1 сентября 1911 года Столыпин был смертельно ранен в Киевском оперном театре террористом Дмитрием Богровым. Киевский губернатор А.Ф. Гирс впоследствии вспоминал: «При самом начале второго акта, когда государь отошел вглубь аванложи, а П.А. Столыпин встал и, обернувшись спиной к сцене, разговаривал с графом Фредериксом и графом Иосифом Потоцким, я на минуту вышел к подъезду, чтобы сделать какое-то распоряжение. Возвращаясь, я встретил министра финансов Коковцова, пожимавшего руку встречным и говорившего: «Я уезжаю сейчас в Петербург и тороплюсь на поезд». Простившись с министром, я медленно пошел по левому проходу к своему креслу, смотря на стоявшего передо мной П.А. Столыпина. Я был на линии шестого или седьмого ряда, когда меня опередил высокий человек в штатском фраке. На линии второго ряда он внезапно остановился. В то же время в его протянутой руке блеснул револьвер, и я услышал два коротких сухих выстрела, последовавших один за другим. В театре громко говорили и выстрел слыхали немногие, но когда в зале раздались крики, все взоры устремились на П.А. Столыпина и на несколько секунд все замолкло. Петр Аркадьевич как будто не сразу понял, что случилось. Он наклонил голову и посмотрел на свой белый сюртук, который с правой стороны под грудной клеткой уже заливался кровью. Медленными и уверенными движениями он положил на барьер фуражку и перчатки, расстегнул сюртук и, увидя жилет, густо пропитанный кровью, махнул рукой, как будто желая сказать: «Все кончено». Затем он грузно опустился в кресло и ясно и отчетливо, голосом, слышным всем, кто находился недалеко от него, произнес: «Счастлив умереть за царя». Увидя государя, вышедшего в ложу и ставшего впереди, он поднял руку и стал делать знаки, чтобы государь отошел. Но государь не двигался и продолжал на том же месте стоять, и Петр Аркадьевич на виду у всех благословил его широким крестом».
Это убийство стало одним из самых громких политических убийств ХХ века. Тем не менее, о нем очень мало известно. Не вполне очевидны мотивы убийства, связь Богрова с революционными организациями и царской охранкой. Материалы следствия изданы в 2003 году Фондом изучения наследия П.А. Столыпина, и внимательный читатель сам может сделать из них свои выводы. Подчеркнем, однако, что пуля Богрова лишь немного ускорила ход истории. Столыпин испытывал физические недомогания и предчувствовал скорую смерть. С ним не раз происходили обмороки, он часто жаловался на сердце. Он знал, что уже не может так же интенсивно работать, как в прежние годы. Перед последней поездкой в Киев он вызвал своего заместителя С.Е. Крыжановского и передал ему свой секретный архив. Столыпин указал, что плохо себя чувствует и может не вернуться из Киева. В этом случае он просил передать бумаги сыну по достижении им совершеннолетия (21 год) или уничтожить (что Крыжановский и сделал в дни Февральской революции).
Кроме того, была предрешена и отставка Столыпина. Его политика вызывала неприятие практически всей политической элиты, в том числе и царя. Лишь трагическая смерть премьер-министра позволила России оглянуться назад и оценить масштаб его личности и его достижений.