В такой обстановке приходилось жить великому физику.
Здоровье Столетова становится все хуже. Все чаще навещают его болезни. Ночной кашель по целым зимам не оставляет его, мучает изнурительная бессонница, от времени до времени беспокоят боли в верхней челюсти. Ему все труднее выходить из дому. В 56 лет он, выходец из рода, не случайно носившего фамилию Столетовых, становится в результате непрерывной травли больным стариком. Он все более и более замыкается.
«В 1895 году, — вспоминал А. П. Соколов, — Александр Григорьевич особенно много занимается по вечерам чтением художественной литературы. До самых последних дней своей жизни он интересуется новостями отечественной и иностранной литературы. В последнее время чаще всего он засиживался за «Отверженными» В. Гюго и еще более за книгой А. В. Никитенко «Записки и дневник. Моя повесть о самом себе и о том, чему свидетель в жизни был». Этот откровенный рассказ профессора и академика, человека, бесспорно, весьма талантливого, мало-помалу впавшего в глубокий пессимизм и к концу жизни горько сознавшегося в бесполезности своей трудовой жизни, очевидно, лучше всего гармонировал с удрученным настроением самого Александра Григорьевича, испытавшего тоже тяжелое разочарование под конец своей тридцатилетней деятельности. Это чтение, которому он обыкновенно предавался на ночь, доставляло ему, как он сам выражался, «душевное успокоение».
«Какая-то печать гнетущего, глубоко затаенного нравственного страдания легла на все последние годы его жизни, — писал К. А. Тимирязев, — как будто перед ним вечно стоял вопрос: почему же это везде, на чужбине и в среде посторонних русских ученых, встречал он уважение и горячее признание своих заслуг и только там, где, казалось, имел право на признательство, там, где плоды его деятельности были у всех на виду, ему приходилось сталкиваться с неблагодарностью, мелкими уколами самолюбия, оскорблениями. Но он еще крепился, пытаясь стать выше «позора мелочных обид».
Мало хорошего было в жизни Столетова в это время. Но, как всегда, радостно отзывался ученый на все успехи русской науки. Хорошую, согревающую сердце весть получает он из Петербурга от Ф. Ф. Петрушевского. Старый товарищ пишет, что 7 мая 1895 года на заседании Русского физико-химического общества происходили вещи поистине чудесные. Молодой ученый А. С. Попов показывал приборы, которыми с помощью электромагнитных волн можно передавать сигналы на расстояние. Узнав о рождении радио, Столетов не подозревал, что вскоре этому новому русскому изобретению помогут приборы, которые будут созданы на основе его, Столетова, открытий.
Короткую радость принесло ему весной 1895 года известие о том, что наконец-то продвинулось дело о создании физического института. Хлопоты об организации физического института Столетов не прекращал все время. Эти хлопоты делил с ним А. П. Соколов. Сколько просьб, сколько ходатайств подали Столетов и Соколов в правительственные учреждения, сколько визитов к высокопоставленным лицам наносили они, убеждая отпустить средства на постройку института! В конце концов ученым удалось получить принципиальное согласие начальства, но на этом дело и остановилось. То постройку откладывали, ссылаясь на то, что у государства нет средств на нее, так как в России голод и холера. То требовалось заняться сначала расширением и обновлением библиотеки, зоологического музея, музея древностей. Столетову казалось, что дело уже вовсе заглохло, но весной 1895 года его надежды воскресли — неожиданно пришло предложение представить смету на постройку института. Составив вместе с Соколовым смету, Столетов ждал дня, когда они получат распоряжение насчет постройки здания. Но дело снова заглохло. Так шло время.
Преследуемый университетским начальством, Столетов мечтает переехать в Киев, к своему старому товарищу М. П. Авенариусу. Он уже списывается с Авенариусом, но в сентябре получает горькое известие; Михаил Петрович Авенариус скончался. Память своего ушедшего друга Столетов почтил большой прочувствованной статьей. Подготавливая ее, он обращается к родственникам, коллегам и ученикам Авенариуса, и они шлют ему свои рассказы о профессоре. Столетов не хочет пропустить ни одной черты в деятельности Авенариуса. Для него драгоценна каждая, пусть самая незначительная, казалось бы, подробность жизни и деятельности передовых русских ученых.