Столыпину приходилось реализовывать свою программу в условиях острого социального конфликта. Правительство осознавало, что проведение широкомасштабных преобразований возможно лишь при условии широкого общественного консенсуса. Для его достижения оно было готово к диалогу со всеми рационально мыслящими общественными силами. Программа реализовывалась в форме конкретных законодательных инициатив. Их правительство выносило на обсуждение как представительных учреждений, так и различных общественных кругов: дворянских собраний, предпринимательских союзов, деятелей местного самоуправления, ближайшего окружения императора. Сам Столыпин неоднократно встречался с членами Государственной думы и Государственного совета, выступал на пленарных заседаниях палат, убеждал императора в необходимости принятия того или иного решения. По словам одного из его сотрудников, министра торговли и промышленности С.И. Тимашева, «вопреки нашим русским нравам, Петр Аркадьевич очень ценил время, не только свое, но и чужое — он никогда не заставлял ждать. Явившись к нему в назначенный час, можно было с уверенностью рассчитывать на скорый прием и, если предыдущий посетитель задерживался на лишние 15–20 минут, то Петр Аркадьевич всегда сконфуженно извинялся, объясняя причину задержки… Петр Аркадьевич слушал всегда с полным вниманием, иногда просил дополнительных объяснений и затем принимал определенное решение».
Премьер-министр стал инициатором созыва Совета по делам местного хозяйства, в котором выборные представители органов местного самоуправления вели диалог с чиновниками министерства об общем правительственном курсе, касающемся земств и городов (на примере конкретных законопроектов).
Конечно, Столыпин отдавал себе отчет в том, что успех политики преобразований зависит от отношения к нему Николая II. Будучи убежденным сторонником монархии, впитавший в себя многовековые семейные традиции долга и преданности верховной власти, совпадающие в его представлении с преданным служением самому государству, Столыпин был искренне убежден в том, что царь, созывая народное представительство, готов пойти на диалог с обществом и совместно с ним разрешать острые социальные конфликты. В первое время Николай II был очень доволен Столыпиным. Так, в письме к матери, вдовствующей императрице Марии Федоровне, он писал: «Я тебе не могу сказать, как я его полюбил и уважаю». Об интенсивности встреч с премьер-министром свидетельствует дневник Николая II. Он принимал Столыпина соответственно: в 1906 г. — 34, в 1907 г. — 44, в 1908 г. — 29, в 1909 г. — 23, в 1910 г. — 23, в 1911 г. — 17 раз.
Много лет спустя сын П.А. Столыпина Аркадий вспоминал: «Раз в неделю, а то и чаще, отец вечером отправлялся на катере в Петергоф с очередным докладом государю. Мы — дети — сопровождали его порой до дворцовой пристани. Один из чиновников нес его тяжелый портфель. Тяжел он был потому, что с одной из двух сторон он был забронирован и мог служить щитом. Предосторожность, которая тогда оказалась излишней. Насколько я помню, покушений за елагинское время не было. Возвращался отец из Петергофа поздно, и мы на пристани его не встречали. Несколько раз петергофское бдение затягивалось на всю ночь. Однажды государь вызвал в три часа утра дежурного камердинера. «Мы проголодались, — сказал он. — Пожалуйста, принесите нам пива и сандвичи с ветчиной и сыром: по три штуки для Петра Аркадьевича и по три штуки для меня». Когда нам это рассказала мать, я подумал, что государь скуповат: мог бы предложить более обильное угощение. И в самом деле царь и премьер-министр закусывали ночью по-студенчески».
Время наиболее частых встреч падает на 1906–1907 гг., когда одновременно решались две органически переплетенные друг с другом проблемы: подавление революции и проведение реформ. После решения отрицательной задачи — подавления революции — число встреч сокращается, и это становится уже устойчивой тенденцией.
Столыпин со временем стал понимать, что царь пошел на реформу политической системы не по своим внутренним убеждениям, а под давлением революции, что его представления ориентированы не в будущее, а в прошлое, что он не намерен развивать и углублять идеи, заложенные в Манифесте 17 октября 1905 г., и конструктивно сотрудничать с Государственной думой. Тем не менее, вплоть до 1909 г. Николай II безоговорочно поддерживал Столыпина в его реформаторских начинаниях. Однако возникшие между ними расхождения постепенно стали приводить к «сбою» реформ.
Николай II был весьма сложной и противоречивой фигурой, зачастую действовал под давлением внешних влияний, которые могли идти от самых разных источников. В зависимости от колебаний в ближайшем окружении императора менялось не только настроение царя, но и происходило смещение приоритетов в его «широком» и весьма расплывчатом мировоззрении. Николай II не видел себе достойного места в системе либеральных правовых и институциональных ценностных координат, предпочитая править страной «как встарь». После инцидента с неутверждением Николаем II правительственного законопроекта о штатах Морского Генерального штаба в отношения между царем и Столыпиным вкралось некоторое недопонимание. Николаю II явно не понравилась самостоятельная позиция премьер-министра, который решил уйти в отставку. В письме к Столыпину 25 апреля 1909 г. Николай II впервые «указал премьеру его место»: «О доверии или недоверии речи быть не может. Такова моя воля. Помните, что мы живем в России, а не за границей или в Финляндии, и поэтому я не допускаю и мысли о чьей-либо отставке… Предупреждаю, что я категорически отвергаю вперед Вашу или кого-либо другого просьбу об увольнении от должности».