После потрясений Первой русской революции огромное значение приобрела проблема налаживания оптимального сотрудничества между исполнительной и законодательной ветвями власти. П.А. Столыпин был принципиальным сторонником сохранения народного представительства, без которого проведение преобразований в правовой, экономической и социальной сфере не имело бы предполагавшегося значения. Столыпин неоднократно подчеркивал, что Дума является важнейшим фактором «воссоздания государственных устоев порядка», что обеим ветвям власти важно найти «тот язык, который был бы одинаково нам понятен». Таким «языком» должно было стать схожее понимание правительством и «молодым народным представительством» общенациональных и общегосударственных задач. Обе ветви власти в рамках Основных законов, определивших круг их прав и сферу ответственности, нацеливались на совместное проведение в жизнь «обдуманных и твердых новых начал государственного строя», что, в конечном счете, и должно было привести «к успокоению и возрождению нашей великой страны». «Правительство, — подчеркивал Столыпин, — готово в этом направлении приложить величайшие усилия: его труд, добрая воля, накопленный опыт предоставляется в распоряжение Государственной думы, которая встретит в качестве сотрудника правительство, сознающее свой долг хранить исторические заветы России и восстановить в ней порядок и спокойствие».
Долгое время исполнительная и законодательная ветви власти так и не могли найти «общего языка». I и II Дума демонстративно отказались от сотрудничества с правительством. Столыпину в результате дважды пришлось инициировать решение о роспуске Думы и согласиться на весьма непопулярную в обществе меру — реформу избирательного законодательства.
По замыслу Столыпина, новый избирательный закон (3 июня 1907 г.) должен был обеспечить решение двух взаимосвязанных задач: во-первых, избрать работоспособную Думу и, во-вторых, сформировать в ней большинство, готовое к конструктивной работе с правительством в деле реализации программы системных реформ. В итоге III Государственная дума действительно объединяла едва ли не все силы страны, готовые к конструктивной работе с правительством. Столыпин стал первым реальным политиком, который завершил процесс формирования «национального типа политической системы», соответствующей основной идее Манифеста 17 октября 1905 г. и Основных законов 1906 г.
Лично Столыпин играл колоссальную роль в налаживании отношений между законодательной и исполнительной властью. Премьер-министр умело и гибко использовал как официальные, так и личные каналы связи с председателями Государственной думы и Государственного совета, лидерами ведущих думских партийных фракций правоконсервативного и либерального толка.
Совершенно новыми стали те разнообразные технологии, которые были предложены и апробированы на практике Столыпиным для разрешения конфликтных ситуаций между министрами и депутатами. С одной стороны, отлаживалась вся «цепочка» как процесса выработки и обсуждения, так и самой процедуры принятия законопроектов. В этом активно сотрудничали профессионалы-чиновники министерств и ведомств, «сведущие лица» из общественных и академических кругов, думские депутаты. Правительство искало договоренностей с народными представителями по каждому вопросу законодательства. Министры регулярно посещали пленарные заседания Думы и Государственного совета, выступали на них, работали в комиссиях представительных учреждений. Депутаты Думы и члены Государственного совета неоднократно приглашались министрами на частные или полуофициальные совещания, где в спокойной обстановке обсуждались предстоявшие обсуждению законопроекты.
С другой стороны, для выхода из кризисных ситуаций Столыпин с готовностью вступал в переговорный процесс с думскими лидерами. Он лично участвовал в наиболее важных заседаниях Государственной думы и Государственного совета, в работе их комиссий и комитетов. 48 раз он поднимался на трибуну в Таврическом и Мариинском дворцах, выступая с тщательно подготовленными, блистательными речами. Даже члены Думы, принадлежавшие к оппозиционным партиям, с большим вниманием слушали его и нередко аплодировали. По словам депутата Н.И. Иорданского, «левые депутаты со своих мест плохо могли слышать, и они все гурьбой подошли к министерской трибуне и выслушивали речь Столыпина, как школьники, стоя руки по швам. А Столыпин властно «распекал» и трунил над левыми и решительно заявил, что правительство не допустит, чтобы места министров трактовали как скамью подсудимых». Опыт взаимодействия представительной и исполнительной властей в период премьерства П.А. Столыпина уникален в истории России. По сути, впервые был реализован правовой механизм широкой общественной экспертизы правительственных инициатив. Реформы же были не плодом традиционного бюрократического волюнтаризма, а результатом мучительного поиска компромиссов между властью и обществом.