С апреля 1849 года по апрель 1851 года Аксаков находился в Ярославской губернии. В 1850 году ему велено было состоять членом в комиссии, бывшей под председательством графа Стенбока, для исследования секты странников. Это исследование, т. е. описание учения, догматов и проч., произведено большей частью самим Аксаковым.
Вследствие доноса ярославского военного губернатора Ал. П. Бутурлина III Отделению, что Аксаков (с которым он находился в столкновении по службе) читает в обществе какую-то поэму противозаконного содержания под названием «Бродяга», III Отделение сообщило о том графу Перовскому, который предписал официально Аксакову представить ему сего «Бродягу»; Аксаков и представил его, как следует, при рапорте. Министр скоро возвратил рукопись, не найдя в ней ничего предосудительного, но в предписании своем сделал Аксакову замечание и объявил, что занятие стихотворством неприлично человеку служащему, облеченному доверием правительства. Аксаков в ответ написал министру резкое письмо, вышел в отставку и возвратился к своему отцу в Москву, где и занялся литературой.
В 1852 году он издал «Московский сборник», том 1-й, и готовился уже издать 2-й том, но продолжение издания было запрещено, самая рукопись 2-го тома конфискована при Московском цензурном комитете. Состоялось высочайшее повеление: «Ивана Аксакова, Константина Аксакова, Ивана Киреевского, Алексея Хомякова и кн. Черкасского обязать подпискою, чтобы все сочинения свои представляли отныне для цензуры не в Московский цензурный комитет, а в Главное управление цензуры, в Петербург. Сверх того, Ивана Аксакова лишить на будущее время права быть редактором какого бы то ни было издания». Полицейский надзор был усилен. Аксаков просился в кругосветное путешествие на военном корабле. III Отделение отказало. — Тогда Аксаков принял предложение Русского географического общества: описать торговлю на украинских ярмарках, — и отправился в конце 1853 года в Малороссию, где и путешествовал до конца 1854 года.
Вернувшись в Москву во время самого разгара войны, Аксаков добровольно вступил в ополчение, именно в Серпуховскую дружину, в начале 1855 года и вместе с дружиной совершил поход до Одессы, а петом в Бессарабию. В марте 1856 года, при первом известии о мире, он бросил дружину и возвратился в Москву, но в мае того же года был приглашен князем Виктором Васильчиковым принять участие в следственной комиссии, назначенной по делу о злоупотреблениях интендантства во время войны. Вследствие этого он отправился в Крым, но, не дождавшись конца комиссии, он в декабре 1856 года возвратился в Москву. В марте 1857 года он представил Географическому обществу свой статистический труд и уехал за границу, откуда вернулся в конце того же года. — Он хотел было в 1858 году взять на себя и продолжать издание газеты «Молвы», в которой брат его Константин был деятельным участником, но попытка эта не удалась вследствие цензурной истории, возбужденной статьей Константина Сергеевича в 34 № «Молвы» «Публика и народ».
В половине 1858 года Аксаков принял на себя, но неофициально, редакторство журнала «Русская беседа» и выдал 111 и IV томы за этот год. Получив дозволение, после долгих хлопот, издавать газету «Парус», он в январе 1859 года выдал два №№ этой газеты, но на 3 № она была запрещена. Продолжая заниматься редакцией «Русской беседы», Аксаков в этом 1859 году издал 6 томов этого журнала. Издатель А. И. Кошелев просил Главное управление цензуры дозволения передать Аксакову звание официального и ответственного редактора, но Главное управление нашло это «неудобным» и отказало.
Аксаков в начале 1860 года уехал за границу и посетил славянские земли. В конце 1861 года он был уже в Москве, куда привез тело своего старшего брата, умершего на острове Занте.
Никаким награждениям знаками отличия не подвергался.
Аксаков написал несколько стихотворений, из которых многие были напечатаны в «Московском сборнике» 1846 года, 1847 года, 1852 года, в «Русской беседе» (1856—1860 гг.) и в газете «Парус». (Первое его стихотворение было напечатано в «Москвитянине» 1844 г.). Большая часть стихотворений осталась ненапечатанною, по особенным обстоятельствам, от автора не зависевшим. — Более других известна поэма «Бродяга», неоконченная и напечатанная в «Московском сборнике» 1852 года и во 2-м № газеты «Парус».