєднуються до бунту. Доходить до погромів, розганяють також ненависні «чрезвичайки». Григор’єв розраховує, що гасла повстання підхоплять інші отамани, яким не по дорозі з більшовиками. Найбільші надії він покладає, зрозуміло, на Махна.
Більшовики, вражені масштабом заколоту і його стрімкі-стю, надсилають 12 травня телеграму до Гуляйполя: «Григор’єв зрадив фронт. Не виконавши бойового наказу, він повернув зброю. Настав вирішальний момент: або ви підете з робітниками і селянами всієї Росії, або відкриєте фронт ворогам. Ваганням немає місця. Негайно повідомте про розташування ваших військ і оголосіть заклик проти Григор’єва, надіславши мені копію в Харків. Відсутність відповіді вважатиму оголошенням війни. Вірю в честь революціонерів — Вашу, Аршинова, Веретельникова та інших. Каменєв».
Махно відправляє дві телеграми — одну до своїх загонів та їхніх командирів, другу — до Каменєва. Він закликає бригаду тримати фронт проти контрреволюції, більшовиків запевняє, що не розірве союзу. Однак частина махновських командирів виступає за розрив із червоними. Григор’єв отримує рапорти про вагання в шерегах Махна і висилає телеграму: «Батьку, що ти дивишся на комуністів? Бий їх. Отаман Григор’єв».
Махно хоче пересвідчитись, як насправді виглядає ситуація у бунтівному районі. Він відряджає Чубенка і кількох довірених осіб. Розвідка повертається за кілька днів з переконанням, що повстання є справедливою і стихійною відповіддю на більшовицьке насилля й терор. Але жорстокість бунту і криваві погроми, що його супроводжують, слід оцінювати як реакційні. Махновці не можуть його підтримати. Відтак штаб бригади готує відозву «Хто такий Григор’єв?», з якої ясно випливає: антисеміт і контрреволюціонер. А його Універсал — це «похмурий заклик до єврейського погрому» і самозванчий замах отамана на «живий братерський зв’язок революційної України з революційною Росією». Штаб оголошує, що не має наміру втручатись у боротьбу за владу між більшовиками й Григор’євим. Текст передруковують у махновському «Шляху до волі» та анархістському «Набаті».
Але армія Григор’єва нарощує сили. Більшовики готують евакуацію своїх органів влади з Одеси, Полтави та Києва. Оголошується мобілізація, до зброї закликають усіх комуністів, робітників і навіть комсомольців. Мчать потяги зі зброєю з Росії. Операцією проти бунтівників керують тодішній командувач харківського округу Климент Ворошилов і начальник харківського гарнізону Олександр Пархоменко.
Багато галасу з нічого. Григор’єв виявляється слабким штабістом, здатним виграти битву, але не війну. Він ділить свої війська на три групи і наказує завдати одночасного удару по Одесі, Полтаві й Києву — містах, найбільше насичених більшовиками. Загони не можуть взаємодіяти, Григор’єв наказує їм воювати у місцях, віддалених одне від одного на сотні кілометрів. Одночасно він переконує свою селянську армію, що комуністи програють на всіх фронтах, а Ленін разом із цілим урядом втік за кордон.
Наступ розпорошених військ Григор’єва швидко втрачає енергію. Більшовики стискають кільце довкола повсталого регіону. Поступово вони відновлюють контроль над Кривим Рогом, Черкасами, Кремечугом, а на півдні вибивають бунтівників із Миколаєва, Очакова і Херсона. Коли наприкінці травня головні сили отамана виявляються розбитими між Білою Церквою і Житомиром, в селі Кам’янка, Повстанча Армія починає розвалюватись. Багато загонів намагаються повернутись до більшовиків. Григор’єв разом із недобитками засідає в степу і продовжує партизанську боротьбу. Військо, що складається головним чином із місцевих селян, вислизає з рук червоних і не дає себе остаточно знищити. Загони тримаються поблизу залізничних колій — напади на пасажирські й товарні потяги стають головним джерелом утримання й забезпечення григор’ївців.