Во-вторых, — чему я не могу не придать особого значения и что главным образом лежит на Вашей ответственности как председателя комиссии, — в протоколе заключаются неуместные и резкие выражения относительно действий правления, по отношению распоряжения коего, например, допущено выражение «весьма произвольно» и т. п.
Наконец, по наведенным справкам, я удостоверился, что данные, на которых комиссия основывала свои суждения, были добыты Вами частным обращением к писцу канцелярии правления, каковые сведения были переданы Вам помимо распоряжения и ведома не только ректора, как председателя правления, но даже секретаря…
Затем я считаю себя обязанным поставить Вам, как председателю комиссии, на вид, во-1-х, допущенные Вами в протоколе несоответствующего полномочиям комиссии обсуждения и критики действий правления, во-2-х, совершенную неуместность резких выражений, чему я придаю особое значение, и прошу Вас впредь в сношениях с правлением не выходить из пределов, общепринятых в сношениях с официальными лицами и учреждениями».
Столетова особенно возмутила фраза в письме Капниста, говорящая о том, что Столетов «частным обращением» к писцу добыл сведения, на которых зиждилось постановление комиссии. В ответном письме графу Капнисту Столетов подробно изложил все обстоятельства составления протокола. «Приступая к занятиям комиссии, — писал Столетов, — я счел существенно необходимым ознакомиться и ознакомить г.г. членов с точными цифрами вознаграждения служителей, взятыми из официального источника. С этой целью я, в присутственный день и час (утром 24 сентября), в канцелярии правления открыто обратился к помощнику секретаря правления, а потом и к секретарю (только что входившему в канцелярию), с запросом, не найдут ли они возможным предоставить мне для просмотра относящиеся к данному вопросу документы. Получив согласие, при чем тут же при мне приказано было одному из писцов подобрать и передать мне соответствующие дела на ведомости, — я того числа вечером получил те и другие для просмотра на дому, и после этого ни за какими иными справками к писцу не обращался. Таким образом, обвинение, будто я «частным обращением к писцу канцелярии правления» добыл какие-либо данные, основано на неточном сведении, доставленном Вашему сиятельству».
Капнист был удовлетворен ответом Столетова, но продолжал, однако, настаивать на неуместности резкой характеристики такого высокого учреждения, как правление университета.
Ректор Боголепов был страшно недоволен, что Столетов через его голову обратился сразу к попечителю. Боголепов попрежнему утверждал, что Столетов самовольно взял документы у письмоводителя, иными словами, обвинял профессора в краже. Он даже потребовал очной ставки Столетова с писцом. Письмоводитель подтвердил все, что говорил Столетов. Клевета Боголепова была обнаружена. Но ректор отказался извиниться перед профессором. После этого инцидента Столетов перестал подавать Боголепову руку.
С осени 1892 года отношения Столетова с реакционной профессурой, предводительствуемой Боголеповым и его помощником профессором Некрасовым, обостряются. Когда профессора университета хотели подать Боголепову, собиравшемуся уйти из университета, адрес с просьбой остаться, Столетов отказался его подписать. Не подписал адреса и В. В. Марковников, он даже написал на адресе «совершенно не согласен».
Столкновения Столетова с ректором вскоре же дали тяжелый для Столетова отголосок.
Недруги Столетова стали писать на него доносы, распространять о нем тенденциозные слухи.
В начале 1893 года группа академиков — Чебышев, Бредихин, Н. Бекетов — выдвинула Столетова кандидатом в академики. Всем передовым русским людям было совершенно ясно, что Столетов — первый физик России. Имя Столетова к этому времени уже было овеяно всемирной славой. Основоположник школы русских физиков, знаменитый творец теории фотоэлектрических явлений, создатель замечательного метода исследования магнитных свойств железа, блестящий пропагандист материалистических идей, Столетов был известен всем физикам мира. Но для официальной царской науки все это не имело никакого значения.
Когда слухи об истории с ректором дошли до президента академии, великого князя Константина Константиновича, августейший президент своей властью приостановил дело об избрании Столетова.
Столетов узнает об этом из письма своего старого товарища Бредихина, датированного 21 февраля 1893 года. «Представление у нас комиссии, — пишет Бредихин Столетову, — уже готово, но сверху, откуда может раздаться «veto», сказали подождать, пока не разъяснится смысл каких-то инцидентов в Москве. Теперь мы положили дожидаться согласия, и когда это последует, подписать представление и дать ему надлежащее течение. Когда это совершится, нам неизвестно, а настаивать не принято. В случае благоприятного разрешения мы уведомим Вас».