Лирика Ф. чужда проповедничеству, чем резко отличается от поэзии С. Я. Надсона. "Ф. не принес с собой в литературу какой-нибудь идеи, которую он мог бы или должен был проповедовать, отстаивать, защищать" (Кранихфельд В. В мире идей и образов. — Спб., 1912. — Т. 2. — С. 188). У Ф. нет высказываний программного характера, он никогда не пытался систематизировать и изложить свои взгляды. Исключением следует назвать отрывок из письма А. Кауфману (опубл. после смерти Ф.), где поэт излагает свое кредо: "Мы, живущие в больших городах, бегущие в погоне за призраками благополучия, мы часто теряем свою нравственность, душу свою, как теряют зонтики и галоши в швейцарских при большом съезде гостей… Народ и его простой, доверчивый труд всегда служит и служил маяком нашему обществу" (Вестник литературы.- 1921.- № 8 (32). — С. 5).
С. А. Венгеров писал, что творчество Ф. "почти отрешено от условий места и времени. Он живет в своем особом мире неясных видений и смутных настроений и отдается песнопению почти бессознательно…" (Венгеров С. А. — С. 141). В. Я. Брюсов включил статью о Ф. в раздел "Поэты-импрессионисты" сборника "Далекие и близкие" рядом со статьями об А. А. Блоке и И. Ф. Анненском, хотя сам Ф. о существовании импрессионизма вряд ли подозревал. Прихотливые образы в стихах Ф. связываются единством настроения, поэта мало заботит достоверность подробностей; критика неоднократно иронизировала над его образом "луны двурогий диск", появившемуся задолго до брюсовского "всходит месяц обнаженный при лазоревой луне…" ("Тень несозданных созданий…"). "Как вам нравится определение сказок — "задумчиво-чудные"? — писал П. Ф. Якубович о стихотворении Ф. "Звезды ясные, звезды прекрасные…". (1885). — Не все ли это равно, что, например, сказать: "твердо-грустные" или "желто-холодные"?" (Гриневич П. Ф. — С. 303). Лирическая зыбкость образной структуры, мелодичный и легкий стих, а также любовь к снам, фантазиям, сказочным образам, ко всему, где содержалась некая недосказанность, делало поэзию Ф. близкой импрессионизму. Но наряду с этим у Ф. было немало стихов сюжетных, повествовательных, каковы рассказы в стихах "Барон Клаке" (1892) и "Необыкновенный роман" (1900); поэмы "Старый дуб" (1887), "Волки" (1889), "Ревнивый муж" (1892), сказки "Каменотес" (1885) и "Очарованный принц" (1900).
Литературной репутации Ф. очень вредило многописание, это был один из плодовитейших поэтов, оставивший почти полторы тысячи произведений. При этом Ф. был вынужден ради заработка печатать почти все, что писал. Поэтому его творчество, взятое в целом, очень неравнозначно, наряду с замечательными стихами есть слабые и банальные. Но в избранных стихах Ф. предстает как поэт большой, оказавший заметное влияние на современников. П. Перцов даже называл "фофановским" целый период развития русской поэзии, начиная от смерти Надсона (1887) и до появления первых характерных произведений символистов (1895), подчеркивая этим определяющее воздействие Ф. на современников.
Несмотря на то что Ф. принадлежит обличительное стихотворение "Декадентам" (1900), где звучит грозная инвектива в адрес символистов, он оказал существенное влияние на творчество модернистов разных поколений. Брюсов печатал его стихи в символистском альманахе "Северные цветы" и называл в числе предтеч и учителей. Культ Ф. создали эгофутуристы, посвятив ему ряд стихов и специальный сборник: "Оранжевая урна. Альманах памяти Фофанова" (Пб., 1912). Ревностным поклонником Ф. был Игорь Северянин, чьи первые шаги в литературу совершались при поддержке Ф., а также сын Ф. Константин, печатавшийся под псевдонимом Константин Олимпов.