Ученый протестовал против стремления правительства задержать развитие отечественной промышленности, выступал против сторонников исключительно аграрного характера русского народного хозяйства. «Оказывать предпочтительное внимание земледелию или какой-либо другой отрасли промышленности значит задерживать нормальное равномерное развитие производительных сил страны и ставить их в неминуемую зависимость от других государств», — писал Марковников.
Патриот-ученый видел громадную опасность в экономической зависимости русской промышленности от заграницы. «Представим себе, — писал Марковников, — что Россия вступила в войну со своими западными соседями. Привоз морской и сухопутный как сырых, так и обработанных химико-красительных продуктов совсем прекратился. Мы отказываемся изобразить ту картину бедствия, в котором очутится тогда вся наша промышленность».
Горячо протестовал Марковников против политики, направленной на вывоз сельскохозяйственных продуктов и ввоз фабрично-заводских. «Не следует упускать из виду, — писал он, — что в каждом фунте привозимого к нам искусственного ализарина заключена намного большая масса знаний, чем в миллионе пудов ржи, отправленном нами за границу».
Не принижая роли теоретической разработки науки, протестуя против узкого практицизма, утверждая, что в России больше чем где-либо требуется держать высоко, всем напоказ, знамя науки, Марковников тем не менее одним из главных условий процветания науки считал развитие химической промышленности.
Так же как и Столетов, Марковников с негодованием реагировал на ту тяжелую обстановку, в которой вынуждены были работать русские ученые.
«Если бы даже кому-нибудь из нас удалось, — говорил он, — самое невероятное, например, удобное получение искусственного золота и для этого потребовалась бы затрата значительного капитала, то пришлось бы наверное ехать продавать свой способ за границу». И сам же отмечал, что такой путь был немыслим для настоящего русского ученого. Передовые русские ученые не продавали за границу своих открытий. Лишенные возможности воплотить их в жизнь, эти ученые зачастую вынуждены были ограничиться областью одних лишь теоретических исследований. «Какой интеллектуальный стимул заставит русского ученого, — говорил Марковников, — бросить интересующие его вопросы и обратиться к другим, если из удачного разрешения их извлечет пользу немецкий или французский химик или заводчик?»
Роднила Столетова с Марковниковым и их отчетливо выраженная борьба против низкопоклонства перед заграничной наукой и техникой. Когда Марковникову посоветовали перевести один его труд, имеющий исключительное теоретическое значение, на иностранные языки, профессор ответил: «Если высказанная здесь мысль представляет интерес, то желающие могут пользоваться этим русским сочинением».
Всегда и во всем патриот, Марковников ратовал за развитие русских научных журналов, за печатание отечественными учеными своих трудов на русском языке. Ученый отстаивал ревностно равноправие в научной жизни русского языка с другими европейскими языками.
Борясь за первенство русской науки, за честь ее, Марковников написал прекрасную работу — «Исторический очерк химии в Московском университете». Этот человек, одним из любимых выражений которого было: «Ученым можешь ты не быть, но гражданином быть обязан», стал близким другом Столетова.
В своей борьбе за создание условий для научной работы в Московском университете Столетов получил надежного и смелого товарища. Вдвоем с Марковниковым они штурмуют университетские советы, министерство, добиваясь средств на развитие лабораторий.
Так же как и вокруг Столетова, вокруг Марковникова скоро возник кружок молодых людей, жаждущих работать в области химии. Вечно переполненный замыслами все новых и новых исследований, Марковников непрерывно работает сам и увлекает за собой других.
Учеников своих Марковников посылает работать на химические заводы. Он радуется тому, что бывшие универсанты успешно конкурируют там с людьми, получившими технологическое образование. В этом он видит установление прямой связи между наукой и техникой.
«Никакое знание в стране не может прогрессировать, а, наоборот, будет постоянно оставаться предметом роскоши, если не будет находить себе применение в жизни народа», — говорил ученый.
С приходом Марковникова преподавание химии в Московском университете коренным образом меняется. Совсем по-иному выглядит теперь и лаборатория.