Цезарь счел, что установил полный контроль над Галлией, где больше не было значительной вооруженной силы, враждебной римским интересам. Он отбыл в другую свою провинцию, Иллирик.
Признание галлами римского господства оказалось во многом формальным актом. После ухода Цезаря с частью легионов в стране вспыхнуло несколько восстаний. Уже весной 56 года наместнику пришлось вернуться в Бретань для борьбы с союзом племен во главе с венетами, располагавшим, кроме армии, большим флотом. По приказу Цезаря был построен римский флот, уничтоживший корабли галлов у устья реки Луары. После этого восставшие племена были разбиты поодиночке. Всех знатных людей Цезарь казнил, а остальных продал в рабство. В это же время Публий Красе завоевал область Аквитанию от Гаронны до Пиренеев, составлявшую по площади почти треть Галлии. Если верить Цезарю, из 50-тысячного ополчения акви-танских племен после генерального сражения с Крассом уцелела лишь четверть. В конце года Цезарь предпринял поход против моринов и менапиев, живших в низовьях Рейна и по реке Шельде Однако они ушли от римлян в леса и непроходимые для пришельцев болота. Цезарю пришлось ограничиться грабежом жилищ и полей галлов и уйти на зимние квартиры.
Благодаря соглашению с Крассом-старшим и Помпеем Цезарю удалось добиться, чтобы сенат в 55 году продлил еще на пять лет его управление Галлией. В том же году с помощью галльских союзников ему пришлось отразить нападение германских племен узипетов и тенктеров, пришедших из-за Рейна. Обманом он захватил их вождей, явившихся для переговоров, а затем внезапным нападением на лагерь разгромил германцев, которых было будто бы около 430 тысяч человек. Затем армия Цезаря перешла через Рейн по построенному за 10 дней большому мосту, совершив набег на германские земли.
В следующем, 55 году римляне силами двух легионов высадились в Британии, где жили родственные галлам кельтские племена. Они оказали Цезарю ожесточенное сопротивление, используя не только конницу, но и, что было не характерно для Европы, боевые колесницы. К тому же буря разметала римский флот, и Цезарь с трудом вернулся на материк. В 54 году он повторил экспедицию в Британию с более мощными силами — пять легионов и две тысячи всадников, которые перевозились на 800 судах. Британцы на этот раз не стали встречать имевшего превосходство противника на побережье, а отошли вглубь страны и начали партизанскую войну. Цезарю не удалось одержать решающей победы. В конце концов римляне склонили британского вождя Кассивелауна к уплате ежегодной дани и отправке в Рим заложников, после чего Цезарь вернулся в Галлию. Фактически он так и не смог установить контроль над Британией.
В Галлии власть Рима оставалась непрочной. «Замиренные», по донесениям Цезаря сенату, племена неоднократно поднимали восстания. Самое крупное из них, названное впоследствии Великим галльским восстанием, вспыхнуло в конце 54 года. Его начал вождь треверов Индутиомар, к которому примкнул вождь эбуронов Амбиорикс. Они окружили полтора легиона (15 когорт), которыми командовали Квинт Титурий Сабин и Луций Аврункулей Котта. Галлы сперва обещали им свободный выход, затем атаковали римлян на марше из засады. Остатки легионов пробились обратно к лагерю, но были уничтожены в жестоком ночном бою. Погибли и Котта с Титурием, причем последний был вероломно убит во время переговоров с Амбиориксом. Можно предположить, что здесь сказалось численное превосходство галлов. Вероятно, такое превосходство было на стороне галльских племен, когда им противостояли один или полтора римских легиона, но оно исчезало, когда римлянам удавалось сосредоточить против своих врагов силы в 2–3 легиона. Если это предположение верно, то максимальную численность галльского ополчения, принимавшего участие в одном отдельном сражении, можно оценить в 10–15 тысяч человек.
После уничтожения войска Титурия и Котты треверы и эбуроны соединились с адуатуками и нервиями (у последних, выходит, за 4 года чудесным образом возродилась боеспособная армия). Все вместе они осадили легион Квинта Цицерона, брата знаменитого оратора Марка Туллия Цицерона. Он сумел удержать лагерь до подхода на выручку Цезаря с двумя легионами. В последующем сражении, как утверждается в «Записках о галльской войне», семь тысяч цезаревых легионеров обратили в бегство 60 тысяч галлов. Войско Цицерона было спасено от уничтожения. Индутиомар также снял осаду с лагеря легиона Лабиена. Вскоре этот вождь потерпел поражение и был убит. Однако тяготы римского владычества, требования регулярной выплаты дани и содержания размещенной в стране римской армии побуждали подавляющее большинство галльских племен не складывать оружие.
