Столыпин пользовался в местном обществе заслуженным авторитетом благодаря своему уважению к людям, умению вникать в их нужды. Покидая Гродно в связи с назначением саратовским губернатором, он заявил своим сотрудникам, собравшимся его проводить: «Пребывание мое здесь в Гродно похоже было на прекрасный сон и как сон оно было слишком коротковременным. В короткое время пребывания моего в Гродно я не мог успеть заслужить то почетное внимание, какое оказано мне учреждением стипендии имени жены моей и моего пригродненской женской гимназии. Эти восемь месяцев, которые я вместе с вами жил и работал, — лучшие дни в моей жизни и, оставляя Гродненскую губернию, моя жена и я уносим с собой самые светлые воспоминания о милом и дорогом нам гродненском обществе».
В 1903 г. Столыпин переехал с берегов Немана на берега Волги. На посту саратовского губернатора во всей полноте раскрылись другие его качества: твердая и непреклонная воля в подавлении разного рода выступлений экстремистского характера, личное мужество, проявленное им в чрезвычайных ситуациях, способность вести диалог с рационально мыслящими представителями общественных кругов в условиях революции 1905 г. За время своего губернаторства он объездил более сотни населенных пунктов подведомственной ему территории на поезде, на пароходе, на лошадях. Столыпин лично проводил ревизию волостных правлений, канцелярий сельских старост, общался с людьми, вникая таким образом в положение дел в губернии. В годы Первой русской революции, когда большинство губерний пылали в огне крестьянского недовольства, такие поездки были чреваты опасностью для жизни. Столыпин же ей пренебрегал.
В 1905 г. беспорядки захлестнули Саратовскую губернию. Столыпин вместе с небольшим отрядом казаков передвигался от одного селения к другому, чтобы зарождавшееся недовольство и волнение не перерастало в открытый бунт. В феврале 1905 г. Столыпин оказался в одной из мордовских деревень, где крестьяне вопреки закону и требованиям властей вырубали леса, принадлежавшие помещику и известному общественному деятелю Н.Н. Львову. Не страшась последствий, без охраны Столыпин выступил на крестьянском сходе. Его окружали разъяренные местные жители, отчаявшиеся искать правду у властей. Еще чуть-чуть и злоба переросла бы в насилие. К расправе готовились и казаки, ожидавшие только приказания губернатора. Но Столыпин стремился любыми путями избежать пролития крови. Он усмотрел в толпе зачинщика беспорядков, громче всех кричавшего и подбивавшего к возмущению остальных. Столыпин снял свое пальто с генеральской красной подкладкой. «На, подержи», — обратился он к буйному крестьянину, протягивая пальто. И зачинщик волнений, подчинившийся хотя бы в малом воле губернатора, был уже не страшен. Вместе с ним и остальная толпа, опустив глаза, слушала наставления Столыпина, во всем с ним соглашалась и каялась в содеянном. На следующий день вырубленный лес лежал на складах имения Н.Н. Львова.
1905 год обернулся беспорядками и в городах. Митинги с красными флагами и хоругвями сменяли друг друга, а иногда происходили их ожесточенные столкновения. Так 21 июля 1905 г. в одной из гостиниц города Балашова собрался съезд местных врачей. В окнах развевались красные знамена, из помещения раздавались революционные песни. Вокруг гостиницы собралась толпа в 2000 человек, готовая растерзать медицинский персонал г. Балашова. Ситуация могла бы выйти из-под контроля, если бы не Столыпин, оказавшийся в гуще событий. Он лично вывел из гостиницы врачей, спрятавшихся в подвалах и на чердаке, и с конвоем казаков проводил их до вокзала. Толпа, недовольная таким исходом дела, бесчинствовала: громила дома, избивала попадавшихся на пути докторов, метала в них камни. Один из них достался Столыпину, задев его и так больную руку. «Какие бы поводы не выставлялись для такого самосуда, он является беззаконным и диким произволом, которого я не потерплю. Против виновных будет возбуждено преследование. В случае повторения подобного насилия, оно будет прекращено военной силой», — гласило объявление губернатора.
Эффективность политики Столыпина в борьбе с революционными эксцессами была востребована в Петербурге. 26 апреля 1906 г. он был назначен министром внутренних дел. «Вчера моя судьба решилась, — писал П.А. Столыпин жене. — Я министр внутренних дел в стране окровавленной, потрясенной, представляющей из себя шестую часть шара, и это в одну из самых трудных исторических минут, повторяющихся раз в тысячу лет. Человеческих сил тут мало, нужна глубокая вера в Бога, крепкая надежда на то, что он поддержит, вразумит меня. Господи, помоги мне. Я чувствую, что он не оставляет меня, чувствую по тому спокойствию, которое меня не покидает».