Сравнивая статью о Гельмгольце с ранними произведениями Столетова, ясно видишь, какой большой путь прошел мыслитель в сторону преодоления ограниченности механистического мировоззрения. В этой статье Столетов особенно отчетливо формулирует свои взгляды на электродинамику. Он широко трактует эту науку, эту некую новую «высшую механику».
«Обширной механике электричества, постепенно поглощающей едва ли не всю физику, придется, повидимому, — пророчески говорит Столетов, — овладеть и химией». Смысл этого высказывания ученого полностью раскрылся в наши дни, когда наука открыла электродинамические воздействия между атомами и молекулами и внутри самих атомов.
В этой же статье Столетова содержится замечательная мысль о том, что атомы не есть простые частицы — они имеют сложное строение, о том, что природа развивается от простого к сложному. Столетов говорит, что периодический закон Менделеева свидетельствует об эволюции, развитии химических элементов, в те времена считавшихся неизменными кирпичиками вещества.
Глубокие мысли высказывает Столетов и о математике.
Говоря о том, что математика, это могучее средство исследования, начинает играть все большую роль в физике, Столетов решительно выступает против попыток скрыть реальный мир за математическими операциями, против жонглирования ими.
Лекция о Гельмгольце находит живейший отклик у передовой русской общественности.
Чутко прислушивается Столетов, почти что изгнанный из университета, и к общественным событиям, происходящим в среде студенчества.
Начало девяностых годов ознаменовалось оживлением революционного движения. В университете начинают возникать уже не народовольческие, а марксистские кружки. Студенты устанавливают связи с рабочими, ведут борьбу против народников.
Осенью 1894 года в университете происходят студенческие волнения. Вскоре после того, как в Ливадии скончался Александр III, университетское начальство поручило профессору В. О. Ключевскому произнести надгробную речь.
В конце лекции, когда историк стал прославлять умершего императора, в аудитории раздались свистки. Передовое студенчество с негодованием встретило эту часть речи Ключевского. Университетское начальство всполошилось. О происшествии на лекции Ключевского было сообщено полиции. В университетских коридорах замелькали фигуры сыщиков и жандармов; стали производиться расследования. 47 студентов были исключены из университета. Мало того, исключенные студенты были высланы из Москвы. В число высланных попали даже те студенты, которых не было на лекции Ключевского: начальство, воспользовавшись историей, происшедшей на лекции, постаралось очистить университет от неугодных ему элементов.
Прогрессивные деятели университета, лучшие профессора, предприняли попытку убедить университетское начальство смягчить участь пострадавших. Деятельное участие в этих хлопотах принял и Александр Григорьевич Столетов. Но все попытки оказались безуспешными. Начальство наотрез отказалось смягчить меры наказания для студентов.
Тогда великому князю Сергею Александровичу — московскому генерал-губернатору — была направлена петиция.
Эту петицию подписали 42 профессора, в числе которых были К. А. Тимирязев, А. Г. Столетов, В. В. Марковников.
Попечитель учебного округа, уже известный нам граф Капнист, с негодованием узнал об отправке петиции великому князю. Всем подписавшим петицию был объявлен выговор. Обрушившись против участников коллективного письма, раздосадованный Капнисг особенно резкое обвинение предъявил Столетову, объявив его зачинщиком всей истории с подачей петиции. Столетов сделал подробный разбор всех обвинений, предъявленных попечителем участникам петиции. Этот разбор подписали все 42 профессора и направили его министру. Тем временем реакционные профессора стали распускать слухи, что Столетов не только зачинщик подачи петиции, но что он виновен и в подстрекательстве студентов к выступлению.
Вскоре же после этого в профессорском кабинете разыгралась возмутительнейшая сцена. Рассказ об этой сцене сохранил профессор А. К. Тимирязев, слышавший о ней от своего отца. Один из наиболее реакционно настроенных профессоров — граф Л. А. Камаровский, рассказывая о своей последней беседе с министром просвещения, заявил: «Ну, господа, теперь все мы можем быть вполне спокойны, никаких студенческих беспорядков больше не будет. Министр мне сказал, что при первой же попытке вот этот молодчик, — при этом Камаровский кивнул в сторону Столетова, — вылетит вон из университета».