Земские деятели, представлявшие преимущественно крупное землевладение, боялись утратить власть на местах и сопряженный с ней высокий социальный статус. Ликвидация старых сословных институтов (волостного суда, уездных предводителей дворянства, земских начальников) перекрывала каналы монопольного влияния поместного дворянства на все сферы местной жизни. Недаром уже в конце 1907 — начале 1908 г. поместное дворянство начало фронтальное наступление на Столыпина.
В свою очередь, крупную торговопромышленную буржуазию, привыкшую получать дотации из казны, «сверхприбыль» от реализации своей продукции, не устраивала попытка Столыпина переложить на нее определенную часть финансовых издержек, в частности, в ходе реализации пакета социальных реформ. Представители торговопромышленной буржуазии в Государственной думе, пользуясь поддержкой разного рода монопольных группировок и корпораций, блокировали принятие в Думе социальных рабочих проектов.
После издания в одностороннем порядке по 87 ст. нового избирательного закона 3 июня 1907 г. премьер фактически отрезал себе путь для сотрудничества с либеральной оппозицией, сделав ставку на консервативнолиберальные круги общества, прежде всего в лице думских фракций октябристов и умеренных националистов. Третьиюньская избирательная система предусматривала создание в III Думе многолетнего «октябристского центра», с помощью которого Столыпин и рассчитывал ускорить прохождение правительственных законопроектов через представительные учреждения. Лидер партии «Союз 17 октября» и ее думской фракции А.И.Гучков, питавший личную симпатию к премьеру, высоко ценивший его государственный ум и непреклонную волю, вплоть до марта 1911 г. оказывал Столыпину неизменную поддержку. После «мартовского инцидента», связанного с вопросом о введении земства в западных губерниях, отношения между октябристами и Столыпиным испортились, и премьер попытался привлечь на свою сторону группу умеренных националистов.
Итак, деятельность Столыпина на посту министра внутренних дел протекала в условиях острой борьбы между сторонниками самых разных моделей преобразования страны. Премьер-министр, умело использовавший предшествующий опыт деятельности на постах предводителя дворянства и губернатора, выработал собственную политическую линию и планомерно проводил ее в жизнь.
Вместе с тем, у Столыпина были трудности и «внутреннего» порядка. Помимо объективных факторов, оказывавших тормозящее влияние на проведение столыпинских преобразований, имели место определенные технологические просчеты. Несмотря на неоднократные и настойчивые попытки добиться единства действий министерств и ведомств в реализации реформистского курса, Столыпину так и не удалось преодолеть «разнобой» в действиях их руководителей, которые к тому же не всегда разделяли до конца позицию премьера. Имея, как известно, право личного доклада царю, отдельные министры располагали вполне реальными возможностями тормозить реформы. С.И. Тимашев вспоминал: «Если П.А. Столыпину удалось объединить правительство в высшей инстанции — Совете министров, то существовавшее издавна соперничество и прения низших ведомственных инстанций между собой этим не устранялись. А в них и коренилось то великое зло, которое всегда мешало правильному ходу государственного механизма, делая его наименее продуктивным при наибольшей затрате сил и энергии». Не была до конца преодолена и асинхронность в ходе разработки в министерствах и ведомствах законопроектов и представления их на обсуждение в Совет министров и в Думу, что приводило к тому, что действительно крупные проекты «тонули» в так называемой законодательной «вермишели».
Столыпину пришлось столкнуться с такими трудностями, как финансовое и кадровое обеспечение реформ. Несмотря на динамичный рост доходов государственного бюджета, все же ощущалась нехватка средств для проведения именно крупномасштабных преобразований, которые должны были реализовываться фактически одновременно, ибо были логически увязаны в единую «цепочку» друг с другом. Огромные ассигнования (3,5 млрд руб.) шли на реорганизацию армии и флота, «пожирая» значительную долю всех бюджетных средств. Пришлось буквально «с колес» решать и кадровую проблему.