Тем временем официальное приглашение Максимилиана заставило Цельтиса покинуть приветливый Гейдельберг и направиться в Вену. 7 марта 1497 г. Цельтис получил назначение профессором красноречия и поэтического искусства в Венский университет. Диплом был подписан самим императором Максимилианом I — это было нарушением автономии университета, но это было шагом к превращению Венского университета в передовой центр культуры и образования в Европе.
В Вене Цельтису пришлось начать с создания такого же внеуниверситетского сообщества, как и в Гейдельберге. Следует обратить внимание, что в противоположность устоявшимся представлениям о том, что распространение гуманизма в Германии связано было с университетами, в действительности на каждом шагу, в том числе и тогда, когда при Цельтисе гуманизм одержал в основном победу над схоластикой, гуманистическое движение развивалось вопреки университетам, а не в университетах.
Созданное в 1497 г. «Дунайское литературное содружество» было подобием Рейнского общества, основанного в Гейдельберге. В это же время возникали уже аналогичные «содружества» в Нюрнберге («Норическое»), в Аугсбурге («Августинское»), в Оломоуце («Маркоманское») и др. «Дунайское содружество», по мысли Цельтиса, объединяло гуманистов не только Вены, но и всей Австрии и Венгрии, где еще сохранялся круг гуманистов, некогда сосредоточившихся при дворе Матьяша Корвина.
В 1499 г. Цельтис делает попытку превратить артистический факультет Венского университета в полноправное, стоящее наравне с богословским и юридическим факультетом, ученое заведение с правом присуждения высших ученых степеней. Это вызвало сопротивление корпуса докторов, а внутри артистического факультета по-прежнему сохранялась открытая оппозиция цельтисовским требованиям углубленного изучения филологии и древней философии. Борьба приобрела характер столкновения между поклонниками Аристотеля и Платона. Отказавшись от своего права совершить сразу переворот в структуре университета, Цельтис прибег к обходному пути: зимний семестр 1499—1500 гг. открывается параллельно с артистическим факультетом в самостоятельной «Коллегии поэтов и математиков». Здесь в обучении были объединены заимствованные из итальянских университетов (прежде всего из Феррары) принципы филологического образования на основе изучения трех древних языков, философии Платона, классической литературы, теории поэзии, латинского красноречия, драматического искусства, — с этой целью устраиваются школярские спектакли на сцене. Следуя традиции парижского номинализма, отражение которой Цельтис мог видеть и в самой Вене, среди последователей Пейербаха, в новом преподавании самостоятельное место заняла натурфилософия, и подлинный Аристотель изучался в сочетании с Птолемеем и Плинием Старшим.
В 1501 г. в Линце ученики «Коллегии» впервые разыграли перед императором — или, точнее, при императоре, поскольку он и сам был участником этого красочного представления, — «Игрище Дианы», текст и сценарий которого были написаны самим Цельтисом. Результатом этого было торжественное утверждение «Коллегии» императорским эдиктом, даровавшим ей также право присуждать поэтические лавры. В последующие годы, наряду с написанными самим Цельтисом, но не дошедшими до нас текстами сценических игрищ, создаются совместные произведения его учеников, выполненные под его руководством, — «Рапсодия» (1505), «Мелопеи» Петра Тритония (1507) и др. Это последние годы жизни Цельтиса, окруженного учениками, среди которых выделялся, сделавшийся ректором в 1502 г. и осуществивший постепенно превращение «Коллегии» в полноправную часть университета, Иоганн Куспиниан (Шписгеймер).
Незадолго до своей смерти Цельтис заказал, по-видимому, связанному с ним тесной дружбой аугсбургскому живописцу и граверу Иоганну Бургкмайру свой «посмертный» портрет, экземпляры которого он посылал и дарил своим друзьям. Он изображен опирающимся на четыре книги — очевидно то, что он считал трудом своей жизни. Здесь «Описание Германии в 4-х книгах» — труд, так и не завершенный при жизни Цельтиса, да собственно и оставшийся, по крайней мере в задуманном им объеме, не выполненным. Ниже идут три поэтические сборника: «Amores» — «Любовные элегии в 4-х книгах», «Эпиграммы в 8 книгах» (реально выполнены 5 книг) и «Оды в 4-х книгах», изданные уже после его-смерти. Из всех его книг только «Amores» были изданы в 1503 г. при жизни поэта. Еще раз побывал он в Нюрнберге, чтобы проследить за изданием «Любовных элегий» и найденного им текста произведений средневековой монахини Гросвиты; он делает для Дюрера композиционные наброски гравюр, которыми он хотел украсить книги, передает в Аугсбурге Пейтингеру найденную им римскую карту Средиземноморья, ведет интенсивную переписку, занимается с учениками — пока хватило сил и уже зная, что времени ему не остается. В 1508 г. Цельтис умер, в полном смысле этого слова в расцвете творческих сил и таланта.