В 53 году силы Цезаря возросли до 10 легионов за счет трех легионов, набранных его легатами, и одного легиона, присланного Помпеем. С четырьмя легионами Цезарь обрушился на нервиев и вновь привел их к покорности. Затем в Лютеции (Париже) наместник провел общегалльский съезд, где союзные Риму вожди осудили повстанцев. Позднее римляне разбили сенонов, треворов и некоторые другие мятежные племена. Восставшие так и не смогли создать единую армию, способную противостоять Риму. Цезарь жестоко отомстил эбуронам, полностью опустошив их страну и любезно пригласив к грабежу соседние галльские племена. Лишь вождь эбуронов Амбиорикс смог спастись бегством.
В 52 году боевые действия разгорелись с новой силой. Восстали карнуты, перебившие всех римских граждан в городе Ценаб (Орлеан). Вскоре восстание опять охватило всю страну. Во главе его стал вождь арвернов Верцингеторикс, провозглашенный царем. Это был талантливый полководец, грозный противник Цезаря. Римляне оттеснили войско галльского полководца Луктерия. После этого Цезарь в конце февраля перешел через горы Севенны, считавшиеся непроходимыми из-за снежных заносов, и вторгся в земли арвернов. Верцингеторикс вынужден был отказаться от похода на север и поспешил на защиту родной страны.
Галльский царь осадил Горгобину — главный город римских союзников боев. Цезарь тем временем успел занять и разграбить Ценаб. Римляне также захватили галльские города Велланодун и Новиодун. Тогда Верцингеторикс, используя свой перевес в коннице, перешел к тактике партизанской войны, нападая на мелкие римские отряды и затрудняя противнику снабжение продовольствием и фуражом. Галлы сами сожгли несколько десятков своих городов и селений, чтобы лишить неприятеля удобных мест для постоя. Только крупнейший город Галлии Аварик (Бурж), столицу племени битуригов, Верцингеторикс решил защищать. Город был взят после долгой и тяжелой осады, причем трудности с продовольствием не раз заставляли Цезаря думать, не отступиться ли от Аварика. Из 40 тысяч жителей города уцелело лишь 500 человек.
В дальнейшем четыре легиона под командованием Лабиена были направлены в земли сенонов и паризиев, а Цезарь с шестью легионами двинулся к Герговии. Крепость находилась на высоком холме, а Верцингеторикс с полевой армией занял все подступы к ней. Герговию можно было взять только после длительной осады. Тем временем от римлян отложились их давние союзники — эдуи. Чтобы не допустить всеобщего восстания в их землях, Цезарь вынужден был снять осаду Герговии, предприняв перед уходом неудачную попытку штурма города. При этом римляне потеряли 700 легионеров и 46 центурионов.
После этого эдуи открыто стали на сторону Верцингеторикса и, перебив римский гарнизон в Новиодуне на Лауре, захватили большие запасы хлеба. Теперь войска Лабиена, осаждавшие Лютецию, оказались отрезаны от главных сил римлян. Цезарь пошел на соединение со своим легатом. Они встретились в Агединке. Тем временем прошел общегальский съезд, призвавший всех галлов к борьбе с Римом. На стороне Цезаря остались только ремы, аллоброги и лингоны. Римляне вынуждены были отступить на защиту Провинции. Верцингеторикс атаковал римскую колонну на марше, но галльская конница была разбита конницей Цезаря, набранной из враждовавших с галлами германских племен.
После этого Верцингеторикс с пехотой был осажден в Алезии. Остатки галльской конницы рассеялись по своим племенным землям, откуда осажденные тщетно ожидали подкреплений больше месяца. Наконец, галльские отряды под командованием Коммия и двоюродного брата Верцингеторикса Веркассивеллауна подошли к Алезии и атаковали линию римских укреплений. Одновременно осажденные сделали вылазку. Сражение продолжалось три дня. Лишь к исходу третьего дня римской коннице удалось рассеять деблокирующую армию галлов. Верцингеторикс вынужден был отступить обратно в крепость. Римляне захватили 74 галльских знамени. На следующий день Алезия капитулировала.